TkA03G405800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G405800

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 100917167-100918899 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1075 bp · TkA03G405800|TK1151|cDNA

GCAAAACAAGCCAAAATAGAAAGAAAAAAAAGAAAAAGGAAGCTAAGAATTATAGGGAACTAGAGAGGGGATATGCATCAGTTTTCCCGTCATCTCAAAAAGCAACAAACTTCGATTAAGACAATGACAATCCCATCGTTTAATACCCCCATCTTTCTTCCATAATTTAATCCTCCTATCTTCATCACTGTTAAAGGTATCATCTCAATTTCCTCGGAATTCCAGAACCGATTGATACTTTGGAGGTTGAAGACATATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

528 bp · TkA03G405800|TK1151|CDS

ATGGGTAGTGCATCATCTACTCTAACTCAATATGATATCGAAGACGTTCAAGAACACTGTAATAATCTATTTTCCCAGCAAGAGATAGTCTCTTTATATCAAAGATTTTGCCAACTCGATCGAACTGCCAAGGGTTTTATTTCCGCCGAAGAGTTCTTATCAGTACCAGAATTTGCGGTGAATCCTCTGTCTCAGAGATTGCTTAAGATGGTGGATGGTTTGAACTTTAAGGACTTTGTGATATTCTTGTCGGCTTTTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

175 aa · TkA03G405800|TK1151|PROTEIN

MGSASSTLTQYDIEDVQEHCNNLFSQQEIVSLYQRFCQLDRTAKGFISAEEFLSVPEFAVNPLSQRLLKMVDGLNFKDFVIFLSAFSPKASMPQKIELIFKVYDSDYNGKVTFNDIMEVLRDLSGSFMSDKQREEVLIKVMQEAGYSKDSSLLVDDFVKILDHPGLKMEVEVPVD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G405800`
TK1151 ID	TkA03G405800
OH-1004 ID	LXL04_009180
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	90.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G405800

位置 Chr03:100917167-100918899 (+)

描述 Similar to CNB1: Calcineurin subunit B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g17615`	作为钙传感器，参与生长和发育过程中的信号通路以及响应非生物胁迫。	A calcium sensor and its interacting protein kinase are global regulators of abscisic acid signaling in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1016/s1534-5807(02)00229-0 CBL1, a calcium sensor that differentially regulates salt, drought, and cold responses in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1105/tpc.012393 The calcium sensor CBL1 integrates plant responses to abiotic stresses.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01892.x A protein kinase, interacting with two calcineurin B-like proteins, regulates K+ transporter AKT1 in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1016/j.cell.2006.06.011 Two calcineurin B-like calcium sensors, interacting with protein kinase CIPK23, regulate leaf transpiration and root potassium uptake in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03236.x The Calcineurin B-like calcium sensors CBL1 and CBL9 together with their interacting protein kinase CIPK26 regulate the Arabidopsis NADPH oxidase RBOHF.2013 · DOI: 10.1093/mp/sst009 A novel role for Arabidopsis CBL1 in affecting plant responses to glucose and gibberellin during germination and seedling development.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0056412

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009180 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006873 intracellular monoatomic ion homeostasis 生物过程

GO:0043157 response to cation stress 生物过程

GO:0071444 cellular response to pheromone 生物过程

GO:0071466 cellular response to xenobiotic stimulus 生物过程

GO:0071852 fungal-type cell wall organization or biogenesis 生物过程

GO:0097720 calcineurin-mediated signaling 生物过程

GO:0005955 calcineurin complex 细胞组分

GO:0004723 calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity 分子功能

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

GO:0008597 calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase regulator activity 分子功能

GO:0019902 phosphatase binding 分子功能

GO:0019903 protein phosphatase binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ddi:DDB_G0267446

ddi:DDB_G0285999

ncr:NCU03833

ngr:NAEGRDRAFT_35722

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.621

排名 1 · TkA03G405800 · TK1151

细胞核0.230

排名 2 · TkA03G405800 · TK1151

细胞膜0.186

排名 3 · TkA03G405800 · TK1151

高尔基体0.118

排名 4 · TkA03G405800 · TK1151

溶酶体／液泡0.107

排名 5 · TkA03G405800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22736NNH57-53 aa

PF08855DUF182511-45 aa

PF24082SPEF2_C25-55 aa

PF13499EF-hand_731-54 aa

PF13405EF-hand_632-55 aa

PF30624EF_SSP12034-53 aa

PF00036EF-hand_135-54 aa

PF13202EF-hand_536-54 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G405800	`PF22736`	NNH5	7	53	0.15	12.8
TkA03G405800	`PF08855`	DUF1825	11	45	0.16	12.7
TkA03G405800	`PF24082`	SPEF2_C	25	55	0.0062	17.0
TkA03G405800	`PF13499`	EF-hand_7	31	54	1.3e-10	42.2
TkA03G405800	`PF13405`	EF-hand_6	32	55	5.5e-10	38.8
TkA03G405800	`PF30624`	EF_SSP120	34	53	0.033	15.5
TkA03G405800	`PF00036`	EF-hand_1	35	54	6.8e-08	32.2
TkA03G405800	`PF13202`	EF-hand_5	36	54	0.00077	19.6
TkA03G405800	`PF13833`	EF-hand_8	43	53	0.0004	20.8
TkA03G405800	`PF26574`	GAIN_ADGRG2	51	77	0.0061	17.2
TkA03G405800	`PF24082`	SPEF2_C	59	116	0.0062	17.0
TkA03G405800	`PF05517`	p25-alpha	72	143	0.066	14.1
TkA03G405800	`PF00036`	EF-hand_1	74	85	6.8e-08	32.2
TkA03G405800	`PF13833`	EF-hand_8	74	83	0.0004	20.8
TkA03G405800	`PF11422`	IBP39	74	113	0.036	14.6
TkA03G405800	`PF13499`	EF-hand_7	94	160	1.3e-10	42.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81445`	拟南芥	sp\|O81445\|CNBL1_ARATH Calcineurin B-like protein 1	28.200%	Swiss-Prot	低置信

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