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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G401150
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 99786246-99789638 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2000 bp · TkA03G401150|TK1151|cDNA

CGGCTCGTTAAAGGGTAGAAATGTAATTTACCATTACACGATAACTTGTCTATAAATCATGACTGTAGCCGTTAACCGTATCTGCCTCTCTGGTCTTCATCTCCTCCGAAAACCCTAGATATTTGTTTATTCTCTTTCAGGTGTATACCCCTCAATCTCTGCTCTTATTCCAGCCGCTTGTTGTTTGATCTCGATCTGTTTCAACGCACATCAGTCGCAACAGAGCTGAGTATTTAGTTCGACGAAAGTATTGTTGTGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1035 bp · TkA03G401150|TK1151|CDS

ATGGATGTCATCTGTCAAGCAAAATCTGGAATGGGAAAAACCGCTGTTTTTGTCCTCTCTACACTTCAACAGATCGAGCCTGTAGCAGGTCAAGTTGCTGCCCTTGTTCTTTGTCACACCAGAGAGCTAGCTTACCAGATCTGCCATGAGTTTGAGAGGTTCAGTAGATACTTGCCTGATCTGAAAGTTGCTGTGTTTTATGGAGGAGTGAACATTAGGACACATAAGGAACTGCTGAAGAATGAATGTCCTCATATTGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

344 aa · TkA03G401150|TK1151|PROTEIN

MDVICQAKSGMGKTAVFVLSTLQQIEPVAGQVAALVLCHTRELAYQICHEFERFSRYLPDLKVAVFYGGVNIRTHKELLKNECPHIVVGTPGRVLGLARDKDLGLKNVRHFILDECDKMLESLDMRKDVQDIFKMTPHDKQVMMFSATLSKEIRPVCKKFMQDPMEIYVDDEAKLTLHGLVQHYIKLGEMEKNRKLNDLLDALDFNQVVIFVKSVSRAAELNKLLVECNFPSICIHSGMSQEERLTRYKGFKEGLKRILV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G401150
TK1151 IDTkA03G401150
OH-1004 IDLXL04_009147
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 74.783
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G401150
位置Chr03:99786246-99789638 (-)
描述Similar to RH56: DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 56
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g11170 参与前mRNA剪接的ATP依赖型RNA解旋酶。 暂无已核实直接文献
At5g11200 参与前mRNA剪接的ATP依赖型RNA解旋酶。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0550000 参与前mRNA剪接的ATP结合RNA解旋酶。
Rice APOPTOSIS INHIBITOR5 coupled with two DEAD-box adenosine 5'-triphosphate-dependent RNA helicases regulates tapetum degeneration.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.082636
Os01g0549700 参与前mRNA剪接的ATP结合RNA解旋酶。
Rice APOPTOSIS INHIBITOR5 coupled with two DEAD-box adenosine 5'-triphosphate-dependent RNA helicases regulates tapetum degeneration.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.082636
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009147 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000245 spliceosomal complex assembly 生物过程
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0006406 mRNA export from nucleus 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0010099 regulation of photomorphogenesis 生物过程
GO:0045727 positive regulation of translation 生物过程
GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程
GO:0048653 anther development 生物过程
GO:0051028 mRNA transport 生物过程
GO:1904707 positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G11170
ath:AT5G11200
dosa:Os01g0549700
dosa:Os01g0550000
osa:4326192
osa:4326193
rno:114612
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.548
排名 1 · TkA03G401150 · TK1151
细胞核0.507
排名 2 · TkA03G401150 · TK1151
线粒体0.056
排名 3 · TkA03G401150 · TK1151
细胞膜0.048
排名 4 · TkA03G401150 · TK1151
内质网0.045
排名 5 · TkA03G401150 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270DEAD2-153 aa
PF04851ResIII5-150 aa
PF31243vWA_HGL220-47 aa
PF00271Helicase_C33-80 aa
PF14617CMS169-135 aa
PF22590Cas3-like_C_280-91 aa
PF00271Helicase_C131-150 aa
PF00271Helicase_C192-300 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G401150PF00270DEAD21538.5e-37127.2
TkA03G401150PF04851ResIII51502.4e-0731.5
TkA03G401150PF31243vWA_HGL220470.113.0
TkA03G401150PF00271Helicase_C33801.5e-30106.4
TkA03G401150PF14617CMS1691350.01815.1
TkA03G401150PF22590Cas3-like_C_280910.0001622.7
TkA03G401150PF00271Helicase_C1311501.5e-30106.4
TkA03G401150PF00271Helicase_C1923001.5e-30106.4
TkA03G401150PF22590Cas3-like_C_22062980.0001622.7
TkA03G401150PF00270DEAD2202628.5e-37127.2
TkA03G401150PF31243vWA_HGL23063330.113.0
TkA03G401150PF14617CMS13123310.01815.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q56XG6拟南芥sp|Q56XG6|RH15_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 1593.600%Swiss-Prot高置信
Q9LFN6拟南芥sp|Q9LFN6|RH56_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 5693.600%Swiss-Prot高置信
Q5JK84水稻sp|Q5JK84|RH15_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 1591.900%Swiss-Prot高置信
Q0JM17水稻sp|Q0JM17|RH56_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 5691.900%Swiss-Prot高置信

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