TkA03G400730 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G400730

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 99648045-99652731 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3729 bp · TkA03G400730|TK1151|cDNA

TGCGCATGCACGCGTGCCATTCTTCTTGGAAGTACCGCTTGACCGTTACAGATTGGCGTCGTTTGAAAATTAGCGCCGGAGCCAACATCCTCCCCGTCGCCGGTCGGACCAATTTCCCCGTCTTCCAGATCCATTCCGTCTTGGTGCCATGTGTCTGAGATGGCTTCATCGTCATCTTCATCTTCTCCCTTCTCATGCTGTTCCTCAACCTCTGAACTGGAGAAAGGGGTCCAGCCTGAATCGAACTCGTGTACCCCGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2103 bp · TkA03G400730|TK1151|CDS

ATGGCGCCGAAAGGGGAGTTTTTCCGGTGGTGGGGTAAGGATACACGGAAGGGAACTCCGGTGATAGTAACAATGGAGAATGTTAACTATTCCGTAGTGGAAATCGACGGCCCTGATTCCGCATTTCGGCCGATAGACAAAGATAGAGTGAAAAACGCTAAACAGTTCACATGGGTTTTGATTCTGAAAGCGAATCGAGCTGTCGGTTGTGTTGCTTGGTTAGGTCATATCCTGTGGGCATTACTTGGCGCCATTAAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

700 aa · TkA03G400730|TK1151|PROTEIN

MAPKGEFFRWWGKDTRKGTPVIVTMENVNYSVVEIDGPDSAFRPIDKDRVKNAKQFTWVLILKANRAVGCVAWLGHILWALLGAIKKRLFFRNGVAMENENEKSGKGKFLFGFILSLLLTAMAFLAFEVIAHYMRWPYFQEHNLHIPQTLEIRGWLHSIYVSWLGFRADYIAPLILSFSNFCVVLFLIQSLDRLILCLGCFWIKFKNIKPRINGDPFNSNDSEPSKYIYPMVLVQIPMCNEREVYEQSISAVCQLDWPRD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G400730`
TK1151 ID	TkA03G400730
OH-1004 ID	LXL04_009130
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G400730

位置 Chr03:99648045-99652731 (+)

描述 Similar to CSLC5: Probable xyloglucan glycosyltransferase 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g31590`	可能的β-1,4-葡聚糖合酶，更可能参与木葡聚糖骨架而非纤维素的合成。	暂无已核实直接文献
`At2g24630`	可能的β-1,4-葡聚糖合酶，更可能参与木葡聚糖骨架而非纤维素的合成。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0253800`	可能的β-1,4-葡聚糖合酶，更可能参与木葡聚糖骨架而非纤维素的合成。	暂无已核实直接文献
`Os09g0428000`	可能的β-1,4-葡聚糖合酶，更可能参与木葡聚糖骨架而非纤维素的合成。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q7PC70`	可能的β-1,4-葡聚糖合酶，更可能参与木葡聚糖骨架而非纤维素的合成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009130 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0048868 pollen tube development 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0099402 plant organ development 生物过程

GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0016757 glycosyltransferase activity 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G24630

ath:AT3G28180

ath:AT4G31590

dosa:Os08g0253800

dosa:Os09g0428000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.329

排名 1 · TkA03G400730 · TK1151

内质网0.320

排名 2 · TkA03G400730 · TK1151

细胞膜0.162

排名 3 · TkA03G400730 · TK1151

细胞质0.126

排名 4 · TkA03G400730 · TK1151

细胞核0.101

排名 5 · TkA03G400730 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13632Glyco_trans_2_358-124 aa

PF13632Glyco_trans_2_3151-189 aa

PF13506Glyco_transf_21220-512 aa

PF13641Glyco_tranf_2_3230-463 aa

PF00535Glycos_transf_2235-382 aa

PF03142Chitin_synth_2313-413 aa

PF13632Glyco_trans_2_3324-533 aa

PF03142Chitin_synth_2434-540 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G400730	`PF13632`	Glyco_trans_2_3	58	124	2.5e-21	77.1
TkA03G400730	`PF13632`	Glyco_trans_2_3	151	189	2.5e-21	77.1
TkA03G400730	`PF13506`	Glyco_transf_21	220	512	1.2e-12	48.1
TkA03G400730	`PF13641`	Glyco_tranf_2_3	230	463	5.9e-12	46.5
TkA03G400730	`PF00535`	Glycos_transf_2	235	382	1.2e-07	32.5
TkA03G400730	`PF03142`	Chitin_synth_2	313	413	0.048	13.0
TkA03G400730	`PF13632`	Glyco_trans_2_3	324	533	2.5e-21	77.1
TkA03G400730	`PF03142`	Chitin_synth_2	434	540	0.048	13.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SB75`	拟南芥	sp\|Q9SB75\|CSLC5_ARATH Probable xyloglucan glycosyltransferase 5	76.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SJA2`	拟南芥	sp\|Q9SJA2\|CSLC8_ARATH Probable xyloglucan glycosyltransferase 8	73.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q7PC69`	水稻	sp\|Q7PC69\|CSLC3_ORYSJ Probable xyloglucan glycosyltransferase 3	66.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q69L19`	水稻	sp\|Q69L19\|CSLC2_ORYSJ Probable xyloglucan glycosyltransferase 2	68.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q7PC70`	水稻	sp\|Q7PC70\|CSLC2_ORYSI Probable xyloglucan glycosyltransferase 2	69.000%	Swiss-Prot	高置信

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