基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
TkA03G397960
当前版本: TK1151
染色体: Chr03
坐标: 98919147-98923301
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA2117 bp · TkA03G397960|TK1151|cDNA
AGCCGCCTCACATTTTTAAAACTGGGAATAACTTGCAAACCGCTGATAAAAGCATAGATGCATTCGACTCTTCTTCAACCTCCACAACACTAGTTTCTTCTTCTATACTAGATTTTCATTGCAGTCCATAATCATGTCACGAATTAAAGATTTCTTCGCCGAAATCTTGAATTCCGGCAAGAACGTTAACTTGTCCAGTAAACGAAAAAAGATCTTCTTAGCTGCTCTTGTTTCAATCCTATTAGCCTCGGCTCTAATCG...
CDS
下载 CDS FASTA1758 bp · TkA03G397960|TK1151|CDS
ATGTCACGAATTAAAGATTTCTTCGCCGAAATCTTGAATTCCGGCAAGAACGTTAACTTGTCCAGTAAACGAAAAAAGATCTTCTTAGCTGCTCTTGTTTCAATCCTATTAGCCTCGGCTCTAATCGGCATTGTCGTCGGTGTCAAATCTCGAAAATCCAGCTCCGACGAGTCCACCTCAGAAAGCATCACCGCTTCCTCAGCTCACTCAATTGTAAAATCAGCATGCAGCAGTACATTTTACCCTGAATTATGCTATTC...
585 aa · TkA03G397960|TK1151|PROTEIN
MSRIKDFFAEILNSGKNVNLSSKRKKIFLAALVSILLASALIGIVVGVKSRKSSSDESTSESITASSAHSIVKSACSSTFYPELCYSTITSHPDVAKNVKSQKNVIELAVNITVTAVEKSYFRIQKLTKRKTLTEREVTALHDCLKMVSETLEELHEVVKDLEEYKTKRSIKQHANDLKTLMSSAITNQETCLDGFSHADADKKVRKELEKGERNVEKMCSNALAMICNMTNKDLAEEMRLKGRNLKEEHNSEWPEWLSA...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | TkA03G397960 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA03G397960 |
| OH-1004 ID | LXL04_009080 |
| 关系 / 置信度 | 跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系 |
| 蛋白一致性 (%) | 78.900 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 99.487 / OH-1004 95.066覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | TK1151 / GWHBCHF00000000 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | TkA03G397960 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr03:98919147-98923301 (-) | |||||||||
| 描述 | Similar to PMEU1: Pectinesterase/pectinesterase inhibitor U1 | |||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | |||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0009617 response to bacterium 生物过程 GO:0009620 response to fungus 生物过程 GO:0009624 response to nematode 生物过程 GO:0010043 response to zinc ion 生物过程 GO:0010187 negative regulation of seed germination 生物过程 GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程 GO:0042545 cell wall modification 生物过程 GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程 GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程 GO:0048364 root development 生物过程 GO:0050829 defense response to Gram-negative bacterium 生物过程 GO:0050832 defense response to fungus 生物过程 | |||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G53830 ath:AT3G14310 cit:102578056 sly:544016 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞外0.435
细胞膜0.337
细胞质0.115
内质网0.104
溶酶体／液泡0.080
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF26086Niban221-37 aaPF04043PMEI71-226 aaPF18100PDE4_UCR101-176 aaPF29947C5orf22118-183 aaPF09177STX6_10_61_N119-174 aaPF11887Mce4_CUP1125-192 aaPF18052Rx_N126-206 aaPF11981DUF3482136-238 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| TkA03G397960 | PF26086 | Niban2 | 21 | 37 | 1.0 | 10.2 |
| TkA03G397960 | PF04043 | PMEI | 71 | 226 | 1.2e-35 | 123.6 |
| TkA03G397960 | PF18100 | PDE4_UCR | 101 | 176 | 0.016 | 16.6 |
| TkA03G397960 | PF29947 | C5orf22 | 118 | 183 | 0.12 | 13.7 |
| TkA03G397960 | PF09177 | STX6_10_61_N | 119 | 174 | 0.74 | 11.1 |
| TkA03G397960 | PF11887 | Mce4_CUP1 | 125 | 192 | 0.051 | 13.9 |
| TkA03G397960 | PF18052 | Rx_N | 126 | 206 | 0.29 | 12.0 |
| TkA03G397960 | PF11981 | DUF3482 | 136 | 238 | 0.26 | 11.4 |
| TkA03G397960 | PF26086 | Niban2 | 137 | 216 | 1.0 | 10.2 |
| TkA03G397960 | PF09177 | STX6_10_61_N | 170 | 216 | 0.74 | 11.1 |
| TkA03G397960 | PF18100 | PDE4_UCR | 213 | 224 | 0.016 | 16.6 |
| TkA03G397960 | PF01095 | Pectinesterase | 274 | 570 | 6.7e-139 | 462.4 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。