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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G382020
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 94254673-94261611 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4866 bp · TkA03G382020|TK1151|cDNA

TTTCAGACAAAGCCTAAATATCCCACGTTTATTAAATGAGTTGAAATTTCCAAAAACCGCTTATCTCCCGCGAACCCATGCATGCAAACCATTACGTATCTTTGAAGTTTGCCACCGAATAGTAACTGAGGAAAAAAGAAGTAACGAATAAAGAACCCTCCTCCTATGCTTTTCCCTTTCTCTCTCTCTATCTCTCTTCCATCACTTCTATGAACTGAAACTGGTTCCCAATTAGTTTCTCTCGCCGACCACCGACTGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3075 bp · TkA03G382020|TK1151|CDS

ATGTTACCTGAGTCAATCGAAGCGTATCTGTCAGCGTTCACTAACTACAGCAGTGGCATGCAGTTACCCGTGATTTACAACAACAAAATAATCGAAAATAATTTCACCTCCATCACGTCTGTGTGTGTTGTACCAAATGTCAATAATGCCCCTGGCGATGGTAGTAGTAGTAAGGCGTCCAGTAAGAAACGGGTAAGGAAAACAAAAGGTTTATCGTTAGTGAACAACTCCCCTTCATTTCAACAGCATATAACTACAAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1024 aa · TkA03G382020|TK1151|PROTEIN

MLPESIEAYLSAFTNYSSGMQLPVIYNNKIIENNFTSITSVCVVPNVNNAPGDGSSSKASSKKRVRKTKGLSLVNNSPSFQQHITTTTKRVKKTSVVSSVYNNQINFANNIGVNIIWEVEGLIKRLERLDIHDNAIVPFQGHGSVVPYDGLFNPVKKRKPRPKVDLDDETSRVWRLLLEDINSQGIDGTDEDKAKWWEEERRVFRGRAESFIARMHLVQGDRRFSRWKGSVLDSVIGVFLTQNVSDHLSSSAFMSLVSRY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G382020
TK1151 IDTkA03G382020
OH-1004 IDLXL04_005054
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)94.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 75.368
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G382020
位置Chr03:94254673-94261611 (-)
描述Similar to ROS1: DNA glycosylase/AP lyase ROS1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g36490 双功能 DNA 糖基化酶/裂解酶，可切除 5-甲基胞嘧啶 (5-meC) 和 5-羟甲基胞嘧啶 (5-hmeC)，留下一个嘧啶缺失 (AP) 位点，随后由裂解酶活性切割。
ROS1, a repressor of transcriptional gene silencing in Arabidopsis, encodes a DNA glycosylase/lyase.2002 · DOI: 10.1016/s0092-8674(02)01133-9
DEMETER and REPRESSOR OF SILENCING 1 encode 5-methylcytosine DNA glycosylases.2006 · DOI: 10.1073/pnas.0601109103
ROS1 5-methylcytosine DNA glycosylase is a slow-turnover catalyst that initiates DNA demethylation in a distributive fashion.2009 · DOI: 10.1093/nar/gkp390
Methylation-independent DNA binding modulates specificity of Repressor of Silencing 1 (ROS1) and facilitates demethylation in long substrates.2010 · DOI: 10.1074/jbc.m110.124578
DDM1 and ROS1 have a role in UV-B induced- and oxidative DNA damage in A. thaliana.2013 · DOI: 10.3389/fpls.2013.00420
AP endonucleases process 5-methylcytosine excision intermediates during active DNA demethylation in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1093/nar/gku834
The carboxy-terminal domain of ROS1 is essential for 5-methylcytosine DNA glycosylase activity.2014 · DOI: 10.1016/j.jmb.2014.09.010
UniProt: Q8LK56 参与基因印记的转录激活因子。 暂无已核实直接文献
At3g10010 潜在的转录激活因子，可能通过切割目标启动子发挥作用。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0218032 双功能DNA糖基化酶/裂解酶，可切除5-甲基胞嘧啶 (5-meC) 和5-羟甲基胞嘧啶 (5-hmeC)，产生一个嘧啶缺位(AP)位点，随后该位点由裂解酶活性切开（可能）。
A null mutation of ROS1a for DNA demethylation in rice is not transmittable to progeny.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2012.05009.x
Mutations in the DNA demethylase OsROS1 result in a thickened aleurone and improved nutritional value in rice grains.2018 · DOI: 10.1073/pnas.1806304115
Os05g0445900 双功能 DNA 糖基化酶/裂解酶，可切除 5-甲基胞嘧啶 (5-meC) 和 5-羟甲基胞嘧啶 (5-hmeC)，留下一个嘧啶缺失 (AP) 位点，随后由裂解酶活性切割。
A 5-methylcytosine DNA glycosylase/lyase demethylates the retrotransposon Tos17 and promotes its transposition in rice.2011 · DOI: 10.1073/pnas.1112704108
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005054 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0006284 base-excision repair 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程
GO:0050832 defense response to fungus 生物过程
GO:0141044 epigenetic programming in the endosperm 生物过程
GO:0141166 chromosomal 5-methylcytosine DNA demethylation pathway 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0043078 polar nucleus 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G36490
ath:AT5G04560
dosa:Os01g0217900
osa:9271145
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.838
排名 1 · TkA03G382020 · TK1151
细胞质0.210
排名 2 · TkA03G382020 · TK1151
线粒体0.037
排名 3 · TkA03G382020 · TK1151
细胞膜0.030
排名 4 · TkA03G382020 · TK1151
内质网0.017
排名 5 · TkA03G382020 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00730HhH-GPD236-261 aa
PF21801ASPP2-like_RA289-302 aa
PF15629Perm-CXXC394-401 aa
PF00730HhH-GPD491-613 aa
PF21801ASPP2-like_RA504-536 aa
PF10576EndIII_4Fe-2S650-666 aa
PF21801ASPP2-like_RA741-775 aa
PF15629Perm-CXXC877-908 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G382020PF00730HhH-GPD2362611.5e-0629.2
TkA03G382020PF21801ASPP2-like_RA2893020.8810.2
TkA03G382020PF15629Perm-CXXC3944019.3e-1452.1
TkA03G382020PF00730HhH-GPD4916131.5e-0629.2
TkA03G382020PF21801ASPP2-like_RA5045360.8810.2
TkA03G382020PF10576EndIII_4Fe-2S6506660.6711.1
TkA03G382020PF21801ASPP2-like_RA7417750.8810.2
TkA03G382020PF15629Perm-CXXC8779089.3e-1452.1
TkA03G382020PF15628RRM_DME91110118.9e-54180.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SJQ6拟南芥sp|Q9SJQ6|ROS1_ARATH DNA glycosylase/AP lyase ROS153.500%Swiss-Prot高置信
Q8LK56拟南芥sp|Q8LK56|DME_ARATH Transcriptional activator DEMETER47.100%Swiss-Prot中等置信
Q9SR66拟南芥sp|Q9SR66|DML2_ARATH DEMETER-like protein 246.100%Swiss-Prot中等置信
C7IW64水稻sp|C7IW64|ROS1A_ORYSJ Protein ROS1A44.500%Swiss-Prot中等置信
B8YIE8水稻sp|B8YIE8|ROS1C_ORYSJ Protein ROS1C45.800%Swiss-Prot中等置信

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