TkA03G363320 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G363320

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 89610506-89614470 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1938 bp · TkA03G363320|TK1151|cDNA

GAGGAGTTGAAGACAATTAAAAAAAAAAAAAAAAACCACAATTAAATCGAAGCGGAATCGTGGGAGATTCCGTCGTCAGTGACACTCTGTTATCTGCAATACGCTTGACTTCAATTTTCTTTTTCTTTTTTCCTTCCTAATTAATTTTTGTTCAAGGGGAGACTGGAGTGAGAAAGATAGATAACCATAACCCCCCTTTTTTTGCTGTGAGCTACAAGCCAATAAAAGCATATCATCTGAATTACGTCAATCCCTTTGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1182 bp · TkA03G363320|TK1151|CDS

ATGGGTTCCTATGGAATGTTAGCAAAGAGAGCTGTGTTTACTGAAACACCCGTCATGGTTCAGATACAAGAATTGCTTCGAGGAATCAAGGGTGCTGTATCTCTAGCCCAGGGTGTTGTCTACTGGCAACCACCAAAACCAGCATTAGAGAAAGTGAAAGAGCTTGTTTGGGAGCCTTCAATCAGTCGATATGGTGCAGATGAAGGTCTTCCTGAGCTTCGAGAGGCATTGACTAAAAAGTTGCGTGAAGAAAATAAGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

393 aa · TkA03G363320|TK1151|PROTEIN

MGSYGMLAKRAVFTETPVMVQIQELLRGIKGAVSLAQGVVYWQPPKPALEKVKELVWEPSISRYGADEGLPELREALTKKLREENKLIKSSVMVTAGANQAFVNIVLALCDAGDSVVMFAPYYFNAYMSFQMTGVTNILVGPGDPKKLHPDADWLEKTLRETKPTPKLVTVVNPGNPSGTYIPESLLKRISDICKKAGCWLVVDNTYEYFMYDGLKHTCIEGNHIVNIFSFSKAYGMMGWRVGYIAFPMDVEGLAPQLLK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G363320`
TK1151 ID	TkA03G363320
OH-1004 ID	LXL04_008521
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G363320

位置 Chr03:89610506-89614470 (-)

描述 Similar to ISS1: Aromatic aminotransferase ISS1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g80360`	协调和阻止生长素和乙烯生物合成，从而调节幼苗中的生长素稳态。	Coordination of auxin and ethylene biosynthesis by the aminotransferase VAS1.2013 · DOI: 10.1038/nchembio.1178 Auxin and Tryptophan Homeostasis Are Facilitated by the ISS1/VAS1 Aromatic Aminotransferase in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1534/genetics.115.180356
`At2g22250`	原核型天冬氨酸转氨酶。	Identification of a plant gene encoding glutamate/aspartate-prephenate aminotransferase: the last homeless enzyme of aromatic amino acids biosynthesis.2010 · DOI: 10.1016/j.febslet.2010.09.037

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008521 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006520 amino acid metabolic process 生物过程

GO:0006555 methionine metabolic process 生物过程

GO:0006569 L-tryptophan catabolic process 生物过程

GO:0009094 L-phenylalanine biosynthetic process 生物过程

GO:0009095 aromatic amino acid family biosynthetic process, prephenate pathway 生物过程

GO:0009641 shade avoidance 生物过程

GO:0009693 ethylene biosynthetic process 生物过程

GO:0009698 phenylpropanoid metabolic process 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009851 auxin biosynthetic process 生物过程

GO:0010366 negative regulation of ethylene biosynthetic process 生物过程

GO:1901997 negative regulation of indoleacetic acid biosynthetic process via tryptophan 生物过程

KEGG 基因交叉引用

aae:aq_1969

ath:AT1G80360

ath:AT2G22250

tma:TM1255

tmi:THEMA_08060

tmm:Tmari_1260

tmw:THMA_1280

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.441

排名 1 · TkA03G363320 · TK1151

过氧化物酶体0.230

排名 2 · TkA03G363320 · TK1151

线粒体0.215

排名 3 · TkA03G363320 · TK1151

细胞核0.139

排名 4 · TkA03G363320 · TK1151

质体0.079

排名 5 · TkA03G363320 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00155Aminotran_1_233-371 aa

PF01053Cys_Met_Meta_PP91-207 aa

PF04864Alliinase_C97-244 aa

PF01212Beta_elim_lyase148-205 aa

PF00266Aminotran_5149-205 aa

PF16267DUF4920186-206 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G363320	`PF00155`	Aminotran_1_2	33	371	1.2e-52	180.0
TkA03G363320	`PF01053`	Cys_Met_Meta_PP	91	207	1.9e-05	24.1
TkA03G363320	`PF04864`	Alliinase_C	97	244	0.066	12.8
TkA03G363320	`PF01212`	Beta_elim_lyase	148	205	0.032	14.3
TkA03G363320	`PF00266`	Aminotran_5	149	205	0.2	11.3
TkA03G363320	`PF16267`	DUF4920	186	206	0.16	12.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C969`	拟南芥	sp\|Q9C969\|ISS1_ARATH Aromatic aminotransferase ISS1	70.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SIE1`	拟南芥	sp\|Q9SIE1\|PAT_ARATH Bifunctional aspartate aminotransferase and glutamate/aspartate-prephenate aminotransferase	28.500%	Swiss-Prot	低置信

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