TkA03G354580 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G354580

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 87453394-87454756 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

589 bp · TkA03G354580|TK1151|cDNA

ATCATGCCTTCCGCCAAGGATGGGGGTGTGACAAAAACCACTTGGATTCGTTTCAGAGGGGTCGAGAGCTACTGGCGTGGTGTCTCTCAGAAGCGCAGACCTCGTGCAGGCCTTGATCGATGCAAATCGATGGAGAGATATGTTTTCCAGCATGATCGGAAGCAGTGCTACAACGGAAGTCATTCTCGATAGCGGCATAAACAATGTCCTCCAACTTATGCAAGCGGAGATTCAGCTCATTTCACCTTCAGTACCAGCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

450 bp · TkA03G354580|TK1151|CDS

ATGTTTTCCAGCATGATCGGAAGCAGTGCTACAACGGAAGTCATTCTCGATAGCGGCATAAACAATGTCCTCCAACTTATGCAAGCGGAGATTCAGCTCATTTCACCTTCAGTACCAGCTCGCGGGATGAAGTTTTTCCAATTCAGCTCACAACAAGCTGAAGGTGTATGGGCGATGGTTGATTTGTCATTTGACGTCGACGATAATGGCAGCATGTGCAGAAGGCTTCCTTCCGGTTGCATTCTGTATCAATTGTTTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

149 aa · TkA03G354580|TK1151|PROTEIN

MFSSMIGSSATTEVILDSGINNVLQLMQAEIQLISPSVPARGMKFFQFSSQQAEGVWAMVDLSFDVDDNGSMCRRLPSGCILYQLFFIAFQVFDKMPRRTMIKCVFAETCERVMLPRLDYKRKRRVISLGMCSLTTFPCFTIVSNSSCI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G354580`
TK1151 ID	TkA03G354580
OH-1004 ID	LXL04_008598
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.987 / OH-1004 74.129 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G354580

位置 Chr03:87453394-87454756 (-)

描述 Similar to HDG1: Homeobox-leucine zipper protein HDG1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g00730`	可能的转录因子参与花青素的组织特异性积累的调节和初生根的细胞组织。	ANTHOCYANINLESS2, a homeobox gene affecting anthocyanin distribution and root development in Arabidopsis.1999 · DOI: 10.1105/tpc.11.7.1217
`At5g52170`	可能的转录因子，可结合 DNA 序列 5'-GCATTAAATGC-3'。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0569100`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os09g0526300`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os04g0627000`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008598 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009827 plant-type cell wall modification 生物过程

GO:0010090 trichome morphogenesis 生物过程

GO:0010143 cutin biosynthetic process 生物过程

GO:0010214 seed coat development 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0043481 anthocyanin accumulation in tissues in response to UV light 生物过程

GO:0048354 mucilage biosynthetic process involved in seed coat development 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048497 maintenance of floral organ identity 生物过程

GO:0048765 root hair cell differentiation 生物过程

GO:0052541 plant-type cell wall cellulose metabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05230

ath:AT3G61150

ath:AT4G00730

dosa:Os02g0674800

dosa:Os04g0569100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.385

排名 1 · TkA03G354580 · TK1151

细胞质0.320

排名 2 · TkA03G354580 · TK1151

线粒体0.148

排名 3 · TkA03G354580 · TK1151

质体0.091

排名 4 · TkA03G354580 · TK1151

细胞膜0.090

排名 5 · TkA03G354580 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01852START11-82 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G354580	`PF01852`	START	11	82	2.8e-06	27.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WV12`	拟南芥	sp\|Q0WV12\|ANL2_ARATH Homeobox-leucine zipper protein ANTHOCYANINLESS 2	47.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LTK3`	拟南芥	sp\|Q9LTK3\|HDG7_ARATH Homeobox-leucine zipper protein HDG7	35.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7Y0V9`	水稻	sp\|Q7Y0V9\|ROC4_ORYSJ Homeobox-leucine zipper protein ROC4	46.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7Y0V7`	水稻	sp\|Q7Y0V7\|ROC6_ORYSJ Homeobox-leucine zipper protein ROC6	39.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0J9X2`	水稻	sp\|Q0J9X2\|ROC2_ORYSJ Homeobox-leucine zipper protein ROC2	38.500%	Swiss-Prot	中等置信

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