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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G329140
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 80926408-80933258 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

5919 bp · TkA03G329140|TK1151|cDNA

AATTACCCTAACACCCAACCTTCCTCCCCGCAAGACAAAAATTCTTTCTCCGAGTCGGGCATATAATATAGGCTGCGACTCTCGACTTTATTTCTATGAAACACCCATTCCAACTTTTCAAAAATTAGGACGAATTCGTCTCTTAATAGCTAGCGACGCAGTATCGTTTTGCTTGGGTCGACCTTATTCTCACCTCACAAACACAAAGATTGTTAATCTGCGCCACTTCGGGACAGCCATTAAAGCTCTTTACCTACAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1944 bp · TkA03G329140|TK1151|CDS

ATGTTCTGGAACGTGAAAAAGACGGTCAACGCCCCTGTCCTCATCGCGTTAGTAGTCGGGAAAGCCGCGGTCAACCGTCAAGACCTAACCCCATCGGACCACATCACCCACGCCTTATCCACCCTCCGGAAGCTTTTCGGAGAATCCAAGGTTCAAGATCCGGTGGCGGCGGTTGTAACCGACTGGGGGCGGGACCCGTTCAGTTACGGCGCGTATTCCTACGTGGCGGTCGGGGCATCCGGGGAAGACTACGACACGTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

647 aa · TkA03G329140|TK1151|PROTEIN

MFWNVKKTVNAPVLIALVVGKAAVNRQDLTPSDHITHALSTLRKLFGESKVQDPVAAVVTDWGRDPFSYGAYSYVAVGASGEDYDTLGRPVNNRLFFAGEATCKEHPDTVGGAMMSGMREAVRMVDLLTTGNDFVSEVEAIAAAKRHSDSERSEVRDIVRRLDGLDVGSEGIMTKEGLLQNMFLNAKSRAGRLHLAKELLNLPSDVLKSFAGTKQGLAVLNSWILDSMGKNGTQLLRHCVRLLVLVSTDLLAVRLSGIGK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G329140
TK1151 IDTkA03G329140
OH-1004 IDLXL04_008822
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)96.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 39.583
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G329140
位置Chr03:80926408-80933258 (-)
描述Similar to LDL3: Lysine-specific histone demethylase 1 homolog 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: F4JLS1 可能的组蛋白去甲基化酶，可降低染色质中组蛋白H3“赖氨酸-4”甲基化水平。 暂无已核实直接文献
At1g62830 可能的组蛋白去甲基化酶，可降低花抑制因子 FLOWERING LOCUS C 和孢子体沉默的花抑制因子 FWA 染色质中组蛋白 H3 'Lys-4' 甲基化水平。
Arabidopsis relatives of the human lysine-specific Demethylase1 repress the expression of FWA and FLOWERING LOCUS C and thus promote the floral transition.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.052373
Involvement of KDM1C histone demethylase-OTLD1 otubain-like histone deubiquitinase complexes in plant gene repression.2011 · DOI: 10.1073/pnas.1014030108
Arabidopsis histone demethylases LDL1 and LDL2 control primary seed dormancy by regulating DELAY OF GERMINATION 1 and ABA signaling-related genes.2015 · DOI: 10.3389/fpls.2015.00159
At3g13682 可能的组蛋白去甲基化酶，可降低花抑制因子 FLOWERING LOCUS C 和孢子体沉默的花抑制因子 FWA 染色质中组蛋白 H3 'Lys-4' 甲基化水平。
Arabidopsis relatives of the human lysine-specific Demethylase1 repress the expression of FWA and FLOWERING LOCUS C and thus promote the floral transition.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.052373
Arabidopsis histone demethylases LDL1 and LDL2 control primary seed dormancy by regulating DELAY OF GERMINATION 1 and ABA signaling-related genes.2015 · DOI: 10.3389/fpls.2015.00159

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0755200 可能的组蛋白去甲基化酶。 暂无已核实直接文献
Os08g0143400 可能的组蛋白去甲基化酶。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008822 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006325 chromatin organization 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程
GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程
GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0046208 spermine catabolic process 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0048510 regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase 生物过程
GO:1903602 thermospermine catabolic process 生物过程
GO:1904629 response to diterpene 生物过程
GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G62830
ath:AT3G10390
ath:AT4G16310
dosa:Os02g0755200
dosa:Os08g0143400
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.631
排名 1 · TkA03G329140 · TK1151
细胞质0.311
排名 2 · TkA03G329140 · TK1151
细胞膜0.105
排名 3 · TkA03G329140 · TK1151
内质网0.058
排名 4 · TkA03G329140 · TK1151
高尔基体0.035
排名 5 · TkA03G329140 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01593Amino_oxidase10-124 aa
PF08711Med2638-64 aa
PF08711Med26256-285 aa
PF23030SCAF11-like_C264-293 aa
PF05907CXXC_Zn-b_euk406-482 aa
PF01593Amino_oxidase419-462 aa
PF23030SCAF11-like_C561-612 aa
PF08236SRI565-639 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G329140PF01593Amino_oxidase101241.5e-2694.4
TkA03G329140PF08711Med2638640.02215.3
TkA03G329140PF08711Med262562850.02215.3
TkA03G329140PF23030SCAF11-like_C2642939.7e-0832.7
TkA03G329140PF05907CXXC_Zn-b_euk4064820.2412.0
TkA03G329140PF01593Amino_oxidase4194621.5e-2694.4
TkA03G329140PF23030SCAF11-like_C5616129.7e-0832.7
TkA03G329140PF08236SRI5656390.0001522.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4JLS1拟南芥sp|F4JLS1|LDL3_ARATH Lysine-specific histone demethylase 1 homolog 357.200%Swiss-Prot高置信
Q8VXV7拟南芥sp|Q8VXV7|LDL1_ARATH Lysine-specific histone demethylase 1 homolog 146.100%Swiss-Prot低置信
Q9LID0拟南芥sp|Q9LID0|LDL2_ARATH Lysine-specific histone demethylase 1 homolog 246.500%Swiss-Prot低置信
Q6Z690水稻sp|Q6Z690|LDL1_ORYSJ Lysine-specific histone demethylase 1 homolog 144.900%Swiss-Prot低置信
Q6YYZ1水稻sp|Q6YYZ1|LDL2_ORYSJ Lysine-specific histone demethylase 1 homolog 241.700%Swiss-Prot低置信

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