TkA03G316030 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G316030

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 77606720-77611516 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3531 bp · TkA03G316030|TK1151|cDNA

ATGCAGATTAACTCTATACATATACCTAACAGTGTGGGAGCACCGAACAAAGCTCCCATACTCGTTACGGATGAATATAATCACTGGGTCACTTGGTTTAAAGGTTATATAGAAGGCAAAGATGAAGAGATTTGGCGGTCCATCGTAAAAGATCCACACAAGCCAACTCTACAACGTGAAGCAACATACGTAGAAGCTGGTCTCGGAGTGGTAGCTGTAGTTACACTCACTCGGGACGATTTCCTGATGTTGAAGGCCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3531 bp · TkA03G316030|TK1151|CDS

ATGCAGATTAACTCTATACATATACCTAACAGTGTGGGAGCACCGAACAAAGCTCCCATACTCGTTACGGATGAATATAATCACTGGGTCACTTGGTTTAAAGGTTATATAGAAGGCAAAGATGAAGAGATTTGGCGGTCCATCGTAAAAGATCCACACAAGCCAACTCTACAACGTGAAGCAACATACGTAGAAGCTGGTCTCGGAGTGGTAGCTGTAGTTACACTCACTCGGGACGATTTCCTGATGTTGAAGGCCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1176 aa · TkA03G316030|TK1151|PROTEIN

MQINSIHIPNSVGAPNKAPILVTDEYNHWVTWFKGYIEGKDEEIWRSIVKDPHKPTLQREATYVEAGLGVVAVVTLTRDDFLMLKADKQAVSELNCTIPPDVFDLVEDCTPAHETWNTLHQLFSGTDAAKDKKMTSAIIAFSSFKALPSEGLQDTFKRYKVCISRLKKSGDVKSNVEINLKFINSLGEAWITVRMIIQGSGKLSKMSLYELYNDLQAQESTVLGKCVRSGGPLALLSADTVGATFDHASQKTRTKTKMVA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G316030`
TK1151 ID	TkA03G316030
OH-1004 ID	LXL04_029455
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	50.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.575 / OH-1004 36.667 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G316030

位置 Chr03:77606720-77611516 (+)

描述 Similar to RE1: Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02960`	转座子RE2来源的逆转录病毒相关Pol多蛋白。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q94HW2`	来自转座子 RE1 的逆转录病毒相关 Pol 多蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029455 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0015074 DNA integration 生物过程

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能

GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能

GO:0004519 endonuclease activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.490

排名 1 · TkA03G316030 · TK1151

细胞质0.469

排名 2 · TkA03G316030 · TK1151

线粒体0.061

排名 3 · TkA03G316030 · TK1151

细胞膜0.049

排名 4 · TkA03G316030 · TK1151

内质网0.043

排名 5 · TkA03G316030 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14223Retrotran_gag_283-221 aa

PF22468ACT_9172-201 aa

PF00098zf-CCHC346-361 aa

PF14847Ras_bdg_2404-455 aa

PF21600ZSWIM1-3_helical471-517 aa

PF21600ZSWIM1-3_helical817-845 aa

PF22936Pol_BBD832-853 aa

PF00098zf-CCHC852-856 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G316030	`PF14223`	Retrotran_gag_2	83	221	1.4e-10	42.0
TkA03G316030	`PF22468`	ACT_9	172	201	0.16	12.4
TkA03G316030	`PF00098`	zf-CCHC	346	361	0.32	11.9
TkA03G316030	`PF14847`	Ras_bdg_2	404	455	0.18	12.9
TkA03G316030	`PF21600`	ZSWIM1-3_helical	471	517	0.89	10.3
TkA03G316030	`PF21600`	ZSWIM1-3_helical	817	845	0.89	10.3
TkA03G316030	`PF22936`	Pol_BBD	832	853	0.048	14.7
TkA03G316030	`PF00098`	zf-CCHC	852	856	0.32	11.9
TkA03G316030	`PF13976`	gag_pre-integrs	883	954	2.3e-13	50.4
TkA03G316030	`PF21600`	ZSWIM1-3_helical	905	926	0.89	10.3
TkA03G316030	`PF00665`	rve	971	1048	3.1e-07	31.3
TkA03G316030	`PF25597`	SH3_retrovirus	1046	1075	0.0052	17.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZT94`	拟南芥	sp\|Q9ZT94\|POLR2_ARATH Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE2	27.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q94HW2`	拟南芥	sp\|Q94HW2\|POLR1_ARATH Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1	27.700%	Swiss-Prot	低置信

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