TkA03G293330 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G293330

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 72319048-72320232 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1185 bp · TkA03G293330|TK1151|cDNA

ATGCATTCTGATCGATCAAACTTCTCAGCCGCCGACGATGACTCCAACATTGACGACGAAGCCAGCCGTATGAGCGATGAGGGTTCTCCGATGATGATGTCACCATGGAATCAAACCCGCCCTTTTCAACCATCTACTTCCTCCGCTTCAAGTCCCGAAAGCAGCGGTCTCATCGGATCTCTGGTGAGGGAGGAAGGCCACATTTACTCCCTTGCCGCCACCGGAGGCCTCCTGTACACCGGCTCCGACAGCAAGAATAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1185 bp · TkA03G293330|TK1151|CDS

ATGCATTCTGATCGATCAAACTTCTCAGCCGCCGACGATGACTCCAACATTGACGACGAAGCCAGCCGTATGAGCGATGAGGGTTCTCCGATGATGATGTCACCATGGAATCAAACCCGCCCTTTTCAACCATCTACTTCCTCCGCTTCAAGTCCCGAAAGCAGCGGTCTCATCGGATCTCTGGTGAGGGAGGAAGGCCACATTTACTCCCTTGCCGCCACCGGAGGCCTCCTGTACACCGGCTCCGACAGCAAGAATAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

394 aa · TkA03G293330|TK1151|PROTEIN

MHSDRSNFSAADDDSNIDDEASRMSDEGSPMMMSPWNQTRPFQPSTSSASSPESSGLIGSLVREEGHIYSLAATGGLLYTGSDSKNIHVWKNMKLFTTFKSNSGLVKAIIISDERIFTGHQDGKVRVWKSNAKDQKIHKRIGTFPKFFDILKSSMKSKNYVEVKRNRTALWIKHCDAISCLSINEEEGLLYSGSWDRTFKVWKMSNSKCLESVKAHEDAVNSVVSTVDNLVFTGSAEGSVKVWKREGKGKNMKHMFVKTL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G293330`
TK1151 ID	TkA03G293330
OH-1004 ID	LXL04_031625
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	63.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.416 / OH-1004 86.073 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G293330

位置 Chr03:72319048-72320232 (-)

描述 Similar to JGB: Protein JINGUBANG

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26490`	花粉萌发的负调控因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031625 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000281 mitotic cytokinesis 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0031037 myosin II filament disassembly 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:1903013 response to differentiation-inducing factor 1 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005826 actomyosin contractile ring 细胞组分

GO:0048188 Set1C/COMPASS complex 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26490

ath:AT3G49660

ddi:DDB_G0289115

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.546

排名 1 · TkA03G293330 · TK1151

细胞质0.337

排名 2 · TkA03G293330 · TK1151

细胞膜0.117

排名 3 · TkA03G293330 · TK1151

溶酶体／液泡0.058

排名 4 · TkA03G293330 · TK1151

内质网0.049

排名 5 · TkA03G293330 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24017Beta-prop_SCAP41-294 aa

PF11715Beta-prop_Nup120_16046-215 aa

PF17005WD40_like58-102 aa

PF24817WD40_WDHD1_1st59-156 aa

PF25173Beta-prop_WDR3_1st64-91 aa

PF00400WD4065-90 aa

PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st65-141 aa

PF25048Beta-prop_TEP1_C66-99 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G293330	`PF24017`	Beta-prop_SCAP	41	294	2.7e-15	56.9
TkA03G293330	`PF11715`	Beta-prop_Nup120_160	46	215	0.0029	17.1
TkA03G293330	`PF17005`	WD40_like	58	102	0.00048	20.3
TkA03G293330	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	59	156	1.5e-23	84.1
TkA03G293330	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	64	91	1.7e-34	119.9
TkA03G293330	`PF00400`	WD40	65	90	4.5e-40	135.1
TkA03G293330	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	65	141	1.3e-12	48.4
TkA03G293330	`PF25048`	Beta-prop_TEP1_C	66	99	8.4e-20	71.3
TkA03G293330	`PF25391`	WD40_Gbeta	70	94	6.5e-15	55.7
TkA03G293330	`PF20426`	NBCH_WD40	71	100	1.9e-13	50.8
TkA03G293330	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	71	99	1.2e-08	35.3
TkA03G293330	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	72	95	6.9e-10	39.1
TkA03G293330	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	73	246	2.5e-35	122.9
TkA03G293330	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	73	134	1.1e-27	97.5
TkA03G293330	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	73	139	3e-25	89.8
TkA03G293330	`PF24796`	WDR55	73	131	2.6e-20	73.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O48716`	拟南芥	sp\|O48716\|JGB_ARATH Protein JINGUBANG	64.900%	Swiss-Prot	高置信

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