TkA03G286680 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G286680

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 70758014-70761183 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1445 bp · TkA03G286680|TK1151|cDNA

CGTCTATCCACTAGTTATGTGCAACGCCCCTATCTTTTACTCTCGGGAAAACGAAAAAAGATCAGTGGTGAATTAAACCGTTCTCCCACTCTCGCCATAGATTTTATTACCACCTGGTTGCAATCGAGGTCCGGCAGTTGTAGCTATGGCTGTTCATCTATCTAGTGTATTTTCAGCAAAGCTTCAATTTCACCGCCTATAGTTCAATATCAAAGGAGACCGTCGTTAACGGTGGTTGCATCCGCCTCCCGGCGCCTCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

846 bp · TkA03G286680|TK1151|CDS

ATGATTGGGCTGATCTTGAACCGATCTTTACCACTGGACAAAAAGTTTACGTCCTGTTCAGGTCATATTGGAAAAACAGAAAGAGAACTGAAAGAACAGCTGAAGTTGATGGATGTTGTAATAGAAGTTAGAGATGGTAGGATTCCAATGTCCACAAGTCACCCTCTGATGGATTCATGGCTTGGTAATAGAAAAAGAATCTTGGTGTTGAACAGAGAAGACATGATATCAACAGCTGACCGAAATGCTTGGGCAGATTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

281 aa · TkA03G286680|TK1151|PROTEIN

MIGLILNRSLPLDKKFTSCSGHIGKTERELKEQLKLMDVVIEVRDGRIPMSTSHPLMDSWLGNRKRILVLNREDMISTADRNAWADYYGRQGIKVVFSNGQLGMGTMKLGRLAKSVAAAVNIKRRARGLLPRPVRAGIVGYPNVGKSSLINRLLKRRMCPAAPRPGVTRSLKWVRFGSDLELLDSPGIIPMRMSDQAAAIKLAICDDIGEKSYDFTDVAGVLVQILSKLPEANKNALWERYKIDTDGGCGRTFVHKLAVE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G286680`
TK1151 ID	TkA03G286680
OH-1004 ID	LXL04_018813
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.171 / OH-1004 66.753 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G286680

位置 Chr03:70758014-70761183 (-)

描述 Similar to DGP3: DAR GTPase 3, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02790`	可能参与叶绿体核糖体组装的GTP酶（可能）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018813 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程

GO:0070129 regulation of mitochondrial translation 生物过程

GO:1902775 mitochondrial large ribosomal subunit assembly 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

GO:0005525 GTP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G02790

bce:BC3836

bss:BSUW23_08265

bsu:BSU16050

gwc:GWCH70_1095

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.907

排名 1 · TkA03G286680 · TK1151

细胞质0.084

排名 2 · TkA03G286680 · TK1151

细胞核0.077

排名 3 · TkA03G286680 · TK1151

细胞膜0.018

排名 4 · TkA03G286680 · TK1151

质体0.018

排名 5 · TkA03G286680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01926MMR_HSR128-71 aa

PF02421FeoB_N62-77 aa

PF03193RsgA_GTPase62-111 aa

PF03308MeaB117-154 aa

PF01926MMR_HSR1136-194 aa

PF02421FeoB_N137-192 aa

PF00350Dynamin_N138-173 aa

PF03193RsgA_GTPase138-156 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G286680	`PF01926`	MMR_HSR1	28	71	1.9e-16	60.9
TkA03G286680	`PF02421`	FeoB_N	62	77	6.8e-05	23.2
TkA03G286680	`PF03193`	RsgA_GTPase	62	111	0.00017	22.2
TkA03G286680	`PF03308`	MeaB	117	154	0.22	11.2
TkA03G286680	`PF01926`	MMR_HSR1	136	194	1.9e-16	60.9
TkA03G286680	`PF02421`	FeoB_N	137	192	6.8e-05	23.2
TkA03G286680	`PF00350`	Dynamin_N	138	173	0.00012	22.8
TkA03G286680	`PF03193`	RsgA_GTPase	138	156	0.00017	22.2
TkA03G286680	`PF08477`	Roc	138	160	0.17	12.9
TkA03G286680	`PF04548`	AIG1	138	205	0.25	11.3
TkA03G286680	`PF13238`	AAA_18	138	175	0.27	12.5
TkA03G286680	`PF00350`	Dynamin_N	178	197	0.00012	22.8
TkA03G286680	`PF01926`	MMR_HSR1	209	223	1.9e-16	60.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H1F6`	拟南芥	sp\|Q8H1F6\|DGP3_ARATH DAR GTPase 3, chloroplastic	74.100%	Swiss-Prot	高置信

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