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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G281970
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 69581985-69585274 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2016 bp · TkA03G281970|TK1151|cDNA

AATAAAAGGAATATGGTACTGTTCATTATTAATCGAATGGAAAAAAAACCCGTGGTGCTTACAAGTTACCATCTTGATTCGATTTCAGTGGCTTTCAAATCGAGGGAGGATCACAGGAAACAAATGGAACTGGAGGAAGCACGTAAAGCTGGGCTGGCACCTGCAGAAGTGGATGAAGATGGAAAGGAAATCAATCCCCATATTCCTCAATACATGTCGTCTGCCCCTTGGTATCTGAATGCAGAAAGACCGAGTCTAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1662 bp · TkA03G281970|TK1151|CDS

ATGGTACTGTTCATTATTAATCGAATGGAAAAAAAACCCGTGGTGCTTACAAGTTACCATCTTGATTCGATTTCAGTGGCTTTCAAATCGAGGGAGGATCACAGGAAACAAATGGAACTGGAGGAAGCACGTAAAGCTGGGCTGGCACCTGCAGAAGTGGATGAAGATGGAAAGGAAATCAATCCCCATATTCCTCAATACATGTCGTCTGCCCCTTGGTATCTGAATGCAGAAAGACCGAGTCTAAAGCATCAAAGGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

553 aa · TkA03G281970|TK1151|PROTEIN

MVLFIINRMEKKPVVLTSYHLDSISVAFKSREDHRKQMELEEARKAGLAPAEVDEDGKEINPHIPQYMSSAPWYLNAERPSLKHQRKWKSDPNYTKSWYDRGAKIYQADKYRKGACENCGAMTHTTKTCMERPRKLGAKWTSKNIAPDEKIETFELDYDGKRDRWNGYDAASYAHVIERYEARDEARKKFLKDQQLKKLEEKGNADEGVSDDEDNEDALKIDEAKVDESKQMDFAKVEKRVRTTGGGSTGTVRNLRIRED...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G281970
TK1151 IDTkA03G281970
OH-1004 IDLXL04_008159
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)93.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 95.841 / OH-1004 94.170
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G281970
位置Chr03:69581985-69585274 (-)
描述Similar to Os08g0127700: Pre-mRNA-splicing factor SLU7
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g65660 参与前mRNA剪接的第二步催化，当外显子I的自由羟基攻击3'-剪接位点以生成剪接mRNA和切除的套索内含子（通过相似性）。
The recessive epigenetic swellmap mutation affects the expression of two step II splicing factors required for the transcription of the cell proliferation gene STRUWWELPETER and for the timing of cell cycle arrest in the Arabidopsis leaf.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.032771
At4g37120 参与前mRNA剪接的第二步催化，当外显子I的自由羟基攻击3'-剪接位点以生成剪接mRNA和切除的套索内含子（通过相似性）。
The recessive epigenetic swellmap mutation affects the expression of two step II splicing factors required for the transcription of the cell proliferation gene STRUWWELPETER and for the timing of cell cycle arrest in the Arabidopsis leaf.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.032771
SWELLMAP 2, a phyB-Interacting Splicing Factor, Negatively Regulates Seedling Photomorphogenesis in Arabidopsis .2022 · DOI: 10.3389/fpls.2022.836519

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: A2YQU8 参与前 mRNA 剪接的第二个催化步骤，当外显子 I 的自由羟基攻击 3' 剪接位点生成剪接后的 mRNA 和切除的套索状内含子。 暂无已核实直接文献
Os08g0127700 参与前 mRNA 剪接的第二个催化步骤，当外显子 I 的自由羟基攻击 3' 剪接位点生成剪接后的 mRNA 和切除的套索状内含子。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008159 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009637 response to blue light 生物过程
GO:0010100 negative regulation of photomorphogenesis 生物过程
GO:0010114 response to red light 生物过程
GO:0010218 response to far red light 生物过程
GO:0010230 alternative respiration 生物过程
GO:0045292 mRNA cis splicing, via spliceosome 生物过程
GO:1900140 regulation of seedling development 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G65660
ath:AT4G37120
dosa:Os08g0127700
gga:416157
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.758
排名 1 · TkA03G281970 · TK1151
细胞质0.279
排名 2 · TkA03G281970 · TK1151
细胞膜0.029
排名 3 · TkA03G281970 · TK1151
线粒体0.025
排名 4 · TkA03G281970 · TK1151
内质网0.019
排名 5 · TkA03G281970 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11708Slu728-46 aa
PF30379SLU7_N33-45 aa
PF30379SLU7_N110-135 aa
PF14392zf-CCHC_4114-129 aa
PF11708Slu7156-422 aa
PF28659GMI1_N294-321 aa
PF06884DUF1264467-528 aa
PF28659GMI1_N498-542 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G281970PF11708Slu728461.3e-96324.2
TkA03G281970PF30379SLU7_N33451.6e-0937.7
TkA03G281970PF30379SLU7_N1101351.6e-0937.7
TkA03G281970PF14392zf-CCHC_41141290.1712.2
TkA03G281970PF11708Slu71564221.3e-96324.2
TkA03G281970PF28659GMI1_N2943211.010.5
TkA03G281970PF06884DUF12644675280.0314.6
TkA03G281970PF28659GMI1_N4985421.010.5
TkA03G281970PF11708Slu75075201.3e-96324.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SHY8拟南芥sp|Q9SHY8|SLU7A_ARATH Pre-mRNA-splicing factor SLU7-A79.800%Swiss-Prot高置信
O23174拟南芥sp|O23174|SLU7B_ARATH Pre-mRNA-splicing factor SLU7-B72.700%Swiss-Prot高置信
A2YQU8水稻sp|A2YQU8|SLU7_ORYSI Pre-mRNA-splicing factor SLU780.000%Swiss-Prot高置信
Q6ZK48水稻sp|Q6ZK48|SLU7_ORYSJ Pre-mRNA-splicing factor SLU780.000%Swiss-Prot高置信

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