TkA03G199870 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G199870

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 50113906-50119091 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2798 bp · TkA03G199870|TK1151|cDNA

AATGCAACAAATTTGTTGTTTACTAATTTATCTGCGTAAACAACTCCGCCGTCTCTTTCTATCTCACAAGTCACAACAACATTGTAACGTAACGTCGGACAAGAATACATTAACAAAATTCTCAAGAATAGATCGAGTGGAAGACATGGTTTGGTTTGGATGTTGGATTGCACTACTAGTGTTCACGGTGGAGGTGGGGGGAGCAACCGTGAGTTATGACGGAAGATCACTTATTATTGATGGACAGCGCACAATATTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2553 bp · TkA03G199870|TK1151|CDS

ATGCAACAAATTTGTTGTTTACTAATTTATCTGCGTAAACAACTCCGCCGTCTCTTTCTATCTCACAAGTCACAACAACATTGTAACGTAACGTCGGACAAGAATACATTAACAAAATTCTCAAGAATAGATCGAGTGGAAGACATGGTTTGGTTTGGATGTTGGATTGCACTACTAGTGTTCACGGTGGAGGTGGGGGGAGCAACCGTGAGTTATGACGGAAGATCACTTATTATTGATGGACAGCGCACAATATTGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

850 aa · TkA03G199870|TK1151|PROTEIN

MQQICCLLIYLRKQLRRLFLSHKSQQHCNVTSDKNTLTKFSRIDRVEDMVWFGCWIALLVFTVEVGGATVSYDGRSLIIDGQRTILFSGSIHYARSTPDMWPSLIAKAKKGGLDVIQTYVFWNLHEPQPGQYDFSGRNDIISFIKQVQQQGLYVSLRIGPFIEAEWTYGGLPFWLHDVPGIVFRTNNEPFKLHMQNFTTKIVNMMKAENLFASQGGPIILSQIENEYQNVEGSFHDDGRQYVNWTATMAVSQNTNEPWMM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G199870`
TK1151 ID	TkA03G199870
OH-1004 ID	LXL04_007628
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G199870

位置 Chr03:50113906-50119091 (-)

描述 Similar to BGAL16: Beta-galactosidase 16

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g77410`	β-半乳糖苷酶 16。	暂无已核实直接文献
`At5g63800`	β-半乳糖苷酶6。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0428100`	β-半乳糖苷酶7。	暂无已核实直接文献
`Os01g0580200`	β-半乳糖苷酶 2。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007628 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009827 plant-type cell wall modification 生物过程

GO:0019388 galactose catabolic process 生物过程

GO:0048354 mucilage biosynthetic process involved in seed coat development 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0004565 beta-galactosidase activity 分子功能

GO:0030246 carbohydrate binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G77410

ath:AT5G63800

dosa:Os01g0580200

dosa:Os08g0549200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.371

排名 1 · TkA03G199870 · TK1151

细胞外0.249

排名 2 · TkA03G199870 · TK1151

细胞质0.175

排名 3 · TkA03G199870 · TK1151

内质网0.159

排名 4 · TkA03G199870 · TK1151

细胞膜0.154

排名 5 · TkA03G199870 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01301Glyco_hydro_3576-383 aa

PF02449Glyco_hydro_4299-230 aa

PF02140SUEL_Lectin260-277 aa

PF17834GHD407-462 aa

PF21944Hemotin427-462 aa

PF13385Laminin_G_3506-563 aa

PF13364BetaGal_ABD2510-582 aa

PF21467BetaGal_gal-bd516-555 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G199870	`PF01301`	Glyco_hydro_35	76	383	2.8e-111	372.9
TkA03G199870	`PF02449`	Glyco_hydro_42	99	230	1.5e-05	25.2
TkA03G199870	`PF02140`	SUEL_Lectin	260	277	1e-19	71.4
TkA03G199870	`PF17834`	GHD	407	462	8.4e-24	83.8
TkA03G199870	`PF21944`	Hemotin	427	462	0.24	11.9
TkA03G199870	`PF13385`	Laminin_G_3	506	563	0.0055	17.6
TkA03G199870	`PF13364`	BetaGal_ABD2	510	582	3.2e-07	31.8
TkA03G199870	`PF21467`	BetaGal_gal-bd	516	555	1.6e-25	89.7
TkA03G199870	`PF13385`	Laminin_G_3	640	706	0.0055	17.6
TkA03G199870	`PF13364`	BetaGal_ABD2	643	718	3.2e-07	31.8
TkA03G199870	`PF21467`	BetaGal_gal-bd	650	716	1.6e-25	89.7
TkA03G199870	`PF02140`	SUEL_Lectin	772	849	1e-19	71.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GX69`	拟南芥	sp\|Q8GX69\|BGA16_ARATH Beta-galactosidase 16	59.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FFN4`	拟南芥	sp\|Q9FFN4\|BGAL6_ARATH Beta-galactosidase 6	58.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q75HQ3`	水稻	sp\|Q75HQ3\|BGAL7_ORYSJ Beta-galactosidase 7	51.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q8W0A1`	水稻	sp\|Q8W0A1\|BGAL2_ORYSJ Beta-galactosidase 2	48.700%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情