TkA03G195740 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G195740

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 49165168-49178594 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2745 bp · TkA03G195740|TK1151|cDNA

GTTTGGTAAATATTTGGGATCTTGGAGGTTCAAATATTCATCTAATTTACCAGGACTTGGGAGTCGTATCACGTATGGTAACAAATACTTCGTGACATTCGTCCACGGCAAAAAATAACTGCTGCCGCCCTTTTGGCCTCTCAAGAACATTTGGTCTCGTGGCACTGACTGCAAACTCAACTCGGTACTGCAAGGATAAGGAAGACAGGAGGAAAAGACGGATGGAAATGGTGTCTCTATGCTCTTCTGACAAAACCCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

2520 bp · TkA03G195740|TK1151|CDS

ATGGAAATGGTGTCTCTATGCTCTTCTGACAAAACCCTAGTTCAACCTTTCTCTTTATTTTCATCTTCCCATGTTTTCTTTCCTAAGTTCGTTCGATTAAAGGCCAACAGGACAAATATCACTTATCATGGCAAATATTGTCTCAAAATTAGGGCTTCCTCGTCTTCGACTTCTGTGGTGTCCTCAGCTACCCCCCAAAATGAAGACGCGGAGTCTTTGCAGCTGTTTGAGAAACTGAAGGAGAGAGAGAAAGAGCGTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

839 aa · TkA03G195740|TK1151|PROTEIN

MEMVSLCSSDKTLVQPFSLFSSSHVFFPKFVRLKANRTNITYHGKYCLKIRASSSSTSVVSSATPQNEDAESLQLFEKLKEREKERINKLEELDRKANTQLERQLVMASNWSRTLLTIQQKLKGTEWDPENSHRIAYSEFLSLLNSKNVQYMEYSNYGQTVSVILPHYKEGVTKSESEKDIVFKRHIVDRMPIDSWNDIWGKLHQQLVNVDVVNVNSIPSEVYSSVATIVVWSMRLALAIGLYVWIDNIMRPIYAKLIPC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G195740`
TK1151 ID	TkA03G195740
OH-1004 ID	LXL04_020131
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	39.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 55.304 / OH-1004 64.503 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G195740

位置 Chr03:49165168-49178594 (-)

描述 Similar to FTSH2: ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 2, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g64580`	在叶绿体生物发生和叶绿体分裂中发挥功能。	FtsHi4 is essential for embryogenesis due to its influence on chloroplast development in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0099741

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020131 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程

GO:0010205 photoinhibition 生物过程

GO:0010206 photosystem II repair 生物过程

GO:0010304 PSII associated light-harvesting complex II catabolic process 生物过程

GO:0030163 protein catabolic process 生物过程

GO:0048564 photosystem I assembly 生物过程

GO:0072593 reactive oxygen species metabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G06430

ath:AT2G30950

ath:AT5G15250

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.864

排名 1 · TkA03G195740 · TK1151

线粒体0.116

排名 2 · TkA03G195740 · TK1151

细胞核0.050

排名 3 · TkA03G195740 · TK1151

细胞质0.044

排名 4 · TkA03G195740 · TK1151

细胞膜0.026

排名 5 · TkA03G195740 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01434Peptidase_M4153-103 aa

PF17675APG6_N59-154 aa

PF13086AAA_1164-103 aa

PF00004AAA67-120 aa

PF05062RICH70-102 aa

PF21607FabD_helical_ins88-107 aa

PF06480FtsH_ext128-209 aa

PF20720nSTAND3288-318 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G195740	`PF01434`	Peptidase_M41	53	103	0.036	14.6
TkA03G195740	`PF17675`	APG6_N	59	154	0.072	14.2
TkA03G195740	`PF13086`	AAA_11	64	103	0.11	13.0
TkA03G195740	`PF00004`	AAA	67	120	3e-42	144.9
TkA03G195740	`PF05062`	RICH	70	102	4.6	8.4
TkA03G195740	`PF21607`	FabD_helical_ins	88	107	1.1	10.3
TkA03G195740	`PF06480`	FtsH_ext	128	209	0.001	19.9
TkA03G195740	`PF20720`	nSTAND3	288	318	0.0013	19.2
TkA03G195740	`PF00910`	RNA_helicase	295	321	0.097	13.9
TkA03G195740	`PF05496`	RuvB_N	298	403	1.8e-06	28.5
TkA03G195740	`PF06068`	TIP49	303	369	0.00073	19.5
TkA03G195740	`PF05062`	RICH	305	327	4.6	8.4
TkA03G195740	`PF06745`	ATPase	325	351	0.12	12.4
TkA03G195740	`PF02367`	TsaE	328	358	0.14	12.8
TkA03G195740	`PF13191`	AAA_16	331	387	0.00048	21.4
TkA03G195740	`PF00158`	Sigma54_activat	333	355	0.12	12.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4KF14`	拟南芥	sp\|F4KF14\|FTSI4_ARATH Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 4, chloroplastic	80.000%	Swiss-Prot	高置信

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