TkA03G186530 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G186530

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 46978176-46981110 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1768 bp · TkA03G186530|TK1151|cDNA

CAGCAAAATTTCGGGGGCATCATATTAGTCCAGTAGGTGGTATATATGAACGTTTGGCCCAGAAAAAATTTAACCTAATACTCTTTCCGGTCGACATACGAACAAGAACAACGCATTGGAGCTGGAGCGGGAAAACTCAAATTGATTGGCAATCAAAAGCTGTAATCCGCATGTCTCATTGGTTGATTGCCAATCGACACCTAGAAATCTGGAAAAAGTTGCTGAAGATCGAGGAGGCCAGGAGCGTAATCATAAAATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

975 bp · TkA03G186530|TK1151|CDS

ATGACTAGCAGTTCAAAGTGTGTTAATATAATAGATGTGGATAAATATGAAGATGCAAAGTCTGATATTATAGATTTAGATAAAGATGAAGCTGTAGATGATTTCTACATGTATGACGAGGATGAGCTGTTACTGATTTCCGCTGAGAAATACACCCAAATATCCGAAAGAAAAGCATCATCAACACCCCACAACTCGCAAAAAGATAATAAATTAATGGTGAGATCTGAAGGAGAGAGCTTTTGTGGCATTTGTATGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

324 aa · TkA03G186530|TK1151|PROTEIN

MTSSSKCVNIIDVDKYEDAKSDIIDLDKDEAVDDFYMYDEDELLLISAEKYTQISERKASSTPHNSQKDNKLMVRSEGESFCGICMDTKSGSEMFSNPKVCGHLFCLDCIRQHVSVKIQENVAMVKCPDPTCKSLIGPEVCGSIVPKQVLERWEDALCESWILKKFYCPFKDCSAMLVDDSGKVVTSSECPNCNRLFCAQCKVAWHSGLNCREYKKRNPEEDIMLMELAKNEKWQRCPSCNYLVEKRGGCSIIKCRCGHF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G186530`
TK1151 ID	TkA03G186530
OH-1004 ID	LXL04_007517
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 85.488 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G186530`
位置	Chr03:46978176-46981110 (-)
描述	Similar to ARI3: Probable E3 ubiquitin-protein ligase ARI3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_007517` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程 GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程 GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0010431 seed maturation 生物过程 GO:0010476 gibberellin mediated signaling pathway 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0140547 acquisition of seed longevity 生物过程 GO:0000151 ubiquitin ligase complex 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT2G26130 ath:AT2G31760 ath:AT2G31770 ath:AT2G31780 ath:AT3G27710 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.874

排名 1 · TkA03G186530 · TK1151

细胞质0.194

排名 2 · TkA03G186530 · TK1151

细胞膜0.038

排名 3 · TkA03G186530 · TK1151

内质网0.026

排名 4 · TkA03G186530 · TK1151

线粒体0.012

排名 5 · TkA03G186530 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13192Thioredoxin_347-64 aa

PF22191IBR_180-87 aa

PF25454zf-C3HC4_IRF-2BP1_281-129 aa

PF13445zf-RING_UBOX82-128 aa

PF00097zf-C3HC482-128 aa

PF13639zf-RING_282-128 aa

PF24921RING_XB3-XBAT3182-132 aa

PF13923zf-C3HC4_282-113 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G186530	`PF13192`	Thioredoxin_3	47	64	3.9	8.3
TkA03G186530	`PF22191`	IBR_1	80	87	0.0023	18.5
TkA03G186530	`PF25454`	zf-C3HC4_IRF-2BP1_2	81	129	0.0094	16.9
TkA03G186530	`PF13445`	zf-RING_UBOX	82	128	4.9e-06	27.2
TkA03G186530	`PF00097`	zf-C3HC4	82	128	0.0013	19.3
TkA03G186530	`PF13639`	zf-RING_2	82	128	0.0018	19.2
TkA03G186530	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	82	132	0.012	16.4
TkA03G186530	`PF13923`	zf-C3HC4_2	82	113	0.015	15.8
TkA03G186530	`PF01485`	IBR	98	112	1.6e-17	64.0
TkA03G186530	`PF22191`	IBR_1	98	113	0.0023	18.5
TkA03G186530	`PF26200`	Rcat_RNF216	100	107	5.5e-05	24.4
TkA03G186530	`PF01485`	IBR	118	138	1.6e-17	64.0
TkA03G186530	`PF02591`	Zn_ribbon_9	124	128	0.016	16.0
TkA03G186530	`PF22191`	IBR_1	126	129	0.0023	18.5
TkA03G186530	`PF02591`	Zn_ribbon_9	140	153	0.016	16.0
TkA03G186530	`PF01485`	IBR	152	211	1.6e-17	64.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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