TkA03G186480 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G186480

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 46957423-46965917 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2735 bp · TkA03G186480|TK1151|cDNA

AGTTAACAAACCTAAATTTACGAATTATCAACAAAGTGCATGTTTTTTGTTCTAATAAAAACTTCTTTTGGCATTTCAGATTTATTATAACTTTTATTTAATCAATCCGTGTAAGATCGAGTATTTCTCCATTCTGCACCCACGTTGATTTGAAACTCCCACCCTTTTTGTATTCATGAATTAAAAGCTTTTCAATAAATTTCCGCCGACGCTTTGCTTCCTCCACCGCCTCTTCTTGTGTGCGTTCGTTATTATAAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

801 bp · TkA03G186480|TK1151|CDS

ATGGTTGATCAAGAATCTGGCCACCAAATCGAGCATGATAATTTAAATATTGATGGTAATGATACTGTAGAAGAATTTGAAGTCCGAATTTTGGGACCGGAAAGTTCTGGTGGGCCATGGCAAACTAAAGGAACAATCCGCATGCAAAGTTCTGAGAATGCATTGACTGTGCGAGTCGTTACATTATCCAATACAACAACCAGAGAAAACGAAACACTTATGGCGATTGGGACAGCATATGTCCAAGGAGAGGATGTGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

266 aa · TkA03G186480|TK1151|PROTEIN

MVDQESGHQIEHDNLNIDGNDTVEEFEVRILGPESSGGPWQTKGTIRMQSSENALTVRVVTLSNTTTRENETLMAIGTAYVQGEDVAARGRVLLFSVENSTDTSQATVTEVYSKEMKGAISALASVQGYLLVASGPKVILHKWTGTDLSGVAFFDAPPLYVVSLNIVKNFILLGDIHKSIYFLSWKEQGSQLTLLPKVFGSLDCFSTEFLIDGNSSPALSSMSGPTSPSSFACRCSRPQPPTKPTGSRSCLGHWTGVWGV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G186480`
TK1151 ID	TkA03G186480
OH-1004 ID	LXL04_021704
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	92.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 80.451 / OH-1004 14.558 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G186480

位置 Chr03:46957423-46965917 (+)

描述 Similar to CPSF160: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g51660`	CPSF 在前 mRNA 3' 端形成中起关键作用，识别 AAUAAA 信号序列，并与多聚腺苷酸聚合酶及其他因子相互作用，实现剪切和加尾多聚腺苷酸。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0252200`	CPSF 在前 mRNA 3' 端形成中起关键作用，识别 AAUAAA 信号序列，并与多聚腺苷酸聚合酶及其他因子相互作用，实现剪切和加尾多聚腺苷酸。	暂无已核实直接文献
`Os05g0592400`	参与DNA修复所必需。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021704 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0031123 RNA 3'-end processing 生物过程

GO:0031124 mRNA 3'-end processing 生物过程

GO:0180012 co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005847 mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex 细胞组分

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0019899 enzyme binding 分子功能

GO:0035925 mRNA 3'-UTR AU-rich region binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G51660

bta:282703

hsa:29894

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.556

排名 1 · TkA03G186480 · TK1151

细胞质0.407

排名 2 · TkA03G186480 · TK1151

内质网0.094

排名 3 · TkA03G186480 · TK1151

高尔基体0.067

排名 4 · TkA03G186480 · TK1151

细胞膜0.059

排名 5 · TkA03G186480 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03178CPSF_A27-214 aa

PF25048Beta-prop_TEP1_C118-185 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G186480	`PF03178`	CPSF_A	27	214	4.3e-43	148.6
TkA03G186480	`PF25048`	Beta-prop_TEP1_C	118	185	0.14	12.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FGR0`	拟南芥	sp\|Q9FGR0\|CPSF1_ARATH Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1	71.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q7XWP1`	水稻	sp\|Q7XWP1\|CPSF1_ORYSJ Probable cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1	71.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q6L4S0`	水稻	sp\|Q6L4S0\|DDB1_ORYSJ DNA damage-binding protein 1	28.200%	Swiss-Prot	低置信

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