TkA03G184030 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G184030

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 46317284-46320887 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1817 bp · TkA03G184030|TK1151|cDNA

AAGAAAATAAAGCAGGGGTATATCAAGGAATGGAATCAAACCGTAGGTGATTGCCAGTGAGACTGGTCGATGAGCACGTAGCACCTATTACAGAAATGGAATCGCACAGAACAAAGCGGTACCTTTTGTAGAATCGATACAATCGTAATACCCACTTCAAGAGAGGAACATCAATCCATATTTGAGAGAAAGAAATCGATGGGCGGCGGAGGAGGTGCTGGAGGTGTCCGTGGAATTCTGCTGGACAGCTCTGTAATCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1509 bp · TkA03G184030|TK1151|CDS

ATGGGCGGCGGAGGAGGTGCTGGAGGTGTCCGTGGAATTCTGCTGGACAGCTCTGTAATCTTGGACTCCACCTCAAACGACAATGAAACTGCATCAATTCGCTCCGGTGCTGACTATTTACTTGGCAAGCTTCGACATTCCAACATTCCGACGGGAATATGTTATGAAGTAGGTCTCCCAGAACCAAAGGTGAAGCTTCTTGAGAAGCTGATTAGTGAATACTCATTTGAGGGATTCATCTACAATCAATCTTCTATAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

502 aa · TkA03G184030|TK1151|PROTEIN

MGGGGGAGGVRGILLDSSVILDSTSNDNETASIRSGADYLLGKLRHSNIPTGICYEVGLPEPKVKLLEKLISEYSFEGFIYNQSSIDDTVNDVSKAWGKNGGSILHVVLNNYEGLFSNVTNSGWMNVVVNVDGDGLSKNPNGICIEKLEELPMIISELNKKSNEDNVVVGYIMKPSREADFAKRGAFPLNPTKNGLIFLPLTFNLPILPQLKKVDIIIHKATDEISSIERSNSFNSSSKIIYTTGMLELQRCIGELPDCC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G184030`
TK1151 ID	TkA03G184030
OH-1004 ID	LXL04_007490
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G184030

位置 Chr03:46317284-46320887 (+)

描述 Similar to ITPK4: Inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g43980`	激酶，可以磷酸化肌醇多磷酸盐 Ins(1,3,4)P3 形成 InsP4。	Arabidopsis thaliana inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase 4 (AtITPK4) is an outlier to a family of ATP-grasp fold proteins from Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1016/j.febslet.2007.07.046

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0518700`	激酶，可以磷酸化各种肌醇多磷酸盐如 Ins(3,4,5,6)P4 或 Ins(1,3,4)P3，并参与发育中种子的植酸生物合成。	暂无已核实直接文献
`UniProt: B8BDK0`	激酶，可以磷酸化各种肌醇多磷酸盐如 Ins(3,4,5,6)P4 或 Ins(1,3,4)P3，并参与发育中种子的植酸生物合成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007490 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010264 myo-inositol hexakisphosphate biosynthetic process 生物过程

GO:0032957 inositol trisphosphate metabolic process 生物过程

GO:0070266 necroptotic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016324 apical plasma membrane 细胞组分

GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能

GO:0000825 inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 6-kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016787 hydrolase activity 分子功能

GO:0016853 isomerase activity 分子功能

GO:0047325 inositol-3,4,5,6-tetrakisphosphate 1-kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G43980

dosa:Os09g0518700

dre:406290

mmu:217837

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.569

排名 1 · TkA03G184030 · TK1151

细胞核0.410

排名 2 · TkA03G184030 · TK1151

细胞膜0.083

排名 3 · TkA03G184030 · TK1151

内质网0.061

排名 4 · TkA03G184030 · TK1151

溶酶体／液泡0.050

排名 5 · TkA03G184030 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28688HAD_ITPK4_N8-161 aa

PF17927Ins134_P3_kin_N168-268 aa

PF17927Ins134_P3_kin_N282-324 aa

PF05770Ins134_P3_kin294-481 aa

PF28688HAD_ITPK4_N380-409 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G184030	`PF28688`	HAD_ITPK4_N	8	161	1.1e-55	188.6
TkA03G184030	`PF17927`	Ins134_P3_kin_N	168	268	0.0046	18.1
TkA03G184030	`PF17927`	Ins134_P3_kin_N	282	324	0.0046	18.1
TkA03G184030	`PF05770`	Ins134_P3_kin	294	481	7.6e-27	94.9
TkA03G184030	`PF28688`	HAD_ITPK4_N	380	409	1.1e-55	188.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80568`	拟南芥	sp\|O80568\|ITPK4_ARATH Inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase 4	52.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q0J0B2`	水稻	sp\|Q0J0B2\|ITPK6_ORYSJ Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase 6	48.300%	Swiss-Prot	中等置信
`B8BDK0`	水稻	sp\|B8BDK0\|ITPK6_ORYSI Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase 6	48.100%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情