TkA03G158060 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G158060

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 40081059-40096553 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

7930 bp · TkA03G158060|TK1151|cDNA

CATTAACTCATATTTGTGAGAGGAAAAATAGGGTTTTTGCCTGTTACATTTCGTCGCATCACACCCCACTCCCTTCTCTGGACACTGCTCTGGAACACTTGGTAAACCCTATGAATTTGGTGAATAAAATCGTCGTCGATCTCCGATCAAGCTAAATTCAGCCACGGCGGAACGCTACTCACCAACAGTCTTCGAATCTTTGTGTAAATAAATCAATCAAGGTGGGCAATTGCTTGCCCACCCTAGAAACTTCCCCCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

7401 bp · TkA03G158060|TK1151|CDS

ATGGCGGCTCCTGCGCAATCCTATCGTTTTGGCGGTCCGGCCACCACAGCAGCTGCTGCCGGGAATATCGAAGCTCTTAACAGAGTCCTTTCCGACCTTTGTACTAGAGGCGCCCCAAAGGATGGTTCTGCTTTTGCTTTAAGAAAACATGTTGAAGAAGAAGCACGTGCTCTTAGTGGAGAAGCCTTTTCTCGTTTCATGGATCAATTATATGATCGAATCACTACTCTTCTAGAGAGCAATGATGTTGCTGACAATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2466 aa · TkA03G158060|TK1151|PROTEIN

MAAPAQSYRFGGPATTAAAAGNIEALNRVLSDLCTRGAPKDGSAFALRKHVEEEARALSGEAFSRFMDQLYDRITTLLESNDVADNLGALRATDELIDLRLGESGTKVSKFSNYMRIVFDTKRDPEILILASKVLGHLARAGGAMTADEVECQVKNALKWLGGERVEYRRFAAVLILKEMAENASTVFNVHVPEFVDAIWVALRDPTLAVRERAVEALRACLRVIEKRETRWRVQWYYRMFEATQDGLGKNASVHSIHGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G158060`
TK1151 ID	TkA03G158060
OH-1004 ID	LXL04_007334
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	97.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G158060

位置 Chr03:40081059-40096553 (+)

描述 Similar to TOR: Serine/threonine-protein kinase TOR

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g50030`	必需的细胞生长调控因子，控制从早期胚胎到种子生成的发展。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0235300`	TORC1复合物的组成部分，该复合物是控制植物发育的必需细胞生长调节因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007334 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0001558 regulation of cell growth 生物过程

GO:0006935 chemotaxis 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007584 response to nutrient 生物过程

GO:0009267 cellular response to starvation 生物过程

GO:0009303 rRNA transcription 生物过程

GO:0009615 response to virus 生物过程

GO:0009630 gravitropism 生物过程

GO:0009688 abscisic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G50030

ddi:DDB_G0281569

dosa:Os05g0235300

spo:2540473

spo:2540720

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.474

排名 1 · TkA03G158060 · TK1151

细胞核0.314

排名 2 · TkA03G158060 · TK1151

高尔基体0.181

排名 3 · TkA03G158060 · TK1151

溶酶体／液泡0.130

排名 4 · TkA03G158060 · TK1151

细胞膜0.113

排名 5 · TkA03G158060 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24714TOR1L1_N42-141 aa

PF23271HEAT_GCN1154-236 aa

PF24987HEAT_EF3_N169-228 aa

PF13513HEAT_EZ170-219 aa

PF25786HEAT_GCN1_C172-227 aa

PF25782TPR_CAND1172-226 aa

PF24714TOR1L1_N173-333 aa

PF20416UTP20173-226 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G158060	`PF24714`	TOR1L1_N	42	141	3.3e-09	37.2
TkA03G158060	`PF23271`	HEAT_GCN1	154	236	1.8e-14	55.0
TkA03G158060	`PF24987`	HEAT_EF3_N	169	228	0.0015	19.2
TkA03G158060	`PF13513`	HEAT_EZ	170	219	4.5e-13	50.1
TkA03G158060	`PF25786`	HEAT_GCN1_C	172	227	1.7e-05	25.6
TkA03G158060	`PF25782`	TPR_CAND1	172	226	0.015	16.4
TkA03G158060	`PF24714`	TOR1L1_N	173	333	3.3e-09	37.2
TkA03G158060	`PF20416`	UTP20	173	226	0.041	14.0
TkA03G158060	`PF12717`	Cnd1	180	217	1.6e-06	28.9
TkA03G158060	`PF25757`	TPR_DNAAF5	183	229	0.015	15.3
TkA03G158060	`PF13646`	HEAT_2	191	219	3.6e-07	31.1
TkA03G158060	`PF01602`	Adaptin_N	195	305	1.2e-05	24.9
TkA03G158060	`PF02985`	HEAT	196	224	3.4e-05	24.4
TkA03G158060	`PF23227`	HEAT_MROH2B_C	202	318	1.2e-05	25.5
TkA03G158060	`PF21581`	SCD	202	222	0.071	14.1
TkA03G158060	`PF13181`	TPR_8	212	224	0.0037	18.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FR53`	拟南芥	sp\|Q9FR53\|TOR_ARATH Serine/threonine-protein kinase TOR	80.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q0DJS1`	水稻	sp\|Q0DJS1\|TOR_ORYSJ Serine/threonine-protein kinase TOR	76.000%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情