基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
TkA03G138160
当前版本: TK1151
染色体: Chr03
坐标: 35416469-35418447
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA1796 bp · TkA03G138160|TK1151|cDNA
ATGCTTCGATGTCCTAAATTCCCCGTCAATCGCCTTGCGGGATATATTCTTCGCCAACTCGCTGTCCAAGTTAATCAGCTTCGTGCGAAATCCGGCCGTCCTCCTTTCAAGAACAGATACGACGACAACGACGAGGACGATAACAATAACTCCGGAGTTGGACCCGCCGACACGGTTCTTGAAATCGGACCCGGCACCGGAAATCTAACCCTGAAGCTTCTCGAAGTTGCACACAAGGTTGTTGCAGTGGAAGTTGATAA...
CDS
下载 CDS FASTA990 bp · TkA03G138160|TK1151|CDS
ATGCTTCGATGTCCTAAATTCCCCGTCAATCGCCTTGCGGGATATATTCTTCGCCAACTCGCTGTCCAAGTTAATCAGCTTCGTGCGAAATCCGGCCGTCCTCCTTTCAAGAACAGATACGACGACAACGACGAGGACGATAACAATAACTCCGGAGTTGGACCCGCCGACACGGTTCTTGAAATCGGACCCGGCACCGGAAATCTAACCCTGAAGCTTCTCGAAGTTGCACACAAGGTTGTTGCAGTGGAAGTTGATAA...
329 aa · TkA03G138160|TK1151|PROTEIN
MLRCPKFPVNRLAGYILRQLAVQVNQLRAKSGRPPFKNRYDDNDEDDNNNSGVGPADTVLEIGPGTGNLTLKLLEVAHKVVAVEVDNRMVQVLQTRVSVHGLAEKLTIISEDALKTDFPHFDLVVANIPYGISSPLIAKLVFGGYKFRSATLLLQKEFAIRLLANPGDSDFNRLAVNVKLVADIDHVMNVSKKEFVPIPKVDSSVVKIRLKTEIPDVDLNEWWAFTKTCFGKKNKTLGATFRQKKKVSELLNLSKLIDFD...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | TkA03G138160 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA03G138160 |
| OH-1004 ID | LXL04_026767 |
| 关系 / 置信度 | 跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系 |
| 蛋白一致性 (%) | 32.400 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 58.967 / OH-1004 61.947覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | TK1151 / GWHBCHF00000000 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | TkA03G138160 |
|---|---|
| 位置 | Chr03:35416469-35418447 (-) |
| 描述 | Similar to PFC1: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase, chloroplastic |
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 | |
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · |
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0009409 response to cold 生物过程 GO:0031167 rRNA methylation 生物过程 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0000179 rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity 分子功能 GO:0003723 RNA binding 分子功能 GO:0016422 mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase activity 分子功能 GO:0052908 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity 分子功能 |
| KEGG 基因交叉引用 | ana:alr3229 ath:AT1G01860 cmu:TC_0633 mta:Moth_0052 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
线粒体0.439
细胞质0.245
细胞核0.212
过氧化物酶体0.105
质体0.041
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF01209Ubie_methyltran52-132 aaPF02475TRM5-TYW2_MTfase52-129 aaPF00398RrnaAD54-266 aaPF06325PrmA55-128 aaPF01135PCMT55-113 aaPF13847Methyltransf_3156-127 aaPF05219DREV56-96 aaPF05175MTS57-130 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| TkA03G138160 | PF01209 | Ubie_methyltran | 52 | 132 | 0.0098 | 16.0 |
| TkA03G138160 | PF02475 | TRM5-TYW2_MTfase | 52 | 129 | 0.11 | 13.2 |
| TkA03G138160 | PF00398 | RrnaAD | 54 | 266 | 5e-54 | 183.9 |
| TkA03G138160 | PF06325 | PrmA | 55 | 128 | 8e-05 | 23.0 |
| TkA03G138160 | PF01135 | PCMT | 55 | 113 | 0.15 | 12.5 |
| TkA03G138160 | PF13847 | Methyltransf_31 | 56 | 127 | 0.00016 | 22.2 |
| TkA03G138160 | PF05219 | DREV | 56 | 96 | 0.047 | 13.5 |
| TkA03G138160 | PF05175 | MTS | 57 | 130 | 4.5e-05 | 23.8 |
| TkA03G138160 | PF13489 | Methyltransf_23 | 57 | 126 | 0.0013 | 19.2 |
| TkA03G138160 | PF09445 | Methyltransf_15 | 58 | 131 | 0.087 | 13.1 |
| TkA03G138160 | PF02390 | Methyltransf_4 | 58 | 115 | 0.19 | 11.9 |
| TkA03G138160 | PF13649 | Methyltransf_25 | 59 | 127 | 2e-09 | 38.7 |
| TkA03G138160 | PF08241 | Methyltransf_11 | 60 | 127 | 7.9e-07 | 30.3 |
| TkA03G138160 | PF08242 | Methyltransf_12 | 60 | 127 | 1.6e-06 | 29.5 |
| TkA03G138160 | PF29244 | Methyltransf_ANTKMT | 61 | 126 | 3.7e-06 | 28.1 |
| TkA03G138160 | PF01170 | UPF0020 | 76 | 133 | 0.00077 | 19.9 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。