TkA03G124790 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G124790

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 32048789-32054850 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2399 bp · TkA03G124790|TK1151|cDNA

TATAGATCACCAAAGGACCTTAAGCTTAAAAGACATGTAGGACTAGGAGGGCTACGAGCGGGTTAGCGGGTCCTGTATTGGGTATAAAATAAAGTAACAGGTATCGCGTCGTACAAGACTATAAGTCCCTTTTGCAAGCCCTAAAATTTCAATACAAACGCAGCGGTTCTAGATAATTGTAGGGACACAAAGAGATCTGAAAATCGGAACAGAATTCAGACGATGACGGATTACGAAGAAAGATACGAGGGTAACGGTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

471 bp · TkA03G124790|TK1151|CDS

ATGGGGGACAAGACTCTCACCGTCCGGCGCGCCAACCAGGGCCAGACCCAGCCCAAACCGGAACAGGAGAGCGTGTTGTTGCATGCTCAGCAACAGATCGCGTTACAGAGGATGATGCTGCAACCGCCTGGGACCGCGGTTGGGACCGTAACCAATGCCACCAGGGTGTTGTGTTTGACCGAGGTGGTTACTGAGGATGAGCTTAAGGATGATGAAGATTATGAGGATATTTTGGAGGATATGAAAATTGAATGTGGGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

156 aa · TkA03G124790|TK1151|PROTEIN

MGDKTLTVRRANQGQTQPKPEQESVLLHAQQQIALQRMMLQPPGTAVGTVTNATRVLCLTEVVTEDELKDDEDYEDILEDMKIECGKFGSLVNVVIPRPNPNGEPAPGVGKVFLEYADTEGSTKARAGLNGRKFGGNQVVAIFYPENKFNEGVYDG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G124790`
TK1151 ID	TkA03G124790
OH-1004 ID	LXL04_007122
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 24.635 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G124790

位置 Chr03:32048789-32054850 (-)

描述 Similar to U2AF65B: Splicing factor U2af large subunit B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g60900`	前体 mRNA 剪接所必需的。	暂无已核实直接文献
`At4g36690`	前体 mRNA 剪接所必需的。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007122 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000245 spliceosomal complex assembly 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0000243 commitment complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0016607 nuclear speck 细胞组分

GO:0071004 U2-type prespliceosome 细胞组分

GO:0089701 U2AF complex 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G60900

ath:AT4G36690

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.777

排名 1 · TkA03G124790 · TK1151

细胞质0.420

排名 2 · TkA03G124790 · TK1151

细胞膜0.049

排名 3 · TkA03G124790 · TK1151

内质网0.038

排名 4 · TkA03G124790 · TK1151

线粒体0.033

排名 5 · TkA03G124790 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10610Tafi-CsgC6-42 aa

PF29326RRM_MUD2_C54-153 aa

PF00076RRM_159-70 aa

PF28977DUF848961-94 aa

PF00076RRM_180-139 aa

PF28977DUF8489109-149 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G124790	`PF10610`	Tafi-CsgC	6	42	0.11	13.4
TkA03G124790	`PF29326`	RRM_MUD2_C	54	153	1.8e-13	51.2
TkA03G124790	`PF00076`	RRM_1	59	70	1e-05	26.0
TkA03G124790	`PF28977`	DUF8489	61	94	0.00029	21.8
TkA03G124790	`PF00076`	RRM_1	80	139	1e-05	26.0
TkA03G124790	`PF28977`	DUF8489	109	149	0.00029	21.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L716`	拟南芥	sp\|Q8L716\|U2A2B_ARATH Splicing factor U2af large subunit B	69.000%	Swiss-Prot	高置信
`O23212`	拟南芥	sp\|O23212\|U2A2A_ARATH Splicing factor U2af large subunit A	70.800%	Swiss-Prot	高置信

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