TkA03G087310 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G087310

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 22300567-22303062 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1198 bp · TkA03G087310|TK1151|cDNA

ATCCTTTAGATGACAACCGCCATAGCCATTGAAGATGTGAGAAGAGAGGTAAAGATATTGCGAGCTTTAACAGGACATAACAACTTAGTGCAGTTTTATGATGCATATGAAGATCATGAAAAAGTCTACGTTGTGATGGAGTTATGTGAAGGAGGGGAACTCTTGGATAGAATACTTTCAAGAGGTGGGAAGTACACCGAAGATGACGCAAAATCCGTATTGATACAAATATTAAATGTTGTTGCGTTTTGTCATCTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1137 bp · TkA03G087310|TK1151|CDS

ATGACAACCGCCATAGCCATTGAAGATGTGAGAAGAGAGGTAAAGATATTGCGAGCTTTAACAGGACATAACAACTTAGTGCAGTTTTATGATGCATATGAAGATCATGAAAAAGTCTACGTTGTGATGGAGTTATGTGAAGGAGGGGAACTCTTGGATAGAATACTTTCAAGAGGTGGGAAGTACACCGAAGATGACGCAAAATCCGTATTGATACAAATATTAAATGTTGTTGCGTTTTGTCATCTTCAAGGTGTGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

378 aa · TkA03G087310|TK1151|PROTEIN

MTTAIAIEDVRREVKILRALTGHNNLVQFYDAYEDHEKVYVVMELCEGGELLDRILSRGGKYTEDDAKSVLIQILNVVAFCHLQGVVHRDLKPENFLFTSKDENSPLKAIDFGLSDFVKPDERLNDIVGSAYYVAPEVLHRSYSTEADVWSIGVIAYILLCGSRPFWARSESGIFRAVLKADPSFDEAPWPTLSSEAKDFVKRLLNKDPRKRMTAAQGLSHPWIRNTTNEVKVPLDISILRLMKAYMRSSALRKAALRAL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G087310`
TK1151 ID	TkA03G087310
OH-1004 ID	LXL04_006910
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.148 / OH-1004 61.120 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G087310

位置 Chr03:22300567-22303062 (-)

描述 Similar to CRK5: CDPK-related kinase 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g50530`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At1g49580`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At2g41140`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用（通过相似性）。	The calmodulin-binding protein kinase 3 is part of heat-shock signal transduction in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03544.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0366200`	在体外具备激酶活性。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006910 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0004683 calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity 分子功能

GO:0005516 calmodulin binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0009931 calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G49580

ath:AT2G41140

ath:AT3G50530

ath:AT3G56760

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.472

排名 1 · TkA03G087310 · TK1151

细胞核0.286

排名 2 · TkA03G087310 · TK1151

细胞膜0.253

排名 3 · TkA03G087310 · TK1151

高尔基体0.090

排名 4 · TkA03G087310 · TK1151

内质网0.070

排名 5 · TkA03G087310 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr6-216 aa

PF00069Pkinase8-224 aa

PF01636APH8-53 aa

PF03109ABC139-124 aa

PF06293Kdo40-113 aa

PF09124Endonuc-dimeris50-74 aa

PF14531Kinase-like68-172 aa

PF01636APH85-116 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G087310	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	6	216	5.8e-27	95.3
TkA03G087310	`PF00069`	Pkinase	8	224	8.4e-66	222.8
TkA03G087310	`PF01636`	APH	8	53	0.00058	20.4
TkA03G087310	`PF03109`	ABC1	39	124	6e-05	23.0
TkA03G087310	`PF06293`	Kdo	40	113	0.00042	20.5
TkA03G087310	`PF09124`	Endonuc-dimeris	50	74	0.27	12.1
TkA03G087310	`PF14531`	Kinase-like	68	172	0.00011	22.3
TkA03G087310	`PF01636`	APH	85	116	0.00058	20.4
TkA03G087310	`PF11443`	DUF2828	243	305	0.019	14.6
TkA03G087310	`PF13499`	EF-hand_7	271	333	8.1e-05	23.6
TkA03G087310	`PF13405`	EF-hand_6	272	297	0.018	15.4
TkA03G087310	`PF00036`	EF-hand_1	272	298	0.019	15.2
TkA03G087310	`PF01636`	APH	308	345	0.00058	20.4
TkA03G087310	`PF13405`	EF-hand_6	324	332	0.018	15.4
TkA03G087310	`PF00036`	EF-hand_1	324	332	0.019	15.2
TkA03G087310	`PF13499`	EF-hand_7	346	372	8.1e-05	23.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SCS2`	拟南芥	sp\|Q9SCS2\|CAMK5_ARATH CDPK-related kinase 5	84.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FX86`	拟南芥	sp\|Q9FX86\|CAMK8_ARATH CDPK-related kinase 8	78.400%	Swiss-Prot	高置信
`O80673`	拟南芥	sp\|O80673\|CAMK1_ARATH CDPK-related kinase 1	76.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q10KY3`	水稻	sp\|Q10KY3\|CAMK1_ORYSJ Calcium/calmodulin-dependent serine/threonine-protein kinase 1	76.000%	Swiss-Prot	高置信

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