TkA03G084860 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G084860

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 21592887-21604514 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3351 bp · TkA03G084860|TK1151|cDNA

CTTGTTTCTCTTTCTTTTTCTTTTTCTTTCGCTTTTGTTCCTGTTTGTTTCTCTTTCTTTCGCTGCTGGAAGATGGAGCTGATCGATTGAAGGTTTAATGATATAGAAATAGGTTTTAAATGCTTACCGTTGGAGAAATGGAGCTGATCGATTGAAGGTGCAAGATGAAGAAGATGGAGAAATGGGCGATTACAGGGGTTCGGCGATTACAGGGGTTCGTAATCCCTCATGCTTTGGACAGGGGTTCGTATTCCCTCATG...

CDS

下载 CDS FASTA

1761 bp · TkA03G084860|TK1151|CDS

ATGCAGTCCGCCAATCTGAACGCTTTATTACACATCAATTGGCAATCGGTTCAAGGATTAAAGACATTTTCCATGGATTCTGTATCGGAATCCACTACGAAATCATCAGTTAATGAATTCGGTAGTTCATCGAATAATGAACCTTCTCAGCCTTGTGGCAATCAACCGATTCCTTCTTCTGATACAGTTGAATACTTCTTTCCTGTGGTTGGAGAAGAGTTTAAGCCAAAATTGAAAAGAAATTTTAAGTCTTTGGATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

586 aa · TkA03G084860|TK1151|PROTEIN

MQSANLNALLHINWQSVQGLKTFSMDSVSESTTKSSVNEFGSSSNNEPSQPCGNQPIPSSDTVEYFFPVVGEEFKPKLKRNFKSLDEGIEFYMRYAKEAGFDANMSTVKRYRGGDISTRYIICSRWGFSEVVNHDSTKEIQAQRKRKTSSKKKGCPALVVLKRCSPNSNDFFVSKFFEQHNHCLVSKQNHHLLRVNRQLDIVEQSLIHTFGSYNIGATRAFTLLSSIKGGYDVNGGTVTDYKNFKRDLNVSVGKNDAQML...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G084860`
TK1151 ID	TkA03G084860
OH-1004 ID	LXL04_002426
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	92.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.686 / OH-1004 71.953 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G084860

位置 Chr03:21592887-21604514 (-)

描述 Similar to FRS5: Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g38180`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	暂无已核实直接文献
`At4g15090`	转录激活剂，可识别并结合 DNA 共有序列 5'-CACGCGC-3'。	暂无已核实直接文献
`At1g76320`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	暂无已核实直接文献
`At2g27110`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002426 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0009639 response to red or far red light 生物过程

GO:0010017 red or far-red light signaling pathway 生物过程

GO:0010018 far-red light signaling pathway 生物过程

GO:0010218 response to far red light 生物过程

GO:0042753 positive regulation of circadian rhythm 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:1900056 negative regulation of leaf senescence 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G76320

ath:AT2G27110

ath:AT3G22170

ath:AT4G15090

ath:AT4G38180

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.899

排名 1 · TkA03G084860 · TK1151

细胞质0.171

排名 2 · TkA03G084860 · TK1151

线粒体0.032

排名 3 · TkA03G084860 · TK1151

细胞膜0.019

排名 4 · TkA03G084860 · TK1151

内质网0.012

排名 5 · TkA03G084860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03101FAR190-185 aa

PF20783DUF5575_N137-184 aa

PF21599ZSWIM3_N139-182 aa

PF21056ZSWIM1-3_RNaseH-like274-384 aa

PF10551MULE306-397 aa

PF00665rve321-376 aa

PF00872Transposase_mut342-405 aa

PF21056ZSWIM1-3_RNaseH-like463-508 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G084860	`PF03101`	FAR1	90	185	2.2e-14	54.7
TkA03G084860	`PF20783`	DUF5575_N	137	184	0.0071	17.2
TkA03G084860	`PF21599`	ZSWIM3_N	139	182	0.087	14.1
TkA03G084860	`PF21056`	ZSWIM1-3_RNaseH-like	274	384	6.4e-09	36.5
TkA03G084860	`PF10551`	MULE	306	397	2.1e-27	96.0
TkA03G084860	`PF00665`	rve	321	376	0.13	13.3
TkA03G084860	`PF00872`	Transposase_mut	342	405	0.16	11.6
TkA03G084860	`PF21056`	ZSWIM1-3_RNaseH-like	463	508	6.4e-09	36.5
TkA03G084860	`PF21599`	ZSWIM3_N	496	512	0.087	14.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZL8`	拟南芥	sp\|Q9SZL8\|FRS5_ARATH Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5	32.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SWG3`	拟南芥	sp\|Q9SWG3\|FAR1_ARATH Protein FAR-RED IMPAIRED RESPONSE 1	29.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q6NQJ7`	拟南芥	sp\|Q6NQJ7\|FRS4_ARATH Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 4	29.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q9ZVC9`	拟南芥	sp\|Q9ZVC9\|FRS3_ARATH Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 3	27.800%	Swiss-Prot	低置信

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