TkA03G058440 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G058440

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 15056423-15057321 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

562 bp · TkA03G058440|TK1151|cDNA

ATCAGTCTCTCTAATCCTATACACCCTAAACACACACATACGGGGACATCCATGGATGTGTATATAGTCTTGCAAGAAGCAGGGATTGCCAAATACGTTATGTATTTATGTTTTGTTTTATGTTCCATTCAAAACACCGTGCTATATCTTTTTCGTTTCACGAGCATCTTTGAGTCGGATGATACCTGGCATCACAATCATCAAGATCCGTCTGATGGCCCTCCTCTTTCAGCGGTGCTAACTCGTGAATTCCTTGTGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

477 bp · TkA03G058440|TK1151|CDS

ATGGATGTGTATATAGTCTTGCAAGAAGCAGGGATTGCCAAATACGTTATGTATTTATGTTTTGTTTTATGTTCCATTCAAAACACCGTGCTATATCTTTTTCGTTTCACGAGCATCTTTGAGTCGGATGATACCTGGCATCACAATCATCAAGATCCGTCTGATGGCCCTCCTCTTTCAGCGGTGCTAACTCGTGAATTCCTTGTGGTCACAAACTATAAGGACATTCACAGAATGGATTTGCCGGAAAGTTGTGCAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

158 aa · TkA03G058440|TK1151|PROTEIN

MDVYIVLQEAGIAKYVMYLCFVLCSIQNTVLYLFRFTSIFESDDTWHHNHQDPSDGPPLSAVLTREFLVVTNYKDIHRMDLPESCAVCLDEFGRDDKTRCLKNCMHIFHQGCLDSWMDHAHDTCPICRTSLLPNAYQNEYKKRFKGVAFGLTPIQGRI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G058440`
TK1151 ID	TkA03G058440
OH-1004 ID	LXL04_006696
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	95.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 79.798 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G058440

位置 Chr03:15056423-15057321 (-)

描述 Similar to BRH1: Brassinosteroid-responsive RING protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g46650`	RING-H2 指蛋白 ATL30。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006696 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010200 response to chitin 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0047484 regulation of response to osmotic stress 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:1901371 regulation of leaf morphogenesis 生物过程

GO:1905421 regulation of plant organ morphogenesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23980

ath:AT2G01150

ath:AT3G61460

ath:AT4G11360

ath:AT4G11370

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.301

排名 1 · TkA03G058440 · TK1151

内质网0.270

排名 2 · TkA03G058440 · TK1151

细胞质0.231

排名 3 · TkA03G058440 · TK1151

高尔基体0.202

排名 4 · TkA03G058440 · TK1151

细胞膜0.195

排名 5 · TkA03G058440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23555zf-RING_Vps4119-28 aa

PF12861zf-ANAPC1176-130 aa

PF12678zf-rbx178-128 aa

PF22795DUF4796_N79-91 aa

PF21349RUBY_RBDX80-88 aa

PF13920zf-C3HC4_383-130 aa

PF13639zf-RING_284-128 aa

PF17120zf-RING_1684-125 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G058440	`PF23555`	zf-RING_Vps41	19	28	2.1	8.7
TkA03G058440	`PF12861`	zf-ANAPC11	76	130	5.1e-05	24.0
TkA03G058440	`PF12678`	zf-rbx1	78	128	2.6e-05	25.1
TkA03G058440	`PF22795`	DUF4796_N	79	91	0.021	15.4
TkA03G058440	`PF21349`	RUBY_RBDX	80	88	0.037	14.2
TkA03G058440	`PF13920`	zf-C3HC4_3	83	130	0.00072	20.0
TkA03G058440	`PF13639`	zf-RING_2	84	128	2.7e-12	47.4
TkA03G058440	`PF17120`	zf-RING_16	84	125	0.0041	17.4
TkA03G058440	`PF22908`	PHD_NSD	84	123	0.27	12.3
TkA03G058440	`PF17123`	zf-RING_11	85	113	1e-07	32.2
TkA03G058440	`PF14634`	zf-RING_5	85	129	5.6e-07	30.1
TkA03G058440	`PF00097`	zf-C3HC4	85	127	2.5e-06	28.0
TkA03G058440	`PF13923`	zf-C3HC4_2	85	127	3e-06	27.6
TkA03G058440	`PF13445`	zf-RING_UBOX	85	125	8.7e-06	26.4
TkA03G058440	`PF14447`	Prok-RING_4	85	130	0.048	14.3
TkA03G058440	`PF14835`	zf-RING_6	85	130	0.055	14.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FIR0`	拟南芥	sp\|Q9FIR0\|ATL30_ARATH RING-H2 finger protein ATL30	34.800%	Swiss-Prot	中等置信

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