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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G027990
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 7512817-7515948 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

951 bp · TkA03G027990|TK1151|cDNA

ATGAGTTCTAATGTATCAGATTCGAACACTCTTTCAGGGGCTATTTCAACAACACATAAGACAGTTCTCACCACAAAATCCACACATATTCAAAAGGAAAATTTCAAGAAGCTTTCATCTTACTTGGAGAAAACAACATACATTCTACAAGAATTAACAAAGTTTGAGATCAATGATTCCGGGAGCTTAAAAACCAACAGGAACATAATTGACCTCTTGCTCAATTCTAGAAAAATCGTTAAGAGCTTAGAAAATGTCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

951 bp · TkA03G027990|TK1151|CDS

ATGAGTTCTAATGTATCAGATTCGAACACTCTTTCAGGGGCTATTTCAACAACACATAAGACAGTTCTCACCACAAAATCCACACATATTCAAAAGGAAAATTTCAAGAAGCTTTCATCTTACTTGGAGAAAACAACATACATTCTACAAGAATTAACAAAGTTTGAGATCAATGATTCCGGGAGCTTAAAAACCAACAGGAACATAATTGACCTCTTGCTCAATTCTAGAAAAATCGTTAAGAGCTTAGAAAATGTCAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

316 aa · TkA03G027990|TK1151|PROTEIN

MSSNVSDSNTLSGAISTTHKTVLTTKSTHIQKENFKKLSSYLEKTTYILQELTKFEINDSGSLKTNRNIIDLLLNSRKIVKSLENVTKEIGSDINLLPNLIPFNGLSQDITKLSNIMTDAKYQETLREDEIKEKIELRIRERNVDRAFANNLLVSIADVIGISTDQSVLRQEYEDFKNEMETVWPVEDVAEVIWAHGPVHGPNLVLSINTKLGSLCQVVVLGHLILRIIFLPLRGDRSSAFRTLVQSYNRYLTRSALVWD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G027990
TK1151 IDTkA03G027990
OH-1004 IDLXL04_035375
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)70.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.101 / OH-1004 30.030
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G027990
位置Chr03:7512817-7515948 (+)
描述Similar to PUB44: U-box domain-containing protein 44
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g21350 作为 E3 泛素连接酶发挥功能（通过相似性）。
A cryptic modifier causing transient self-incompatibility in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1016/j.cub.2007.03.022
At1g60190 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: A2ZLU6 与防御相关的蛋白，可负向调控程序性细胞死亡。 暂无已核实直接文献
Os12g0570000 E3 泛素蛋白连接酶，负向调节程序性细胞死亡和抗病性。
Spotted leaf11, a negative regulator of plant cell death and defense, encodes a U-box/armadillo repeat protein endowed with E3 ubiquitin ligase activity.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.025171
SPIN1, a K homology domain protein negatively regulated and ubiquitinated by the E3 ubiquitin ligase SPL11, is involved in flowering time control in rice.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058610
Os06g0102700 在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035375 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010115 regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程
GO:0010150 leaf senescence 生物过程
GO:0010271 regulation of chlorophyll catabolic process 生物过程
GO:0010380 regulation of chlorophyll biosynthetic process 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0090359 negative regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G20780
ath:AT1G76390
dosa:Os03g0657100
dosa:Os06g0102700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.365
排名 1 · TkA03G027990 · TK1151
细胞核0.324
排名 2 · TkA03G027990 · TK1151
细胞膜0.167
排名 3 · TkA03G027990 · TK1151
线粒体0.117
排名 4 · TkA03G027990 · TK1151
内质网0.111
排名 5 · TkA03G027990 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04564U-box124-136 aa
PF04564U-box263-312 aa
PF11789zf-Nse263-302 aa
PF13923zf-C3HC4_2264-302 aa
PF13445zf-RING_UBOX265-301 aa
PF00097zf-C3HC4265-301 aa
PF13639zf-RING_2273-302 aa
PF12678zf-rbx1279-302 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G027990PF04564U-box1241366.4e-1452.6
TkA03G027990PF04564U-box2633126.4e-1452.6
TkA03G027990PF11789zf-Nse2633028e-0626.3
TkA03G027990PF13923zf-C3HC4_22643020.0002821.3
TkA03G027990PF13445zf-RING_UBOX2653010.000122.9
TkA03G027990PF00097zf-C3HC42653010.113.2
TkA03G027990PF13639zf-RING_22733020.3112.0
TkA03G027990PF12678zf-rbx12793020.008317.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O81902拟南芥sp|O81902|PUB8_ARATH U-box domain-containing protein 853.300%Swiss-Prot低置信
O80742拟南芥sp|O80742|PUB19_ARATH U-box domain-containing protein 1945.900%Swiss-Prot低置信
A2ZLU6水稻sp|A2ZLU6|SL11_ORYSI Protein spotted leaf 1145.100%Swiss-Prot低置信
Q0IMG9水稻sp|Q0IMG9|SL11_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase SPL1145.100%Swiss-Prot低置信
Q5VRH9水稻sp|Q5VRH9|PUB12_ORYSJ U-box domain-containing protein 1244.100%Swiss-Prot低置信

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