TkA03G021080 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G021080

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 5439878-5440916 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

585 bp · TkA03G021080|TK1151|cDNA

ATGGTCCCATGGCGCGATATCAGACAAAACTTTGTGCTAGAAAAAACCGTATGCAACGACTCAAAATACCTTCGAGAGTATATACATTCAGGATGGTCGCAAGGTTGTAACGATGTTTTCAATCGTGTCACTAATGAAGTTAGTGAAGATGTTGCCCTTGATGATTTGCTTTTGCCCAAATGCTTATCGACACCGACAGCTCAACAGTTTAAATCCCGAGGATTACACGCAAACGCACATTCATCGATCGACAGAACTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

585 bp · TkA03G021080|TK1151|CDS

ATGGTCCCATGGCGCGATATCAGACAAAACTTTGTGCTAGAAAAAACCGTATGCAACGACTCAAAATACCTTCGAGAGTATATACATTCAGGATGGTCGCAAGGTTGTAACGATGTTTTCAATCGTGTCACTAATGAAGTTAGTGAAGATGTTGCCCTTGATGATTTGCTTTTGCCCAAATGCTTATCGACACCGACAGCTCAACAGTTTAAATCCCGAGGATTACACGCAAACGCACATTCATCGATCGACAGAACTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

194 aa · TkA03G021080|TK1151|PROTEIN

MVPWRDIRQNFVLEKTVCNDSKYLREYIHSGWSQGCNDVFNRVTNEVSEDVALDDLLLPKCLSTPTAQQFKSRGLHANAHSSIDRTRSTSDPCLESMIFTYLNRRDVQKALYANTTDLPGHWDFCLGPLVYQEENLEINIIPLVSDLIKAGLPIFLYSGDQDSKNPPYANKAHRNNIANGLKLTTLTKIPNLVQ

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G021080`
TK1151 ID	TkA03G021080
OH-1004 ID	LXL04_009300
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	32.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 90.206 / OH-1004 35.792 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G021080

位置 Chr03:5439878-5440916 (+)

描述 Similar to SCPL45: Serine carboxypeptidase-like 45

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g28110`	可能的羧肽酶。	暂无已核实直接文献
`At2g33530`	可能的羧肽酶。	暂无已核实直接文献
`At1g43780`	可能的羧肽酶。	暂无已核实直接文献
`At3g17180`	可能的羧肽酶。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0158500`	通过控制谷粒宽度、灌浆和重量，作为谷粒大小的正向调节因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009300 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004185 serine-type carboxypeptidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G28110

ath:AT1G43780

ath:AT2G33530

ath:AT5G42230

ath:AT5G42240

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.606

排名 1 · TkA03G021080 · TK1151

溶酶体／液泡0.129

排名 2 · TkA03G021080 · TK1151

细胞质0.088

排名 3 · TkA03G021080 · TK1151

内质网0.070

排名 4 · TkA03G021080 · TK1151

细胞核0.031

排名 5 · TkA03G021080 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00450Peptidase_S1033-176 aa

PF24403iSirtuin147-184 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G021080	`PF00450`	Peptidase_S10	33	176	2e-13	51.2
TkA03G021080	`PF24403`	iSirtuin	147	184	0.043	14.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93Y09`	拟南芥	sp\|Q93Y09\|SCP45_ARATH Serine carboxypeptidase-like 45	34.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8VY01`	拟南芥	sp\|Q8VY01\|SCP46_ARATH Serine carboxypeptidase-like 46	33.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9MAR8`	拟南芥	sp\|Q9MAR8\|SCP44_ARATH Serine carboxypeptidase-like 44	26.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LSM9`	拟南芥	sp\|Q9LSM9\|SCP33_ARATH Serine carboxypeptidase-like 33	28.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q5W727`	水稻	sp\|Q5W727\|SCP26_ORYSJ Serine carboxypeptidase-like 26	31.100%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情