TkA03G012270 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G012270

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 3175150-3181239 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1551 bp · TkA03G012270|TK1151|cDNA

ATGGGTTCGAACTGCCCTTCGGGATGTCTCGAACTCGGGGCGCTCTCTGAAATAATGGGAGCGTGGCTTCCGTTGATCCATCCGCCGAACAAATGTGCAGCATGCTATAGGCAGTTTAACAAGAAGGAGCACTTGGTGGAACACATGAGGATTTCATATCACTCACTTCATGAACCCATGTGTGGAATTTGTGGCAAACGTTGTCGCTCTTTTGAATCTCTTCGTGATCATCTTATAGGACCATTGCCAAAGGCCGAATG...

CDS

下载 CDS FASTA

1551 bp · TkA03G012270|TK1151|CDS

ATGGGTTCGAACTGCCCTTCGGGATGTCTCGAACTCGGGGCGCTCTCTGAAATAATGGGAGCGTGGCTTCCGTTGATCCATCCGCCGAACAAATGTGCAGCATGCTATAGGCAGTTTAACAAGAAGGAGCACTTGGTGGAACACATGAGGATTTCATATCACTCACTTCATGAACCCATGTGTGGAATTTGTGGCAAACGTTGTCGCTCTTTTGAATCTCTTCGTGATCATCTTATAGGACCATTGCCAAAGGCCGAATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

516 aa · TkA03G012270|TK1151|PROTEIN

MGSNCPSGCLELGALSEIMGAWLPLIHPPNKCAACYRQFNKKEHLVEHMRISYHSLHEPMCGICGKRCRSFESLRDHLIGPLPKAECERVFRDRGCTICLTILNSPYSLKVHQDRCQLARGSNGVLHRFANMGIQDDLRIDSGKTRAVALACKMVGGGSDGSLDICARVCIIDEYENILFHSYVKPQLPVTNYRYETTGIRPEYLRDAMPLRNVQRKIQDFLCNGEPIWKIRPRGGNARILVGHGLEHDMKCLEIQYSLV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G012270`
TK1151 ID	TkA03G012270
OH-1004 ID	LXL04_006150
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	88.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 63.566 / OH-1004 93.578 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G012270`
位置	Chr03:3175150-3181239 (+)
描述	Similar to REXO4: RNA exonuclease 4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_006150` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000027 ribosomal large subunit assembly 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006308 DNA catabolic process 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006364 rRNA processing 生物过程 GO:0006396 RNA processing 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0016607 nuclear speck 细胞组分 GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能 GO:0003690 double-stranded DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	afm:AFUA_2G05560 hsa:57109 mmu:227656 sce:YOL080C xla:379197 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.360

排名 1 · TkA03G012270 · TK1151

细胞核0.312

排名 2 · TkA03G012270 · TK1151

线粒体0.213

排名 3 · TkA03G012270 · TK1151

细胞膜0.122

排名 4 · TkA03G012270 · TK1151

内质网0.097

排名 5 · TkA03G012270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18912DZR_225-68 aa

PF12756zf-C2H2_226-55 aa

PF00096zf-C2H231-54 aa

PF13894zf-C2H2_431-50 aa

PF23320Zn_SUZ1231-53 aa

PF23217DUF706631-54 aa

PF16278zf-C2HE31-49 aa

PF12874zf-met32-50 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G012270	`PF18912`	DZR_2	25	68	0.47	11.0
TkA03G012270	`PF12756`	zf-C2H2_2	26	55	0.34	11.9
TkA03G012270	`PF00096`	zf-C2H2	31	54	3.5e-05	24.7
TkA03G012270	`PF13894`	zf-C2H2_4	31	50	7.6e-05	23.8
TkA03G012270	`PF23320`	Zn_SUZ12	31	53	0.56	10.7
TkA03G012270	`PF23217`	DUF7066	31	54	2.2	9.0
TkA03G012270	`PF16278`	zf-C2HE	31	49	2.9	9.1
TkA03G012270	`PF12874`	zf-met	32	50	0.096	13.8
TkA03G012270	`PF12171`	zf-C2H2_jaz	32	50	0.64	11.0
TkA03G012270	`PF23320`	Zn_SUZ12	57	78	0.56	10.7
TkA03G012270	`PF12756`	zf-C2H2_2	59	78	0.34	11.9
TkA03G012270	`PF13894`	zf-C2H2_4	60	78	7.6e-05	23.8
TkA03G012270	`PF12171`	zf-C2H2_jaz	60	78	0.64	11.0
TkA03G012270	`PF00096`	zf-C2H2	61	78	3.5e-05	24.7
TkA03G012270	`PF12874`	zf-met	61	80	0.096	13.8
TkA03G012270	`PF16278`	zf-C2HE	61	78	2.9	9.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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