TkA03G010720 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G010720

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 2732742-2740864 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1748 bp · TkA03G010720|TK1151|cDNA

AACTAACCCCACAAAAAAAGGAAAGATTAAACACCATGCTCTCTTTAAACACTATAGCAACACCGAACATGAAGAACACATGGAATATGAAGGCCTCCATATATGGCATTTTGACCATTCTACTTCTATGGTCACCGGAACTTGGGGTCAGCGCCGCTAGAGACACCAAGCAATGGCGGCACCATGATGGCTCACGGCAGCTGAAGACGTTTTACCCTTCGTATGGAGAGAGCATGCCAAGTTCATTACAATATAGGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1383 bp · TkA03G010720|TK1151|CDS

ATGCTCTCTTTAAACACTATAGCAACACCGAACATGAAGAACACATGGAATATGAAGGCCTCCATATATGGCATTTTGACCATTCTACTTCTATGGTCACCGGAACTTGGGGTCAGCGCCGCTAGAGACACCAAGCAATGGCGGCACCATGATGGCTCACGGCAGCTGAAGACGTTTTACCCTTCGTATGGAGAGAGCATGCCAAGTTCATTACAATATAGGAAAACATCTACCATCTTTAATGTATTGAACTTTGGTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

460 aa · TkA03G010720|TK1151|PROTEIN

MLSLNTIATPNMKNTWNMKASIYGILTILLLWSPELGVSAARDTKQWRHHDGSRQLKTFYPSYGESMPSSLQYRKTSTIFNVLNFGAKGDGISDDTKAFEAAWLAACKLEASTMIIPKGSVFLIKPISFSGPNCESNIVFQLDGKIIAPKASGNWESGLLQWVEFTKLNGITIRGSGVVDGQGSGWWTKSGTKPTAIRFYGSSDVTVTGITIQNSPQTHLKFDNCQSVQVSEITVSSPGDSPNTDGIHLQNSQDVAIHSS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G010720`
TK1151 ID	TkA03G010720
OH-1004 ID	LXL04_006136
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G010720

位置 Chr03:2732742-2740864 (+)

描述 Similar to At1g48100: Polygalacturonase At1g48100

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g48100`	不参与豆荚破裂最后阶段的多聚半乳糖酸酶。	暂无已核实直接文献
`At2g41850`	多聚半乳糖醛酸酶参与荚果破碎最后阶段的细胞分离、花药开裂和花器官脱落。	Expression of polygalacturonases and evidence to support their role during cell separation processes in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1093/jxb/erm222 ARABIDOPSIS DEHISCENCE ZONE POLYGALACTURONASE1 (ADPG1), ADPG2, and QUARTET2 are Polygalacturonases required for cell separation during reproductive development in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.063768
`At1g80170`	可能是多聚半乳糖醛酸酶At1g80170。	暂无已核实直接文献
`At3g15720`	可能的聚半乳糖醛酸酶At3g15720。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006136 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0009831 plant-type cell wall modification involved in multidimensional cell growth 生物过程

GO:0009835 fruit ripening 生物过程

GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009501 amyloplast 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004650 polygalacturonase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G48100

ath:AT1G80170

ath:AT3G15720

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.768

排名 1 · TkA03G010720 · TK1151

细胞质0.076

排名 2 · TkA03G010720 · TK1151

细胞膜0.062

排名 3 · TkA03G010720 · TK1151

内质网0.059

排名 4 · TkA03G010720 · TK1151

溶酶体／液泡0.057

排名 5 · TkA03G010720 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12708Pect-lyase_RHGA_epim79-127 aa

PF00295Glyco_hydro_28110-410 aa

PF08301HCV_NS5a_1b154-170 aa

PF13229Beta_helix192-282 aa

PF08301HCV_NS5a_1b209-235 aa

PF12708Pect-lyase_RHGA_epim219-343 aa

PF13229Beta_helix246-343 aa

PF08301HCV_NS5a_1b332-400 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G010720	`PF12708`	Pect-lyase_RHGA_epim	79	127	5.3e-08	33.6
TkA03G010720	`PF00295`	Glyco_hydro_28	110	410	4.8e-85	286.2
TkA03G010720	`PF08301`	HCV_NS5a_1b	154	170	0.088	14.1
TkA03G010720	`PF13229`	Beta_helix	192	282	9.7e-07	29.2
TkA03G010720	`PF08301`	HCV_NS5a_1b	209	235	0.088	14.1
TkA03G010720	`PF12708`	Pect-lyase_RHGA_epim	219	343	5.3e-08	33.6
TkA03G010720	`PF13229`	Beta_helix	246	343	9.7e-07	29.2
TkA03G010720	`PF08301`	HCV_NS5a_1b	332	400	0.088	14.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q949Z1`	拟南芥	sp\|Q949Z1\|PGLR4_ARATH Polygalacturonase At1g48100	48.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8RY29`	拟南芥	sp\|Q8RY29\|ADPG2_ARATH Polygalacturonase ADPG2	41.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q94AJ5`	拟南芥	sp\|Q94AJ5\|PGLR5_ARATH Probable polygalacturonase At1g80170	41.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LW07`	拟南芥	sp\|Q9LW07\|PGLR3_ARATH Probable polygalacturonase At3g15720	39.200%	Swiss-Prot	中等置信

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