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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G008880
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 2168253-2173805 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2536 bp · TkA03G008880|TK1151|cDNA

AAAAATTAGTAAAGAATATTGATGAAGAAACAATATTTGTTACATACCATTAATTTCTTATTTATTTATCTTTCACTATCATACAAAATACTATAATCTATATTCCAAAGGAAGTGTGTGGCCTACAACTCAACTCGAATGATTTCGCACTAAAAAGGATTAAAGAATTTAGCAAGACATTTGGTAGACTTCGTTCATCCCATATTCCCACTCCCACCAATCACCATGTGCAGGGTTCGATAATTCAATTTAACGAAGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1416 bp · TkA03G008880|TK1151|CDS

ATGGGGAACAAAAGTTCAAGAGACGAGCGGCCGAGTTACAGGCAGTCGCCATCGTTCCAATCAACATCATCTTTCAGTGGTAGTCCATACGGCAGCTATCCTCAACAATCTTATCCAAATCCGCCTCAAGACATTCATAATTACCCTGTTCAAGAGGCTTATCCAGCTTATCCACAAGATTATCATGCACCCCCACCTGCACCTGCACCTGCACATTCTCAACCCCAAAGACCACAAAAGAGGCTTGACAGGAAGTATTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

471 aa · TkA03G008880|TK1151|PROTEIN

MGNKSSRDERPSYRQSPSFQSTSSFSGSPYGSYPQQSYPNPPQDIHNYPVQEAYPAYPQDYHAPPPAPAPAHSQPQRPQKRLDRKYSRIADNYTSLEQVTEALARAGLESSNLIVGIDFTKSNEWTGSRSFNRKSLHHIGDGLNPYEQAITIIGKTLAAFDEDNLIPCYGFGDASTHDQDVFSFYPEERFCNGFEEVLSRYREIVPHLKLAGPTSFAPVIEQAVTIVEESGGQYHVLLIIADGQVTRSVDTEPGNLSPQE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G008880
TK1151 IDTkA03G008880
OH-1004 IDLXL04_023905
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)70.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.788 / OH-1004 55.083
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G008880
位置Chr03:2168253-2173805 (-)
描述Similar to RGLG2: E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g14420 E3 泛素蛋白连接酶，介导“Lys-63”连接泛素链的形成。
Ubiquitin lysine 63 chain forming ligases regulate apical dominance in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.052035
Arabidopsis RGLG2, functioning as a RING E3 ligase, interacts with AtERF53 and negatively regulates the plant drought stress response.2012 · DOI: 10.1104/pp.111.189738
At3g01650 E3 泛素蛋白连接酶，介导“Lys-63”连接泛素链的形成。
Ubiquitin lysine 63 chain forming ligases regulate apical dominance in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.052035
Arabidopsis RGLG2, functioning as a RING E3 ligase, interacts with AtERF53 and negatively regulates the plant drought stress response.2012 · DOI: 10.1104/pp.111.189738
At1g67800 与 RGLG1 一起介导目标蛋白 PP2CA 的泛素化及随后的蛋白酶体降解。 暂无已核实直接文献
At5g63970 在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。
Two novel RING-type ubiquitin ligases, RGLG3 and RGLG4, are essential for jasmonate-mediated responses in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.203422
Hijacking of the jasmonate pathway by the mycotoxin fumonisin B1 (FB1) to initiate programmed cell death in Arabidopsis is modulated by RGLG3 and RGLG4.2015 · DOI: 10.1093/jxb/erv068
The Arabidopsis Iron-Sulfur Protein GRXS17 is a Target of the Ubiquitin E3 Ligases RGLG3 and RGLG4.2016 · DOI: 10.1093/pcp/pcw122
At1g79380 在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。
Two novel RING-type ubiquitin ligases, RGLG3 and RGLG4, are essential for jasmonate-mediated responses in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.203422
Hijacking of the jasmonate pathway by the mycotoxin fumonisin B1 (FB1) to initiate programmed cell death in Arabidopsis is modulated by RGLG3 and RGLG4.2015 · DOI: 10.1093/jxb/erv068
The Arabidopsis Iron-Sulfur Protein GRXS17 is a Target of the Ubiquitin E3 Ligases RGLG3 and RGLG4.2016 · DOI: 10.1093/pcp/pcw122

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023905 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009690 cytokinin metabolic process 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009850 auxin metabolic process 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0070534 protein K63-linked ubiquitination 生物过程
GO:0080148 negative regulation of response to water deprivation 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G67800
ath:AT3G01650
ath:AT5G14420
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.623
排名 1 · TkA03G008880 · TK1151
细胞核0.365
排名 2 · TkA03G008880 · TK1151
细胞膜0.190
排名 3 · TkA03G008880 · TK1151
溶酶体／液泡0.097
排名 4 · TkA03G008880 · TK1151
高尔基体0.069
排名 5 · TkA03G008880 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07002Copine135-349 aa
PF10138vWA-TerF-like159-313 aa
PF14447Prok-RING_4424-434 aa
PF13920zf-C3HC4_3425-466 aa
PF13639zf-RING_2427-461 aa
PF24921RING_XB3-XBAT31427-452 aa
PF00097zf-C3HC4428-460 aa
PF13923zf-C3HC4_2428-460 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G008880PF07002Copine1353493.6e-73246.4
TkA03G008880PF10138vWA-TerF-like1593130.0001922.5
TkA03G008880PF14447Prok-RING_44244342.09.1
TkA03G008880PF13920zf-C3HC4_34254669e-0832.5
TkA03G008880PF13639zf-RING_24274610.4811.5
TkA03G008880PF24921RING_XB3-XBAT314274525.47.9
TkA03G008880PF00097zf-C3HC44284600.01615.8
TkA03G008880PF13923zf-C3HC4_24284600.2811.7
TkA03G008880PF14447Prok-RING_44284662.09.1
TkA03G008880PF21362Sina_RING4284605.57.9
TkA03G008880PF24921RING_XB3-XBAT314564655.47.9
TkA03G008880PF00097zf-C3HC44574650.01615.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LY87拟南芥sp|Q9LY87|RGLG2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RGLG269.000%Swiss-Prot高置信
Q9SS90拟南芥sp|Q9SS90|RGLG1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RGLG173.000%Swiss-Prot高置信
Q8LB88拟南芥sp|Q8LB88|RGLG5_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RGLG566.000%Swiss-Prot高置信
Q8RX26拟南芥sp|Q8RX26|RGLG3_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RGLG357.900%Swiss-Prot高置信
Q9SAL0拟南芥sp|Q9SAL0|RGLG4_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RGLG454.400%Swiss-Prot高置信

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