TkA03G008830 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G008830

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 2152333-2155845 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1624 bp · TkA03G008830|TK1151|cDNA

CTTCTTTTAACATCGCATACAACTTGAAATTAGTAAGCATCGAAACTGCCGACGACTACGTGTCTGTCTTCTCCGCCCAAACCCCACCTCCTTCCTCATTATATCTTCAATTCCCACCTTCTTCCTTTCTTCATTTCAATTCCGTCTTTCCATCTCTCTAGATTCATGGCTCCTATTAACAACAATGTACAAATCAATAACAACGAACACCCCCCAAAATACAAGGTTACAATCGTCGGAAGTGGCAATTGGGGTAGTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1131 bp · TkA03G008830|TK1151|CDS

ATGGCTCCTATTAACAACAATGTACAAATCAATAACAACGAACACCCCCCAAAATACAAGGTTACAATCGTCGGAAGTGGCAATTGGGGTAGTGTTGCTTCCAAGCTCATTGCTTCAAATACCCTCAAGCTTTCTTCGTTCCATGATGAAGTGAAGATGTGGGTGTTTGAGGAAACATTACCGAGTGGTGAAAAGCTCACAGACGTTATCAATCAAACCAATGAAAATGTGAAATATTTACCTGGGATTAAGCTTGGACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

376 aa · TkA03G008830|TK1151|PROTEIN

MAPINNNVQINNNEHPPKYKVTIVGSGNWGSVASKLIASNTLKLSSFHDEVKMWVFEETLPSGEKLTDVINQTNENVKYLPGIKLGRNVVADPDLVNAVRDANMLVFVTPHQFMEGICKKLIGNIRSDAQAISLIKGMEVKKEGPCMISTLISQQLGVNCCVLMGANIANEIAVEKFSEATVGYRGNREIAENWVQLFSTSYFMVSACQDVEGVELCGTLKNVVAIAAGFVDGLDMGNNTKAAIMRIGLREMKGLSKLLF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G008830`
TK1151 ID	TkA03G008830
OH-1004 ID	LXL04_006084
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G008830

位置 Chr03:2152333-2155845 (+)

描述 Similar to GPDH: Glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(+)]

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g40610`	参与甘油脂代谢。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006084 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002027 regulation of heart rate 生物过程

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0006072 glycerol-3-phosphate metabolic process 生物过程

GO:0006094 gluconeogenesis 生物过程

GO:0006650 glycerophospholipid metabolic process 生物过程

GO:0008654 phospholipid biosynthetic process 生物过程

GO:0010765 positive regulation of sodium ion transport 生物过程

GO:0019674 NAD+ metabolic process 生物过程

GO:0046168 glycerol-3-phosphate catabolic process 生物过程

GO:0060373 regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane depolarization 生物过程

GO:0086005 ventricular cardiac muscle cell action potential 生物过程

GO:2000010 positive regulation of protein localization to cell surface 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G40610

bta:525042

hsa:23171

pon:100173675

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.458

排名 1 · TkA03G008830 · TK1151

线粒体0.296

排名 2 · TkA03G008830 · TK1151

细胞核0.217

排名 3 · TkA03G008830 · TK1151

过氧化物酶体0.089

排名 4 · TkA03G008830 · TK1151

细胞膜0.061

排名 5 · TkA03G008830 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01210NAD_Gly3P_dh_N20-185 aa

PF13288DXPR_C166-196 aa

PF07479NAD_Gly3P_dh_C210-358 aa

PF20618GPD_NAD_C_bact272-343 aa

PF01210NAD_Gly3P_dh_N302-326 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G008830	`PF01210`	NAD_Gly3P_dh_N	20	185	5.7e-40	137.6
TkA03G008830	`PF13288`	DXPR_C	166	196	0.16	13.0
TkA03G008830	`PF07479`	NAD_Gly3P_dh_C	210	358	8.3e-47	159.7
TkA03G008830	`PF20618`	GPD_NAD_C_bact	272	343	8.5e-05	23.8
TkA03G008830	`PF01210`	NAD_Gly3P_dh_N	302	326	5.7e-40	137.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SCX9`	拟南芥	sp\|Q9SCX9\|GPDA1_ARATH Glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(+)] 1, chloroplastic	86.100%	Swiss-Prot	高置信

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