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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G003990
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 961414-968436 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1139 bp · TkA03G003990|TK1151|cDNA

GCCCCTCACCTGTTACCTTGATGGAATGACATGGCTGCTGAATTCTCCGGATCAATCTCTAGCCTTGATTTTGGCGGACCATGGTTATGATGTGTGGATTGCCAACACCAGAGGAACCTCCTTTAGTCGACGACATGTTTCTCTTAATCCTGACATGCCCGAATTCTGGAATTGGACATGGGATGAAATCGCGGCTCGTGACTTGCCTGCTGTTATCGCATATATCTTCCAACAAACTAACCAAAAGATCCACTACGTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1476 bp · TkA03G003990|TK1151|CDS

ATGTTTGCTACAAAAAACCTTCAAAAGCGCTGCTTTCAAACCATCGCCTCCCGTTTCATTACCGATTGGTCCAGGGATGTGAAGTTGTTAAGTATCCGTAATAATACACCACGGTATGCAATCCATTCGAGTTTTGTGATTAGAGAGGAGACATTGGGAAATTGGTTGGATGGATATCGGGCGTTTTCTACTTGTAAAGGTCGGAGTATGAGGAGTAAAGTGGAGATGCGAATGAAGAAAGAGTCTGGCAAAACCCTAAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

491 aa · TkA03G003990|TK1151|PROTEIN

MFATKNLQKRCFQTIASRFITDWSRDVKLLSIRNNTPRYAIHSSFVIREETLGNWLDGYRAFSTCKGRSMRSKVEMRMKKESGKTLREIRRAKKIQKKLMTDEERLIYNLKRAKKKVALLLQKLKKYELPELPPPRHDPELLTPEQVQALKKIGFRNRNYVPVGVRGVFGGVVQNMHMHWKFHETVQVCCDNFPKEKIKEMATMLARLSGGIVVNIHNVKTIIMFRGRNYRQPKNLIPINTLTKRKALFKARFEQALDSQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G003990
TK1151 IDTkA03G003990
OH-1004 IDLXL04_000772
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)47.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 35.031 / OH-1004 39.101
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G003990
位置Chr03:961414-968436 (-)
描述Similar to At3g25440: Uncharacterized CRM domain-containing protein At3g25440, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g27550 参与线粒体Ⅱ组内含子的剪接。
CFM9, a Mitochondrial CRM Protein, Is Crucial for Mitochondrial Intron Splicing, Mitochondria Function and Arabidopsis Growth and Stress Responses.2019 · DOI: 10.1093/pcp/pcz147
At5g14180 三酰甘油（TAG）脂肪酶。 暂无已核实直接文献
At2g15230 三酰甘油 脂肪酶对三油酸甘油酯、三辛酸甘油酯、三丁酸甘油酯和 1,3-二油酸甘油酯有活性，但对磷酸脂和半乳糖脂没有活性。
Identification and characterization of a triacylglycerol lipase in Arabidopsis homologous to mammalian acid lipases.2005 · DOI: 10.1016/j.febslet.2005.09.072
At3g25440 未表征的含CRM结构域蛋白At3g25440，叶绿体定位。 暂无已核实直接文献
At5g16180 通过调节内含子折叠，必需于叶绿体中IIA组内含子的拼接。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os08g0360100 通过调节内含子折叠，必需于叶绿体中IIA组内含子的拼接。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000772 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000373 Group II intron splicing 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0048316 seed development 生物过程
GO:0140040 mitochondrial polycistronic RNA processing 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G23070
ath:AT3G25440
ath:AT3G27550
dosa:Os11g0592400
zma:100126360
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.872
排名 1 · TkA03G003990 · TK1151
细胞核0.078
排名 2 · TkA03G003990 · TK1151
质体0.053
排名 3 · TkA03G003990 · TK1151
细胞质0.041
排名 4 · TkA03G003990 · TK1151
细胞膜0.012
排名 5 · TkA03G003990 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01985CRS1_YhbY142-226 aa
PF01985CRS1_YhbY315-347 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G003990PF01985CRS1_YhbY1422261.9e-1557.7
TkA03G003990PF01985CRS1_YhbY3153471.9e-1557.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LT57拟南芥sp|Q9LT57|CFM9_ARATH CRM-domain containing factor CFM9, mitochondrial81.100%Swiss-Prot中等置信
Q67ZU1拟南芥sp|Q67ZU1|LIP2_ARATH Triacylglycerol lipase 263.800%Swiss-Prot高置信
Q71DJ5拟南芥sp|Q71DJ5|LIP1_ARATH Triacylglycerol lipase 139.500%Swiss-Prot中等置信
Q67XL4拟南芥sp|Q67XL4|Y3544_ARATH Uncharacterized CRM domain-containing protein At3g25440, chloroplastic44.000%Swiss-Prot低置信
Q9LF10拟南芥sp|Q9LF10|CRS1_ARATH Chloroplastic group IIA intron splicing facilitator CRS1, chloroplastic33.100%Swiss-Prot低置信
Q6YYA3水稻sp|Q6YYA3|CRS1_ORYSJ Chloroplastic group IIA intron splicing facilitator CRS1, chloroplastic33.500%Swiss-Prot低置信

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