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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G603440
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 155599603-155603521 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1543 bp · TkA02G603440|TK1151|cDNA

TTATTATTTTGTGATGAAGCCTCCCTAGATTTTTAGATCAAGGCTCGGGGTCATTATCCCCCCAATCATTTGGCTTAACGTTTCAAGTCAAGCATCGTCTGTTCCCCCTTTTGGCCCCTACAAACCACCGCCTTCCAGAGGGTTCTGCTACTCCGATGGCGTCCGATCTTGCGGCCAAGGCGAAGGAGGCTTACATCGACGACCATTTCGAACTTGCCGTTGAACTCTATTCTCAAGCCATTCTCATCGATCCTAACAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1092 bp · TkA02G603440|TK1151|CDS

ATGGCGTCCGATCTTGCGGCCAAGGCGAAGGAGGCTTACATCGACGACCATTTCGAACTTGCCGTTGAACTCTATTCTCAAGCCATTCTCATCGATCCTAACAACTCCGAGCTTTTCTCCGATCGTGCTCAGGCTAATATTAAACTCAAAAACTTCACCGAAGCTGTTGCTGATGCAAACAAAGCAATTGAACTGGATTCATCAAATTATAAGGCATATTTACGCAAAGGGACGGCATGTTTCAGTCTTGAAGAATATCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

363 aa · TkA02G603440|TK1151|PROTEIN

MASDLAAKAKEAYIDDHFELAVELYSQAILIDPNNSELFSDRAQANIKLKNFTEAVADANKAIELDSSNYKAYLRKGTACFSLEEYQTAKTAFKAGSTIATEDPRFTDWIKKCDKCIAEENSELQTQSSDVMAPSSQTEAATKDAEEVKNVSSQVIITTTPAKPKYRHEHYQKPEEVVVTIFAKGIPASSVSINYGEQIISVTIDVPGEDAYIFQPRLFGKIVPARCRYEVLSTKVEIRLAKAEPIHWTSLEYGQNNVVA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G603440
TK1151 IDTkA02G603440
OH-1004 IDLXL04_011926
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 95.026
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G603440
位置Chr02:155599603-155603521 (-)
描述Similar to SGT1B: Protein SGT1 homolog B
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g11260 参与植物先天免疫。
Regulatory role of SGT1 in early R gene-mediated plant defenses.2002 · DOI: 10.1126/science.1067747
Arabidopsis SGT1b is required for defense signaling conferred by several downy mildew resistance genes.2002 · DOI: 10.1105/tpc.001123
Arabidopsis SGT1b is required for SCF(TIR1)-mediated auxin response.2003 · DOI: 10.1105/tpc.010884
Antagonistic control of disease resistance protein stability in the plant immune system.2005 · DOI: 10.1126/science.1109977
Role of SGT1 in resistance protein accumulation in plant immunity.2006 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7601084
Interaction between SGT1 and cytosolic/nuclear HSC70 chaperones regulates Arabidopsis immune responses.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.051896
Enhanced defense responses in Arabidopsis induced by the cell wall protein fractions from Pythium oligandrum require SGT1, RAR1, NPR1 and JAR1.2009 · DOI: 10.1093/pcp/pcp044
SGT1 contributes to coronatine signaling and Pseudomonas syringae pv. tomato disease symptom development in tomato and Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03470.x
At4g23570 在 R 基因介导的抗性中发挥作用，但参与 RPP5 介导的抗性的程度低于 SGT1B。
Role of SGT1 in resistance protein accumulation in plant immunity.2006 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7601084

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0624500 可能参与水稻对白叶枯病的基础抗性。
OsRAR1 and OsSGT1 physically interact and function in rice basal disease resistance.2008 · DOI: 10.1094/mpmi-21-3-0294
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011926 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009408 response to heat 生物过程
GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010187 negative regulation of seed germination 生物过程
GO:0030163 protein catabolic process 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0045087 innate immune response 生物过程
GO:0050832 defense response to fungus 生物过程
GO:0051382 kinetochore assembly 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G11260
ath:AT4G23570
bta:515509
dosa:Os01g0624500
zma:103636097
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.776
排名 1 · TkA02G603440 · TK1151
细胞核0.422
排名 2 · TkA02G603440 · TK1151
线粒体0.068
排名 3 · TkA02G603440 · TK1151
过氧化物酶体0.058
排名 4 · TkA02G603440 · TK1151
细胞膜0.049
排名 5 · TkA02G603440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05336rhaM3-40 aa
PF25068ARM_TT21_4th5-83 aa
PF07719TPR_27-35 aa
PF13432TPR_169-69 aa
PF29386CFAP70_mid_TPR9-103 aa
PF25575TPR_BSK1_C9-67 aa
PF13371TPR_916-67 aa
PF13428TPR_1416-44 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G603440PF05336rhaM3400.02415.6
TkA02G603440PF25068ARM_TT21_4th5830.05714.4
TkA02G603440PF07719TPR_27358.5e-1038.7
TkA02G603440PF13432TPR_169693e-0525.1
TkA02G603440PF29386CFAP70_mid_TPR91030.03215.2
TkA02G603440PF25575TPR_BSK1_C9670.1512.7
TkA02G603440PF13371TPR_916670.0001922.1
TkA02G603440PF13428TPR_1416440.00518.1
TkA02G603440PF13424TPR_1216660.09913.6
TkA02G603440PF13181TPR_817351.5e-0834.8
TkA02G603440PF14559TPR_1917563.6e-0627.9
TkA02G603440PF00515TPR_118352.1e-1143.9
TkA02G603440PF13414TPR_1118483.9e-0730.4
TkA02G603440PF23914TPR_CcmH_CycH181030.2112.1
TkA02G603440PF13431TPR_1724568.8e-0832.5
TkA02G603440PF12895ANAPC332940.009816.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SUT5拟南芥sp|Q9SUT5|SGT1B_ARATH Protein SGT1 homolog B55.200%Swiss-Prot高置信
Q9SUR9拟南芥sp|Q9SUR9|SGT1A_ARATH Protein SGT1 homolog A50.400%Swiss-Prot高置信
Q0JL44水稻sp|Q0JL44|SGT1_ORYSJ Protein SGT1 homolog61.500%Swiss-Prot高置信

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