TkA02G602800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G602800

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 155413663-155415919 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1312 bp · TkA02G602800|TK1151|cDNA

AATAATTAGATATATCTAAAATAAAAGAATTTGTAGAAGTAGAAAAATGCTGATTTTACATGAACAATGTACCAAAATTGTAAAATATAAAACTTTTGGACCATTTGTAATTTAGAAGTAAAAGAAAATATCAGAATCCAAGCCCAAACGTTTAAAAAACTAAAAAAGTGGACCCTTGAGTCGTTGAGTATAGTCAACAGTGGCTAGAGGTTCCTTCACGTCACCTTCCCAAACACATATTCTCTTCGTCTCTCTCTTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

732 bp · TkA02G602800|TK1151|CDS

ATGAGTAGCCAGATAGAAGTGCAAAATCATCTAAATGGCAGTTTCCCAGCTGATATTCCCGACGATTTGAAAAACTTTTTGTCAGAAGTAGACGGCGTTAGTTTTGAAGAAGCTATCTTGCAACAGGCAAGCGCTTATCAATCATATCAAGAATCTGAGAGGAACAGGGTTGCGGTTACAGATGATGAGCATAGCGGTGACGCTAGCTGTTCTTCAGAGGATGAGGAAGAAGATGAAGATGAAGATGATGGCGAATCCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

243 aa · TkA02G602800|TK1151|PROTEIN

MSSQIEVQNHLNGSFPADIPDDLKNFLSEVDGVSFEEAILQQASAYQSYQESERNRVAVTDDEHSGDASCSSEDEEEDEDEDDGESSRHEIDDSQEAMDEALARTLQELGEEYDEYFIREFNGRASGPTESPISTPSISSPDSSQEDPDPDNMRYEELLNLGETVGVENVGLSPAQIARLPNSIYTSGMFSKNNEENCAICQENFTLWKPMTTLPCSHQYHRKCIIKWLKLKKNCPICQKEVV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G602800`
TK1151 ID	TkA02G602800
OH-1004 ID	LXL04_011930
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.885 / OH-1004 88.931 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G602800`
位置	Chr02:155413663-155415919 (-)
描述	Similar to BBR: E3 ubiquitin ligase BIG BROTHER-related
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_011930` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程 GO:0009845 seed germination 生物过程 GO:0009908 flower development 生物过程 GO:0010218 response to far red light 生物过程 GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0046621 negative regulation of organ growth 生物过程 GO:0048437 floral organ development 生物过程 GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程 GO:1900057 positive regulation of leaf senescence 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT3G19910 ath:AT3G63530 ath:AT4G34040 ath:AT5G42940 dosa:Os01g0667700 osa:4326322 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.597

排名 1 · TkA02G602800 · TK1151

细胞核0.533

排名 2 · TkA02G602800 · TK1151

细胞膜0.057

排名 3 · TkA02G602800 · TK1151

线粒体0.046

排名 4 · TkA02G602800 · TK1151

内质网0.045

排名 5 · TkA02G602800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15750UBZ_FAAP203-11 aa

PF04147Nop1430-113 aa

PF02724CDC4535-95 aa

PF26230RESC1138-112 aa

PF04889Cwf_Cwc_1540-115 aa

PF05327RRN345-116 aa

PF04931DNA_pol_phi46-110 aa

PF09073BUD2251-149 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G602800	`PF15750`	UBZ_FAAP20	3	11	0.069	13.7
TkA02G602800	`PF04147`	Nop14	30	113	2.7	6.8
TkA02G602800	`PF02724`	CDC45	35	95	7.8	5.4
TkA02G602800	`PF26230`	RESC11	38	112	4.3	5.9
TkA02G602800	`PF04889`	Cwf_Cwc_15	40	115	0.061	13.9
TkA02G602800	`PF05327`	RRN3	45	116	1.0	8.5
TkA02G602800	`PF04931`	DNA_pol_phi	46	110	1.2	7.9
TkA02G602800	`PF09073`	BUD22	51	149	1.7	8.6
TkA02G602800	`PF04546`	Sigma70_ner	56	143	0.0067	17.1
TkA02G602800	`PF14447`	Prok-RING_4	190	204	2.2	9.0
TkA02G602800	`PF08746`	zf-RING-like	190	201	3.9	8.4
TkA02G602800	`PF12906`	RINGv	191	201	9.5	7.2
TkA02G602800	`PF12678`	zf-rbx1	192	239	7.2e-08	33.3
TkA02G602800	`PF23413`	zf_RING_Vps8_fungal	192	203	0.071	13.1
TkA02G602800	`PF14570`	zf-RING_4	192	205	8.7	6.9
TkA02G602800	`PF17120`	zf-RING_16	193	236	0.85	10.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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