TkA02G599640 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G599640

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 154621810-154622496 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

636 bp · TkA02G599640|TK1151|cDNA

ATGCCGGCGGTGTGTGCTGCTAGAATCTTCCAGTTAACTCGGGAACTCGGTCACAAGTCAGACGGCGAGACGATTCGGTGGTTGTTGGAGCACGCGGAGCCAGCTATTGTTGAAGCCACCGGAACGGGAACTGTTCCCGCTATCGCCGTTAGCGTGAACGGGACGTTAAAAATTCCGACGACTTCAAGTAATGATAAGGAAAGGGAGGATGGCAGGAAAAGACGGAAAACAGAGTTTTACGACATAAACGATTCATCGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

636 bp · TkA02G599640|TK1151|CDS

ATGCCGGCGGTGTGTGCTGCTAGAATCTTCCAGTTAACTCGGGAACTCGGTCACAAGTCAGACGGCGAGACGATTCGGTGGTTGTTGGAGCACGCGGAGCCAGCTATTGTTGAAGCCACCGGAACGGGAACTGTTCCCGCTATCGCCGTTAGCGTGAACGGGACGTTAAAAATTCCGACGACTTCAAGTAATGATAAGGAAAGGGAGGATGGCAGGAAAAGACGGAAAACAGAGTTTTACGACATAAACGATTCATCGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

211 aa · TkA02G599640|TK1151|PROTEIN

MPAVCAARIFQLTRELGHKSDGETIRWLLEHAEPAIVEATGTGTVPAIAVSVNGTLKIPTTSSNDKEREDGRKRRKTEFYDINDSSSSSFAPVAPVSQQGLLPFWTMGAPPNAGMQTRAFFMIPQSLPGGPSPGQFWAIPAGATPVFNIGARPISSYVTAIQAGGGGGVGGVETPSGSLSNNSDSMLRDFSLKIYEKRELQLMVGSSKPSS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G599640`
TK1151 ID	TkA02G599640
OH-1004 ID	LXL04_011975
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	92.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 69.939 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G599640

位置 Chr02:154621810-154622496 (-)

描述 Similar to TCP19: Transcription factor TCP19

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g51910`	转录因子 TCP19。	暂无已核实直接文献
`At2g45680`	转录因子 TCP9。	暂无已核实直接文献
`At1g69690`	转录因子，参与植物发育的调控。	TCP14 and TCP15 affect internode length and leaf shape in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04674.x The Arabidopsis O-linked N-acetylglucosamine transferase SPINDLY interacts with class I TCPs to facilitate cytokinin responses in leaves and flowers.2012 · DOI: 10.1105/tpc.111.093518 The Arabidopsis immune adaptor SRFR1 interacts with TCP transcription factors that redundantly contribute to effector-triggered immunity.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12527 The ubiquitin receptors DA1, DAR1, and DAR2 redundantly regulate endoreduplication by modulating the stability of TCP14/15 in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1105/tpc.114.132274 TCP15 modulates cytokinin and auxin responses during gynoecium development in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12992 Redox-Dependent Modulation of Anthocyanin Biosynthesis by the TCP Transcription Factor TCP15 during Exposure to High Light Intensity Conditions in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1104/pp.15.01016

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2YXQ1`	转录激活剂。	暂无已核实直接文献
`Os08g0544800`	转录激活剂。	DNA binding and dimerization specificity and potential targets for the TCP protein family.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01294.x PCF1 and PCF2 specifically bind to cis elements in the rice proliferating cell nuclear antigen gene.1997 · DOI: 10.1105/tpc.9.9.1607

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011975 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0008361 regulation of cell size 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0009735 response to cytokinin 生物过程

GO:0010229 inflorescence development 生物过程

GO:0031347 regulation of defense response 生物过程

GO:0031540 regulation of anthocyanin biosynthetic process 生物过程

GO:0042023 DNA endoreduplication 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G69690

ath:AT2G45680

ath:AT5G51910

dosa:Os08g0544800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.948

排名 1 · TkA02G599640 · TK1151

细胞质0.185

排名 2 · TkA02G599640 · TK1151

线粒体0.016

排名 3 · TkA02G599640 · TK1151

细胞膜0.016

排名 4 · TkA02G599640 · TK1151

内质网0.008

排名 5 · TkA02G599640 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03634TCP1-70 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G599640	`PF03634`	TCP	1	70	5.9e-15	56.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LT89`	拟南芥	sp\|Q9LT89\|TCP19_ARATH Transcription factor TCP19	52.500%	Swiss-Prot	高置信
`O64647`	拟南芥	sp\|O64647\|TCP9_ARATH Transcription factor TCP9	51.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9C9L2`	拟南芥	sp\|Q9C9L2\|TCP15_ARATH Transcription factor TCP15	71.900%	Swiss-Prot	低置信
`A2YXQ1`	水稻	sp\|A2YXQ1\|PCF2_ORYSI Transcription factor PCF2	81.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q6ZBH6`	水稻	sp\|Q6ZBH6\|PCF2_ORYSJ Transcription factor PCF2	81.000%	Swiss-Prot	低置信

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