TkA02G593970 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G593970

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 153227747-153229174 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1398 bp · TkA02G593970|TK1151|cDNA

ATGGGTCTTGAAACATGGCTAATCAAGGTGAAGAAATCCATATCCCATAGCTTCGATGGGAAACCGGTGATTAAGAAATCGAGGGTTGGAGTATTGGCTTTTGAGATCGGAGCAATCATGCCGAAGCTCAATTACATGTGGCAGATGCTCTCCGATAAGAATATTGCTCGTCTTCGCAATGAAACGGTGTGCCTGGAAGGTGTTCGGAAGATTGTCTCCCCCGACGATGTGTTTCTTCTCGGGTTAGCGTGTGCGGAGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1398 bp · TkA02G593970|TK1151|CDS

ATGGGTCTTGAAACATGGCTAATCAAGGTGAAGAAATCCATATCCCATAGCTTCGATGGGAAACCGGTGATTAAGAAATCGAGGGTTGGAGTATTGGCTTTTGAGATCGGAGCAATCATGCCGAAGCTCAATTACATGTGGCAGATGCTCTCCGATAAGAATATTGCTCGTCTTCGCAATGAAACGGTGTGCCTGGAAGGTGTTCGGAAGATTGTCTCCCCCGACGATGTGTTTCTTCTCGGGTTAGCGTGTGCGGAGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

465 aa · TkA02G593970|TK1151|PROTEIN

MGLETWLIKVKKSISHSFDGKPVIKKSRVGVLAFEIGAIMPKLNYMWQMLSDKNIARLRNETVCLEGVRKIVSPDDVFLLGLACAEMVENLRVVAKSVARLSKRCEDPSLRSFETVFDGFANTGRDPYGWIMSWKEMEAKIKKMERYVTATVTLHREIDELTVIENALKKSSQCVNHKKDVSFTNTMKQQKILDLQQKLQWQKQEIRHLKEKSLWNRSFDTITSLLSKSIFTILARIKLVFNINHGYPYPSSLPRSLSAS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G593970`
TK1151 ID	TkA02G593970
OH-1004 ID	LXL04_012003
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G593970

位置 Chr02:153227747-153229174 (+)

描述 Similar to PSI1: Protein PSK SIMULATOR 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g34320`	可能通过调节植物硫因子信号传导促进幼苗生长。	The PSI family of nuclear proteins is required for growth in arabidopsis.2014 · DOI: 10.1007/s11103-014-0229-2

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012003 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006109 regulation of carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

GO:0043434 response to peptide hormone 生物过程

GO:0045927 positive regulation of growth 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003746 translation elongation factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G30755

ath:AT1G34320

ath:AT5G08660

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.513

排名 1 · TkA02G593970 · TK1151

细胞核0.282

排名 2 · TkA02G593970 · TK1151

细胞膜0.207

排名 3 · TkA02G593970 · TK1151

高尔基体0.077

排名 4 · TkA02G593970 · TK1151

线粒体0.072

排名 5 · TkA02G593970 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28828ACF4_like8-23 aa

PF11961DUF347531-87 aa

PF28828ACF4_like152-201 aa

PF18218Spa1_C158-210 aa

PF05003DUF668164-207 aa

PF12097DUF3573170-223 aa

PF28828ACF4_like180-212 aa

PF11961DUF3475191-214 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G593970	`PF28828`	ACF4_like	8	23	0.65	11.1
TkA02G593970	`PF11961`	DUF3475	31	87	2e-21	76.5
TkA02G593970	`PF28828`	ACF4_like	152	201	0.65	11.1
TkA02G593970	`PF18218`	Spa1_C	158	210	0.18	12.9
TkA02G593970	`PF05003`	DUF668	164	207	3.3e-31	108.3
TkA02G593970	`PF12097`	DUF3573	170	223	0.18	11.3
TkA02G593970	`PF28828`	ACF4_like	180	212	0.65	11.1
TkA02G593970	`PF11961`	DUF3475	191	214	2e-21	76.5
TkA02G593970	`PF05003`	DUF668	310	397	3.3e-31	108.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XID5`	拟南芥	sp\|Q9XID5\|PSI1_ARATH Protein PSK SIMULATOR 1	26.300%	Swiss-Prot	低置信

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