TkA02G591900 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G591900

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 152710729-152711307 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

579 bp · TkA02G591900|TK1151|cDNA

ATGGAACTCAAATTTCTCATGATACTATTTCTTGCCACACTTCTATTGGCTCCAGTTTCATCTGCCAGTGTTGCTCAACAAAACACATACTCTACATTCGTCAAAACCTCATGCAGCTCCGTCACTTACTCCGCCGTCTGCCTGAAAACCCTCCTCCCCTACGCCTCCGCCGTCAAGACCAACCCCCTTAAACTGGTCAACGTCGCCCTGTACACCACCCTCAGATCCGCCAACGCCACCCTCATCACCGTCACCAACTT...

CDS

下载 CDS FASTA

579 bp · TkA02G591900|TK1151|CDS

ATGGAACTCAAATTTCTCATGATACTATTTCTTGCCACACTTCTATTGGCTCCAGTTTCATCTGCCAGTGTTGCTCAACAAAACACATACTCTACATTCGTCAAAACCTCATGCAGCTCCGTCACTTACTCCGCCGTCTGCCTGAAAACCCTCCTCCCCTACGCCTCCGCCGTCAAGACCAACCCCCTTAAACTGGTCAACGTCGCCCTGTACACCACCCTCAGATCCGCCAACGCCACCCTCATCACCGTCACCAACTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

192 aa · TkA02G591900|TK1151|PROTEIN

MELKFLMILFLATLLLAPVSSASVAQQNTYSTFVKTSCSSVTYSAVCLKTLLPYASAVKTNPLKLVNVALYTTLRSANATLITVTNLSKSKQITKWESAILKDCIGHIKDSMDEIKDSIKAISRLPKSADKRFVISNAQTWTSAAITNENSCLDGFADGKISSTIKKKIKNSVVSLARVSSNALYLINNLTV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G591900`
TK1151 ID	TkA02G591900
OH-1004 ID	LXL04_012029
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G591900

位置 Chr02:152710729-152711307 (+)

描述 Similar to PMEI4: Pectinesterase inhibitor 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g47380`	果胶甲酯酶（PME）抑制剂，参与对坏死性病原体反应中的细胞壁完整性维持。	暂无已核实直接文献
`At1g62760`	果胶甲酯酶（PME）抑制剂，参与对坏死性病原体反应中的细胞壁完整性维持。	暂无已核实直接文献
`At4g25260`	果胶甲酯酶抑制剂，可以以 pH 依赖性方式靶向 PME3，主要在弱酸性条件下但不在 pH 7.0 下。	Tuning of Pectin Methylesterification: PECTIN METHYLESTERASE INHIBITOR 7 MODULATES THE PROCESSIVE ACTIVITY OF CO-EXPRESSED PECTIN METHYLESTERASE 3 IN A pH-DEPENDENT MANNER.2015 · DOI: 10.1074/jbc.m115.639534 Structural and dynamical characterization of the pH-dependence of the pectin methylesterase-pectin methylesterase inhibitor complex.2017 · DOI: 10.1074/jbc.ra117.000197
`At1g62770`	果胶甲酯酶抑制剂，可能以中等 pH 依赖性方式靶向根部表达的 PME 和 PME3，主要在微酸性条件下，在某种程度上在 pH 7.5 下。	Combined Experimental and Computational Approaches Reveal Distinct pH Dependence of Pectin Methylesterase Inhibitors.2017 · DOI: 10.1104/pp.16.01790

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012029 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009641 shade avoidance 生物过程

GO:0009827 plant-type cell wall modification 生物过程

GO:0071669 plant-type cell wall organization or biogenesis 生物过程

GO:2000280 regulation of root development 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0004857 enzyme inhibitor activity 分子功能

GO:0046910 pectinesterase inhibitor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G62760

ath:AT3G47380

ath:AT4G25250

ath:AT4G25260

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.563

排名 1 · TkA02G591900 · TK1151

内质网0.181

排名 2 · TkA02G591900 · TK1151

细胞质0.120

排名 3 · TkA02G591900 · TK1151

细胞膜0.089

排名 4 · TkA02G591900 · TK1151

溶酶体／液泡0.071

排名 5 · TkA02G591900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07359LEAP-22-30 aa

PF25642DUF794428-36 aa

PF04043PMEI33-186 aa

PF13344Hydrolase_671-92 aa

PF09177STX6_10_61_N85-136 aa

PF13344Hydrolase_6101-149 aa

PF25642DUF7944107-151 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G591900	`PF07359`	LEAP-2	2	30	0.1	13.2
TkA02G591900	`PF25642`	DUF7944	28	36	0.085	14.2
TkA02G591900	`PF04043`	PMEI	33	186	5.8e-30	105.2
TkA02G591900	`PF13344`	Hydrolase_6	71	92	0.042	14.6
TkA02G591900	`PF09177`	STX6_10_61_N	85	136	0.2	12.9
TkA02G591900	`PF13344`	Hydrolase_6	101	149	0.042	14.6
TkA02G591900	`PF25642`	DUF7944	107	151	0.085	14.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9STY5`	拟南芥	sp\|Q9STY5\|PMI11_ARATH Pectinesterase inhibitor 11	39.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SI74`	拟南芥	sp\|Q9SI74\|PMI10_ARATH Pectinesterase inhibitor 10	38.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SB37`	拟南芥	sp\|Q9SB37\|PMEI7_ARATH Pectinesterase inhibitor 7	34.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SI72`	拟南芥	sp\|Q9SI72\|PMEI9_ARATH Pectinesterase inhibitor 9	35.700%	Swiss-Prot	中等置信

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