TkA02G589040 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G589040

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 152018344-152021529 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1767 bp · TkA02G589040|TK1151|cDNA

TACTTATTCTCTTTAATTTAACAATATATCCAGATTCCTTGTTCATTTTCTATCCTTCTACGGTTCTACCAATCAACCGATAAATCTAGAATTACCATCGAAAAATAGCAGAGAAGTCTTAGAGGCAACCACACTGTCTATAAATACAACACAAAGCAATACGACGTCTATTCAATCTTCTAAACAACACAGCACAACACAACCACCATGGTTAAAGCAATTAGAATTCATGAGCACGGCGGCCCTGAGGTCTTGAAATG...

CDS

下载 CDS FASTA

984 bp · TkA02G589040|TK1151|CDS

ATGGTTAAAGCAATTAGAATTCATGAGCACGGCGGCCCTGAGGTCTTGAAATGGGAAGAAGTTGAAGTCCCAGATCCAAAAGAGGGAGAAATAAGATTGAAGCAAAAGGCAATTGGTCTAAATTACTTGGATGTATATAATCGTCAAAACTTGAGGAATCTAGCTCCACCGTTGCCATATACTCCAGGAATGGAAGGAGCCGGAGTTGTAACAGCGGTGGGTCCCGGAGTAACCAGCTGCAAAGTCGGAGACGTTGTGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

327 aa · TkA02G589040|TK1151|PROTEIN

MVKAIRIHEHGGPEVLKWEEVEVPDPKEGEIRLKQKAIGLNYLDVYNRQNLRNLAPPLPYTPGMEGAGVVTAVGPGVTSCKVGDVVAYASLQVGAYAQERILPADLAVPVPSSIDPVVAAAVIFKGLTTHVLINKGFKVERGHTILVHAAAGGVGSLLCQWASAKGATVIGTVSTQEKAVQAKEDGCHHVILYKDENFVDRVTEITSGKGVDAVYDSVGKDTLNGSLECLNYNGCLVSFGIASGVPEPVRYDQLVSKSLV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G589040`
TK1151 ID	TkA02G589040
OH-1004 ID	LXL04_012070
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G589040`
位置	Chr02:152018344-152021529 (-)
描述	Similar to caa43: 2-haloacrylate reductase
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_012070` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0042206 halogenated hydrocarbon catabolic process 生物过程 GO:1990748 cellular detoxification 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0003960 quinone reductase (NADPH) activity 分子功能 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能 GO:0016628 oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor 分子功能 GO:0035925 mRNA 3'-UTR AU-rich region binding 分子功能 GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能 GO:0070402 NADPH binding 分子功能 GO:0102523 2-chloroacrylate reductase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ag:BAD91551 ecj:JW4011 eco:b4051 ecoc:C3026_21890 pae:PA0023 spo:2538826 stm:STM4245 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.511

排名 1 · TkA02G589040 · TK1151

线粒体0.214

排名 2 · TkA02G589040 · TK1151

过氧化物酶体0.160

排名 3 · TkA02G589040 · TK1151

细胞核0.156

排名 4 · TkA02G589040 · TK1151

质体0.082

排名 5 · TkA02G589040 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16884ADH_N_214-87 aa

PF08240ADH_N28-111 aa

PF00106adh_short144-236 aa

PF00107ADH_zinc_N153-268 aa

PF16884ADH_N_2164-184 aa

PF08240ADH_N166-174 aa

PF13602ADH_zinc_N_2186-322 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G589040	`PF16884`	ADH_N_2	14	87	0.00047	20.7
TkA02G589040	`PF08240`	ADH_N	28	111	4.9e-13	50.0
TkA02G589040	`PF00106`	adh_short	144	236	0.031	14.5
TkA02G589040	`PF00107`	ADH_zinc_N	153	268	3.9e-26	92.2
TkA02G589040	`PF16884`	ADH_N_2	164	184	0.00047	20.7
TkA02G589040	`PF08240`	ADH_N	166	174	4.9e-13	50.0
TkA02G589040	`PF13602`	ADH_zinc_N_2	186	322	8.6e-20	72.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情