TkA02G589000 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G589000

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 151996200-152000124 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2900 bp · TkA02G589000|TK1151|cDNA

AAAAAGATTAATTATGAATATTAAATTCCCTTATCGTTGTTGTTGAACAATAAAAACACTGCAGCATTGTTACTTCCACAAAAAATAATAGAACAAATCCAGTTTTGGGAGGTGCGATTACGGCAAGGTGTCTCTTTTAACTTAACACCAGAGTCGTATGAAGATTTTGGTTCTCTTTGACACCTAACTAACTGATTTCACGTTTGATTCATTCTTTCCACGAAATTAAAGCGATTCTAGAGAGAGAATATCACGTAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

2343 bp · TkA02G589000|TK1151|CDS

ATGGAGGACGAAGAAATGATTCAAGGTGTAGATAAATTATCAACGCCTTCATATTTAGTCGTCGCTTTAGCAGTCAACGGGAGTAGAAAAACCAAATATGTGGTTAGATGGGCATTGGATAAATTCGTTCCCGAGGGTATTCTTCTCTTCAAATTGCTTCTCGTTCGCCCTAAAATCACCCGAATCCCAACTCCCATGGGTGTTGTTCCTGCTTCACAAGTGCGCGATGATGTAGTAATTGCTTACAAGAAAGAAGTCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

780 aa · TkA02G589000|TK1151|PROTEIN

MEDEEMIQGVDKLSTPSYLVVALAVNGSRKTKYVVRWALDKFVPEGILLFKLLLVRPKITRIPTPMGVVPASQVRDDVVIAYKKEVEWQAYEKLLPFKKICAMKKVQVEIIQIESDDVVDAITQEILKSNIGKLVIGSSSSGMFSRGKCLSSRISESVPSFCTVYAISKGKLLSLRASDSDTIGSSRDDNSSDSSSVTNSSRTEWTDQGSASSSQFFSSSLPMQRFEALSSINRTLHQKTGSVDIPGENSDSFRANSNAF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G589000`
TK1151 ID	TkA02G589000
OH-1004 ID	LXL04_012074
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	94.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 96.988 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G589000

位置 Chr02:151996200-152000124 (+)

描述 Similar to PUB35: U-box domain-containing protein 35

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g61550`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At4g25160`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At5g61560`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At5g51270`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At2g19410`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012074 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G19410

ath:AT4G25160

ath:AT5G61550

ath:AT5G61560

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.485

排名 1 · TkA02G589000 · TK1151

细胞质0.376

排名 2 · TkA02G589000 · TK1151

细胞核0.262

排名 3 · TkA02G589000 · TK1151

内质网0.048

排名 4 · TkA02G589000 · TK1151

高尔基体0.047

排名 5 · TkA02G589000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00582Usp21-146 aa

PF05262Borrelia_P83308-414 aa

PF00582Usp346-368 aa

PF01636APH348-366 aa

PF00069Pkinase361-361 aa

PF17438DUF5417386-433 aa

PF23191WHD_MCM3_C390-442 aa

PF00069Pkinase428-680 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G589000	`PF00582`	Usp	21	146	0.38	12.0
TkA02G589000	`PF05262`	Borrelia_P83	308	414	1.3	8.1
TkA02G589000	`PF00582`	Usp	346	368	0.38	12.0
TkA02G589000	`PF01636`	APH	348	366	0.038	14.5
TkA02G589000	`PF00069`	Pkinase	361	361	1.5e-35	123.6
TkA02G589000	`PF17438`	DUF5417	386	433	0.15	13.1
TkA02G589000	`PF23191`	WHD_MCM3_C	390	442	0.056	14.4
TkA02G589000	`PF00069`	Pkinase	428	680	1.5e-35	123.6
TkA02G589000	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	431	684	1.2e-36	127.1
TkA02G589000	`PF03109`	ABC1	457	574	0.034	14.0
TkA02G589000	`PF23191`	WHD_MCM3_C	460	473	0.056	14.4
TkA02G589000	`PF01636`	APH	519	559	0.038	14.5
TkA02G589000	`PF04564`	U-box	711	779	8.7e-18	65.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FKG6`	拟南芥	sp\|Q9FKG6\|PUB52_ARATH U-box domain-containing protein 52	48.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SW11`	拟南芥	sp\|Q9SW11\|PUB35_ARATH U-box domain-containing protein 35	52.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FKG5`	拟南芥	sp\|Q9FKG5\|PUB51_ARATH U-box domain-containing protein 51	46.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LU47`	拟南芥	sp\|Q9LU47\|PUB53_ARATH Putative U-box domain-containing protein 53	47.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8S8S7`	拟南芥	sp\|Q8S8S7\|PUB34_ARATH U-box domain-containing protein 34	34.800%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情