TkA02G585560 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G585560

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 151094061-151101561 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5361 bp · TkA02G585560|TK1151|cDNA

GGAAAAACGACCGGCACGTAACACGACATCAGTCCTCACCCAGCTTCGTTCGTAGTGGCTCTCCGTCGCGGTTACACCGCCCAATTAAGCCTATCAAATCGACGGAGCAAACTCTTCCACCTTATCAGAAGCGGCAACTGAGAGCTTTACTGATTCCTCAATTTTCTGCCAACTCCCCAGGTTCTTTCGGCCAAAAAACATAATCACGTCTCCTTTTTTCTTCCAATCACTAATTTGAATCAATGTTGACAAGTTACGTA...

CDS

下载 CDS FASTA

3150 bp · TkA02G585560|TK1151|CDS

ATGACAATGAAAAATGTAGGGGACCGCCGTCTTTTAAGGTACGAGAAAAAGTACCCTGTGGTCCCCACTTTTCTGACACGGATATTGTGGTGGAGGGTTTGTTTGGATGAGGCACAAATGGTGGAGAGTAATGTGAATGCTGCAACTGAAATGGCTATGAGGTTGCCTTCTATGCATAGGTGGTGTATTACAGGGACTCCTATACAGAAAAAACTGGATGACTTATTTGGGCTTTTAAGGTTTCTGAAAGCAAGCCCGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1049 aa · TkA02G585560|TK1151|PROTEIN

MTMKNVGDRRLLRYEKKYPVVPTFLTRILWWRVCLDEAQMVESNVNAATEMAMRLPSMHRWCITGTPIQKKLDDLFGLLRFLKASPFDGFKWWVDVIRDPYEMGDEGAVEYTHNFFKKIMWRCSKSHVAEELDLPPQEECLTWLSLTPIEEHFYQRQHETCLNYAREVIQSFRSKQDSGNDSSDTFLTHLEAAKLLNSLLKLRQACCHPQVGSSGLRSLQQSPMTMDEILMVLVGKTKVEGEEALRKVVVALNGLAGIAI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G585560`
TK1151 ID	TkA02G585560
OH-1004 ID	LXL04_002492
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	94.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 7.340 / OH-1004 16.703 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G585560`
位置	Chr02:151094061-151101561 (-)
描述	Similar to CAB16: Chlorophyll a-b binding protein 16, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_002492` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0009416 response to light stimulus 生物过程 GO:0009765 photosynthesis, light harvesting 生物过程 GO:0009768 photosynthesis, light harvesting in photosystem I 生物过程 GO:0009522 photosystem I 细胞组分 GO:0009523 photosystem II 细胞组分 GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分 GO:0016168 chlorophyll binding 分子功能 GO:0046872 metal ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	nta:107764358 nta:107773232 sly:101264784 sly:101265886 sly:108491835 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.720

排名 1 · TkA02G585560 · TK1151

细胞质0.273

排名 2 · TkA02G585560 · TK1151

线粒体0.068

排名 3 · TkA02G585560 · TK1151

细胞膜0.032

排名 4 · TkA02G585560 · TK1151

内质网0.023

排名 5 · TkA02G585560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00176SNF2-rel_dom25-210 aa

PF28749YPL108W_C149-206 aa

PF00515TPR_1152-170 aa

PF07719TPR_2152-170 aa

PF21325SHPRH_helical-1st226-305 aa

PF00515TPR_1250-282 aa

PF13424TPR_12250-280 aa

PF07719TPR_2251-282 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G585560	`PF00176`	SNF2-rel_dom	25	210	1.5e-36	126.7
TkA02G585560	`PF28749`	YPL108W_C	149	206	0.0031	18.1
TkA02G585560	`PF00515`	TPR_1	152	170	0.0066	16.9
TkA02G585560	`PF07719`	TPR_2	152	170	0.015	16.1
TkA02G585560	`PF21325`	SHPRH_helical-1st	226	305	7.3e-25	87.7
TkA02G585560	`PF00515`	TPR_1	250	282	0.0066	16.9
TkA02G585560	`PF13424`	TPR_12	250	280	0.04	14.8
TkA02G585560	`PF07719`	TPR_2	251	282	0.015	16.1
TkA02G585560	`PF13374`	TPR_10	251	280	0.065	14.0
TkA02G585560	`PF13414`	TPR_11	262	281	0.36	11.3
TkA02G585560	`PF28749`	YPL108W_C	272	301	0.0031	18.1
TkA02G585560	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	317	327	0.0029	18.3
TkA02G585560	`PF00097`	zf-C3HC4	317	330	0.0037	17.8
TkA02G585560	`PF12830`	Nipped-B_C	349	426	0.2	12.4
TkA02G585560	`PF21324`	SHPRH_helical-2nd	381	632	3.4e-50	171.3
TkA02G585560	`PF07719`	TPR_2	393	402	0.015	16.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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