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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G582790
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 150344443-150347212 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2399 bp · TkA02G582790|TK1151|cDNA

AAAAGAGTTAATAAATAAATAAAGGAAAGAAATACGACTCACTGGATAACCATCTTTGCCGTGTAAAGTGTGAACTCCGGAAACAAGCAGCTCCGCCGCTGATCTCCGTCACCAATTCAGGCGGTCAAACTTAAATCCCAACCCTCACATCTGAATCATACTTCACAGATATGATATAGTATAACTCACATCAATTTATCACTCAATATCGATCTCCTGATTTTGTATTTTATCCGATTAATTGAGGAATCCGATAAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1698 bp · TkA02G582790|TK1151|CDS

ATGATGGGATCCGAGAGCCAGGGCTTCGAAGAAGCCCAGCTCTATGCATCTCGTGAAGAAATGGAGTCTCTTGTTCTTGACGATGATGATATTAAAAATAACAATAACGATAACAGTTCGTCATCCAGATCCAACGGCGGTGCAAATGGAGATGGTGGTCAACATCACCATCCTCTCTCTTCATCTTTGCCGTTTGCGGAAATACCGACCACCGACGATGATGATCCCTTGTTATCATCGCCGTCCCCTCACAAAAGCCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

565 aa · TkA02G582790|TK1151|PROTEIN

MMGSESQGFEEAQLYASREEMESLVLDDDDIKNNNNDNSSSSRSNGGANGDGGQHHHPLSSSLPFAEIPTTDDDDPLLSSPSPHKSPNAFNSFLEPPSYADAVFRSFDGDHGKQINGHGAVSTSSPSSSSDYLKISVTDPQKDQDLKNSLVPGGNTFVTYLITTWTNLPEFNGTEFSVRRRFKDVVTLSDRLSDSYRGFFIPLRPDKSVVEGQVMQKQEFVEQRRMALEKYLRKLAAHPVIRRSEELRVFLQVQGKLPLV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G582790
TK1151 IDTkA02G582790
OH-1004 IDLXL04_012188
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G582790
位置Chr02:150344443-150347212 (+)
描述Similar to SNX2A: Sorting nexin 2A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g58440 在囊泡蛋白筛选中发挥作用（由相似性推测）。 暂无已核实直接文献
At5g07120 在囊泡蛋白分选中发挥作用。
Overexpression of Arabidopsis sorting nexin AtSNX2b inhibits endocytic trafficking to the vacuole.2008 · DOI: 10.1093/mp/ssn057
At5g06140 在囊泡蛋白分选中发挥作用。
AtSNX1 defines an endosome for auxin-carrier trafficking in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1038/nature05046
Evidence for a sorting endosome in Arabidopsis root cells.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03338.x
Differential degradation of PIN2 auxin efflux carrier by retromer-dependent vacuolar targeting.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0808073105
BLOS1, a putative BLOC-1 subunit, interacts with SNX1 and modulates root growth in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1242/jcs.069732
Analyses of sorting nexins reveal distinct retromer-subcomplex functions in development and protein sorting in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.078451

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012188 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程
GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程
GO:0006896 Golgi to vacuole transport 生物过程
GO:0008333 endosome to lysosome transport 生物过程
GO:0009958 positive gravitropism 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程
GO:0031623 receptor internalization 生物过程
GO:0032502 developmental process 生物过程
GO:0034498 early endosome to Golgi transport 生物过程
GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程
GO:0045324 late endosome to vacuole transport 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G06140
ath:AT5G07120
ath:AT5G58440
hsa:6642
mmu:56440
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.429
排名 1 · TkA02G582790 · TK1151
高尔基体0.343
排名 2 · TkA02G582790 · TK1151
细胞膜0.193
排名 3 · TkA02G582790 · TK1151
溶酶体／液泡0.139
排名 4 · TkA02G582790 · TK1151
细胞核0.123
排名 5 · TkA02G582790 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00787PX170-253 aa
PF06456Arfaptin217-234 aa
PF30974DUF8772304-362 aa
PF08700VPS51_Exo84_N304-365 aa
PF06456Arfaptin309-548 aa
PF09325Vps5320-556 aa
PF00787PX323-353 aa
PF24423OVT1333-365 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G582790PF00787PX1702532.4e-1970.4
TkA02G582790PF06456Arfaptin2172340.311.4
TkA02G582790PF30974DUF87723043620.003518.0
TkA02G582790PF08700VPS51_Exo84_N3043650.1413.0
TkA02G582790PF06456Arfaptin3095480.311.4
TkA02G582790PF09325Vps53205566.8e-1556.0
TkA02G582790PF00787PX3233532.4e-1970.4
TkA02G582790PF24423OVT13333657.07.8
TkA02G582790PF10883DUF26813333619.87.3
TkA02G582790PF22216Sas-6_C_CC3363695.48.0
TkA02G582790PF10046BLOC1_23383720.8910.7
TkA02G582790PF05377FlaC_arch3403720.1313.4
TkA02G582790PF10046BLOC1_23824270.8910.7
TkA02G582790PF10046BLOC1_24054740.8910.7
TkA02G582790PF08700VPS51_Exo84_N4084290.1413.0
TkA02G582790PF22216Sas-6_C_CC4114275.48.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8L5Z7拟南芥sp|Q8L5Z7|SNX2A_ARATH Sorting nexin 2A62.700%Swiss-Prot高置信
B9DFS6拟南芥sp|B9DFS6|SNX2B_ARATH Sorting nexin 2B61.900%Swiss-Prot高置信
Q9FG38拟南芥sp|Q9FG38|SNX1_ARATH Sorting nexin 126.600%Swiss-Prot低置信

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