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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G580850
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 149852547-149853026 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

450 bp · TkA02G580850|TK1151|cDNA

ATGACAACTCAAGACTCTCAGTCCTTTCACTGGCGTTACGACGAGCTCGACGATAAAAACTTCCAAATCCGAGGCCGTACACTCTTCTTCATCATCGTACTCTTCTCCGTCATCTTCTTGATAACACTACTCTTCCTCTACGCTCGCTGGATCTGCCGGTCGTCCTCCTCTTCCGCGGCTGTGCAGCCCTGTTCACGGCCTCAAGGCCTAGATTCGATCGTGATCGATAGCCTACCTATCACTCTGCACCACCGGCCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

450 bp · TkA02G580850|TK1151|CDS

ATGACAACTCAAGACTCTCAGTCCTTTCACTGGCGTTACGACGAGCTCGACGATAAAAACTTCCAAATCCGAGGCCGTACACTCTTCTTCATCATCGTACTCTTCTCCGTCATCTTCTTGATAACACTACTCTTCCTCTACGCTCGCTGGATCTGCCGGTCGTCCTCCTCTTCCGCGGCTGTGCAGCCCTGTTCACGGCCTCAAGGCCTAGATTCGATCGTGATCGATAGCCTACCTATCACTCTGCACCACCGGCCTTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

149 aa · TkA02G580850|TK1151|PROTEIN

MTTQDSQSFHWRYDELDDKNFQIRGRTLFFIIVLFSVIFLITLLFLYARWICRSSSSSAAVQPCSRPQGLDSIVIDSLPITLHHRPSTASETAGESECCICIGEFDEGEKVKVLPNCCHTYHCECVDKWLTTHSSCPICRASLLVDSPV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G580850
TK1151 IDTkA02G580850
OH-1004 IDLXL04_012217
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)93.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G580850
位置Chr02:149852547-149853026 (-)
描述Similar to ATL66: RING-H2 finger protein ATL66
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g11110 RING-H2 指蛋白 ATL66。 暂无已核实直接文献
At2g34990 RING-H2 指蛋白 ATL38。 暂无已核实直接文献
At3g16720 可能参与植物防御信号通路的早期阶段。 暂无已核实直接文献
At4g40070 RING-H2指蛋白ATL32。 暂无已核实直接文献
At2g27940 RING-H2指蛋白ATL57。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012217 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0010200 response to chitin 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0048481 plant ovule development 生物过程
GO:0050832 defense response to fungus 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G23980
ath:AT2G35000
ath:AT3G10910
ath:AT3G11110
ath:AT3G16720
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.288
排名 1 · TkA02G580850 · TK1151
溶酶体／液泡0.287
排名 2 · TkA02G580850 · TK1151
细胞膜0.239
排名 3 · TkA02G580850 · TK1151
细胞质0.211
排名 4 · TkA02G580850 · TK1151
细胞核0.168
排名 5 · TkA02G580850 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639zf-RING_251-65 aa
PF12678zf-rbx151-62 aa
PF13923zf-C3HC4_251-64 aa
PF13920zf-C3HC4_351-64 aa
PF12861zf-ANAPC1151-67 aa
PF13445zf-RING_UBOX51-56 aa
PF17123zf-RING_1161-65 aa
PF14446Prok-RING_173-86 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G580850PF13639zf-RING_251651.6e-1351.4
TkA02G580850PF12678zf-rbx151627.6e-0730.0
TkA02G580850PF13923zf-C3HC4_251648.7e-0523.0
TkA02G580850PF13920zf-C3HC4_351640.001119.4
TkA02G580850PF12861zf-ANAPC1151670.02415.4
TkA02G580850PF13445zf-RING_UBOX51560.06813.9
TkA02G580850PF17123zf-RING_1161656.6e-0832.8
TkA02G580850PF14446Prok-RING_173860.4711.4
TkA02G580850PF13920zf-C3HC4_3951420.001119.4
TkA02G580850PF13639zf-RING_2971401.6e-1351.4
TkA02G580850PF17123zf-RING_11971266.6e-0832.8
TkA02G580850PF12678zf-rbx1971407.6e-0730.0
TkA02G580850PF13923zf-C3HC4_2971398.7e-0523.0
TkA02G580850PF14446Prok-RING_1971280.4711.4
TkA02G580850PF13445zf-RING_UBOX981370.06813.9
TkA02G580850PF00097zf-C3HC4981390.1712.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SRM0拟南芥sp|Q9SRM0|ATL66_ARATH RING-H2 finger protein ATL6651.700%Swiss-Prot高置信
O64762拟南芥sp|O64762|ATL38_ARATH RING-H2 finger protein ATL3832.800%Swiss-Prot中等置信
Q8L9T5拟南芥sp|Q8L9T5|ATL2_ARATH RING-H2 finger protein ATL236.000%Swiss-Prot中等置信
Q8W571拟南芥sp|Q8W571|ATL32_ARATH RING-H2 finger protein ATL3235.200%Swiss-Prot中等置信
Q9SJJ7拟南芥sp|Q9SJJ7|ATL57_ARATH RING-H2 finger protein ATL5742.400%Swiss-Prot中等置信

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