TkA02G579220 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G579220

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 149436205-149437300 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1023 bp · TkA02G579220|TK1151|cDNA

ATGTTTTTCAAATATGATTTTAAAAGTCTTCCGCTACGATTTTTTGTTAAATATAACGTTGGTTTTTCAAAAAAAAAAGTAAGCCAAAAATCACGGTGTTACAACTATGGCCTCACTGGTACATTGCCAAAAGTTAACGAGGGCACTCGCATCCCTCTTAAATGGTTACTTCTCTCATCCACCAGTTTATCCGGAGGGATCGAAGACTCAATTGGCCGTATCAGTTCATTAAATCACTTGGATTTATCTGATACACAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1023 bp · TkA02G579220|TK1151|CDS

ATGTTTTTCAAATATGATTTTAAAAGTCTTCCGCTACGATTTTTTGTTAAATATAACGTTGGTTTTTCAAAAAAAAAAGTAAGCCAAAAATCACGGTGTTACAACTATGGCCTCACTGGTACATTGCCAAAAGTTAACGAGGGCACTCGCATCCCTCTTAAATGGTTACTTCTCTCATCCACCAGTTTATCCGGAGGGATCGAAGACTCAATTGGCCGTATCAGTTCATTAAATCACTTGGATTTATCTGATACACAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

340 aa · TkA02G579220|TK1151|PROTEIN

MFFKYDFKSLPLRFFVKYNVGFSKKKVSQKSRCYNYGLTGTLPKVNEGTRIPLKWLLLSSTSLSGGIEDSIGRISSLNHLDLSDTQLVGKIPYSIGHMRFLNTLDLSFSSLKGIGELPSSLFTLPSLEDIFLEGNMLSGVLPSDLFNLQSIKRLSLGRNQLCGDINVIDHGPSRPLFRKLKNLTYLDLSINNFTGIWELGILFSSLRNLDTLLLSYSGLLVVPDDASGYVNPYFLGLGLASCKISEFPNSLRTMKNITYL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G579220`
TK1151 ID	TkA02G579220
OH-1004 ID	LXL04_012243
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	54.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 42.941 / OH-1004 13.902 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G579220

位置 Chr02:149436205-149437300 (+)

描述 Similar to RLP6: Receptor-like protein 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g13810`	受体样蛋白 47。	暂无已核实直接文献
`At2g32680`	参与感知坏死和乙烯诱导肽 1 类蛋白（NLPs），这些蛋白作为胞外信号介导免疫激活。	An RLP23-SOBIR1-BAK1 complex mediates NLP-triggered immunity.2015 · DOI: 10.1038/nplants.2015.140
`At1g47890`	受体样蛋白 7。	暂无已核实直接文献
`At2g33080`	受体样蛋白28。	暂无已核实直接文献
`At3g05660`	类受体蛋白33。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012243 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0051707 response to other organism 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G45616

ath:AT1G47890

ath:AT2G15080

ath:AT3G11010

ath:AT3G11080

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.683

排名 1 · TkA02G579220 · TK1151

内质网0.152

排名 2 · TkA02G579220 · TK1151

细胞核0.097

排名 3 · TkA02G579220 · TK1151

细胞质0.088

排名 4 · TkA02G579220 · TK1151

细胞外0.054

排名 5 · TkA02G579220 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13855LRR_853-109 aa

PF00560LRR_153-72 aa

PF12799LRR_453-91 aa

PF23598LRR_1469-209 aa

PF23952LRR_EndoS72-107 aa

PF25013LRR_Zer-175-108 aa

PF00560LRR_176-98 aa

PF13516LRR_676-86 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G579220	`PF13855`	LRR_8	53	109	5.4e-22	78.0
TkA02G579220	`PF00560`	LRR_1	53	72	2e-18	63.3
TkA02G579220	`PF12799`	LRR_4	53	91	5.9e-15	55.7
TkA02G579220	`PF23598`	LRR_14	69	209	9.6e-14	51.6
TkA02G579220	`PF23952`	LRR_EndoS	72	107	0.73	10.8
TkA02G579220	`PF25013`	LRR_Zer-1	75	108	5.3e-05	24.1
TkA02G579220	`PF00560`	LRR_1	76	98	2e-18	63.3
TkA02G579220	`PF13516`	LRR_6	76	86	0.0044	17.7
TkA02G579220	`PF13516`	LRR_6	97	109	0.0044	17.7
TkA02G579220	`PF13855`	LRR_8	101	161	5.4e-22	78.0
TkA02G579220	`PF00560`	LRR_1	101	123	2e-18	63.3
TkA02G579220	`PF12799`	LRR_4	101	135	5.9e-15	55.7
TkA02G579220	`PF24758`	LRR_At5g56370	104	132	0.017	15.5
TkA02G579220	`PF12799`	LRR_4	125	168	5.9e-15	55.7
TkA02G579220	`PF00560`	LRR_1	126	148	2e-18	63.3
TkA02G579220	`PF24758`	LRR_At5g56370	139	192	0.017	15.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SVN2`	拟南芥	sp\|Q9SVN2\|RLP47_ARATH Receptor-like protein 47	37.900%	Swiss-Prot	低置信
`O48849`	拟南芥	sp\|O48849\|RLP23_ARATH Receptor like protein 23	33.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q9C699`	拟南芥	sp\|Q9C699\|RLP7_ARATH Receptor-like protein 7	29.300%	Swiss-Prot	低置信
`O49325`	拟南芥	sp\|O49325\|RLP28_ARATH Receptor like protein 28	33.300%	Swiss-Prot	低置信
`F4J8G2`	拟南芥	sp\|F4J8G2\|RLP33_ARATH Receptor-like protein 33	33.100%	Swiss-Prot	低置信

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