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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G572960
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 147994463-147995428 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

894 bp · TkA02G572960|TK1151|cDNA

GGTAATTGTTATCTTCAGAGTGGTGCCTGTGAAATGAAGAAGAAGAGAACAGGATCAGCACTGAAAACACAAGTGGAAGAAAAGAAGCTTAAAGTAACTGTTAAACATGAGACATCTGAGGATGAAGAATCAGAAAGTGAAGAAGAAGAAACACAAGTAGTTGAAGAAGAAGTTGAAGAGGAAGAAGTGGAAGTTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAAGAAGAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

861 bp · TkA02G572960|TK1151|CDS

ATGAAGAAGAAGAGAACAGGATCAGCACTGAAAACACAAGTGGAAGAAAAGAAGCTTAAAGTAACTGTTAAACATGAGACATCTGAGGATGAAGAATCAGAAAGTGAAGAAGAAGAAACACAAGTAGTTGAAGAAGAAGTTGAAGAGGAAGAAGTGGAAGTTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAAGAAGAAGATGCAAAAGACAAAAGCATCGAATTCCTCAAAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

287 aa · TkA02G572960|TK1151|PROTEIN

MKKKRTGSALKTQVEEKKLKVTVKHETSEDEESESEEEETQVVEEEVEEEEVEVEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEDAKDKSIEFLKEAALNDPSILSTLTQTTELDPAHRKIFVYGLGWDATSDQVLSVFKPLGQIEECKVVIDKITGKAKGYGFVLFKSRKSAQKSLKQTQEKIGSRIASCQLASAGPGGPSSTATSSDPNGRKIFVANVWSHVNPNTLRSYFSKFGEIEDGSLGIDNVTGKFKGFAMFVYRTIAGSKK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G572960
TK1151 IDTkA02G572960
OH-1004 IDLXL04_012285
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)85.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.955 / OH-1004 54.611
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G572960
位置Chr02:147994463-147995428 (+)
描述Similar to UBA2B: UBP1-associated protein 2B
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g56860 异质核核糖核蛋白 样蛋白，作为调节细胞核中 mRNA 周转的复合物的组成部分。
UBA1 and UBA2, two proteins that interact with UBP1, a multifunctional effector of pre-mRNA maturation in plants.2002 · DOI: 10.1128/mcb.22.12.4346-4357.2002
At2g41060 异质核核糖核蛋白 (hnRNP) 样蛋白，作为调节细胞核中 mRNA 周转的复合物的组成部分。 暂无已核实直接文献
At3g15010 异质核核糖核蛋白 (hnRNP) 样蛋白，作为调节细胞核中 mRNA 周转的复合物的组成部分。 暂无已核实直接文献
At2g22090 作为复合物的组分，调节细胞核中 mRNA 的周转。
UBA1 and UBA2, two proteins that interact with UBP1, a multifunctional effector of pre-mRNA maturation in plants.2002 · DOI: 10.1128/mcb.22.12.4346-4357.2002

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0265800 RNA结合蛋白，结合位于小麦蛋白RNA 5'-CDS中的顺式定位元件或邮政编码。
Characterization of RNA binding protein RBP-P reveals a possible role in rice glutelin gene expression and RNA localization.2014 · DOI: 10.1007/s11103-014-0191-z
RNA-Binding Protein RBP-P Is Required for Glutelin and Prolamine mRNA Localization in Rice Endosperm Cells.2018 · DOI: 10.1105/tpc.18.00321
Zipcode RNA-Binding Proteins and Membrane Trafficking Proteins Cooperate to Transport Glutelin mRNAs in Rice Endosperm.2020 · DOI: 10.1105/tpc.20.00111
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012285 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009693 ethylene biosynthetic process 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0010150 leaf senescence 生物过程
GO:0012501 programmed cell death 生物过程
GO:0048255 mRNA stabilization 生物过程
GO:0051028 mRNA transport 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0035925 mRNA 3'-UTR AU-rich region binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G22090
ath:AT2G41060
ath:AT3G15010
ath:AT3G56860
dosa:Os01g0265800
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.828
排名 1 · TkA02G572960 · TK1151
细胞质0.262
排名 2 · TkA02G572960 · TK1151
细胞膜0.030
排名 3 · TkA02G572960 · TK1151
线粒体0.021
排名 4 · TkA02G572960 · TK1151
内质网0.019
排名 5 · TkA02G572960 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03985Paf11-79 aa
PF15273NHS3-90 aa
PF15377DUF46049-88 aa
PF15992DUF476912-114 aa
PF03247Prothymosin13-77 aa
PF08595RXT2_N13-105 aa
PF05642Sporozoite_P6714-118 aa
PF06025DUF91314-82 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G572960PF03985Paf11790.979.1
TkA02G572960PF15273NHS3901.87.1
TkA02G572960PF15377DUF46049885.08.2
TkA02G572960PF15992DUF4769121142.88.4
TkA02G572960PF03247Prothymosin13770.2912.2
TkA02G572960PF08595RXT2_N131051.110.0
TkA02G572960PF05642Sporozoite_P67141180.009414.8
TkA02G572960PF06025DUF91314821.18.8
TkA02G572960PF04147Nop1415810.003316.5
TkA02G572960PF09073BUD2215849.06.2
TkA02G572960PF15748CCSAP16772.19.0
TkA02G572960PF28211GlpR18774.67.9
TkA02G572960PF30130VID28_C20970.02913.9
TkA02G572960PF02724CDC4522790.01114.7
TkA02G572960PF05327RRN3241030.629.2
TkA02G572960PF02535Zip24775.26.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LES2拟南芥sp|Q9LES2|UBA2A_ARATH UBP1-associated protein 2A46.400%Swiss-Prot中等置信
O80678拟南芥sp|O80678|UBA2B_ARATH UBP1-associated protein 2B49.000%Swiss-Prot中等置信
Q9LKA4拟南芥sp|Q9LKA4|UBA2C_ARATH UBP1-associated protein 2C41.600%Swiss-Prot中等置信
Q9SHZ6拟南芥sp|Q9SHZ6|UBA1A_ARATH UBP1-associated proteins 1A44.000%Swiss-Prot低置信
Q9LJ04水稻sp|Q9LJ04|RBPP_ORYSJ RNA-binding protein P46.300%Swiss-Prot中等置信

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