TkA02G569800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G569800

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 147189417-147190279 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

681 bp · TkA02G569800|TK1151|cDNA

ATGGATCAAAGCTCTGGAGGAGACACCGACGGAAGTGATTCAGAAGTAGAAGAGTTCGTAGACAGGTCCTATGAAGAACTCCAAAGTGGAAAACACAAAGTGAAATTATCAGACGACACTTTCACTTGCCCTTTCTGTCGCAACAAGAAAAAACATGGTGATGAAATGTTCGTATGGCCATGGAAGGGCATAGTGGTAAATCTCCCAACTGAGTTAAAAGACGGGCGTTTTGTAGGCAAAAGTGGGTCCAACATGAGAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

681 bp · TkA02G569800|TK1151|CDS

ATGGATCAAAGCTCTGGAGGAGACACCGACGGAAGTGATTCAGAAGTAGAAGAGTTCGTAGACAGGTCCTATGAAGAACTCCAAAGTGGAAAACACAAAGTGAAATTATCAGACGACACTTTCACTTGCCCTTTCTGTCGCAACAAGAAAAAACATGGTGATGAAATGTTCGTATGGCCATGGAAGGGCATAGTGGTAAATCTCCCAACTGAGTTAAAAGACGGGCGTTTTGTAGGCAAAAGTGGGTCCAACATGAGAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

226 aa · TkA02G569800|TK1151|PROTEIN

MDQSSGGDTDGSDSEVEEFVDRSYEELQSGKHKVKLSDDTFTCPFCRNKKKHGDEMFVWPWKGIVVNLPTELKDGRFVGKSGSNMRDNLTARGFNPTRVHPLWNFRGHSGFAVVEFNKGWDGFNNAMSFEKAYEADHRGKRDWKVNDIKTDIYGWVARADDYKANNIIGEHLRKIGDLRTVADIMAEEVRMANSLVSNLTSVNEVKKRHLEEMESNLLRRMILLAS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G569800`
TK1151 ID	TkA02G569800
OH-1004 ID	LXL04_021930
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	50.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.248 / OH-1004 24.931 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G569800

位置 Chr02:147189417-147190279 (-)

描述 Similar to IDN2: Protein INVOLVED IN DE NOVO 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g48670`	与 FDM1/IDNL1 和 FDM2/IDNL2 形成复合物，该复合物对 RNA 定向 DNA 甲基化（RdDM）是必需的，并在 RdDM 通路的下游步骤以及小干扰 RNA（siRNA）形成的下游发挥功能。	IDN1 and IDN2 are required for de novo DNA methylation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1038/nsmb.1690 An SGS3-like protein functions in RNA-directed DNA methylation and transcriptional gene silencing in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04130.x IDN2 and its paralogs form a complex required for RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002693 INVOLVED IN DE NOVO 2-containing complex involved in RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1206638109 IDN2 has a role downstream of siRNA formation in RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.4161/epi.21237 A SWI/SNF chromatin-remodeling complex acts in noncoding RNA-mediated transcriptional silencing.2013 · DOI: 10.1016/j.molcel.2012.11.011 RNA-directed DNA methylation requires stepwise binding of silencing factors to long non-coding RNA.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12563 Two Components of the RNA-Directed DNA Methylation Pathway Associate with MORC6 and Silence Loci Targeted by MORC6 in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1006026
`At3g12550`	与 FDM4 和 FDM5 关联，参与 RNA 导向的 DNA 甲基化 (RdDM)。	A subgroup of SGS3-like proteins act redundantly in RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1093/nar/gks034
`At4g00380`	与 IDN2 和 FDM1/IDNL1 形成复合物，这是 RNA 指导的 DNA 甲基化所需的，并且在 RdDM 途径的下游步骤发挥作用。	A subgroup of SGS3-like proteins act redundantly in RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1093/nar/gks034 IDN2 and its paralogs form a complex required for RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002693 INVOLVED IN DE NOVO 2-containing complex involved in RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1206638109

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021930 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010569 regulation of double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003725 double-stranded RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G15910

ath:AT3G12550

ath:AT3G48670

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.623

排名 1 · TkA02G569800 · TK1151

细胞质0.345

排名 2 · TkA02G569800 · TK1151

细胞膜0.062

排名 3 · TkA02G569800 · TK1151

内质网0.040

排名 4 · TkA02G569800 · TK1151

线粒体0.028

排名 5 · TkA02G569800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05129Zn_ribbon_Elf131-50 aa

PF24921RING_XB3-XBAT3134-50 aa

PF03470zf-XS43-51 aa

PF03468XS54-163 aa

PF03726PNPase129-176 aa

PF22905Hydro_N_hd130-201 aa

PF03470zf-XS204-211 aa

PF03726PNPase208-223 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G569800	`PF05129`	Zn_ribbon_Elf1	31	50	0.24	12.2
TkA02G569800	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	34	50	0.3	11.9
TkA02G569800	`PF03470`	zf-XS	43	51	0.93	10.5
TkA02G569800	`PF03468`	XS	54	163	1.1e-40	139.1
TkA02G569800	`PF03726`	PNPase	129	176	0.19	13.0
TkA02G569800	`PF22905`	Hydro_N_hd	130	201	0.18	12.5
TkA02G569800	`PF03470`	zf-XS	204	211	0.93	10.5
TkA02G569800	`PF03726`	PNPase	208	223	0.19	13.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VZ79`	拟南芥	sp\|Q8VZ79\|IDN2_ARATH Protein INVOLVED IN DE NOVO 2	57.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LHB1`	拟南芥	sp\|Q9LHB1\|FDM3_ARATH Factor of DNA methylation 3	45.100%	Swiss-Prot	中等置信
`F4JH53`	拟南芥	sp\|F4JH53\|FDM2_ARATH Factor of DNA methylation 2	31.200%	Swiss-Prot	中等置信

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