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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G567540
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 146615192-146616709 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1440 bp · TkA02G567540|TK1151|cDNA

ATGAAATTTACTCACATTTCACCACTCAATTACAGATTCAGTCATCAATTTCCTCATAAGAAACCTACCGGATACACCGTTATCTGCAGTTCAAGTACTCGACCCAAGAGAAATTCGAAACCTGAAGAAAACGCAGAGGCTCTCGAATTAGTACGGACCCTCATGAAAAATTTCAACTACGACAAACCATTGGTGTCTACACTAAACAAGTACGTAAAGTTAGTGAGGACCGAACACTGTTTTCTTCTCTTCGAAGAGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1440 bp · TkA02G567540|TK1151|CDS

ATGAAATTTACTCACATTTCACCACTCAATTACAGATTCAGTCATCAATTTCCTCATAAGAAACCTACCGGATACACCGTTATCTGCAGTTCAAGTACTCGACCCAAGAGAAATTCGAAACCTGAAGAAAACGCAGAGGCTCTCGAATTAGTACGGACCCTCATGAAAAATTTCAACTACGACAAACCATTGGTGTCTACACTAAACAAGTACGTAAAGTTAGTGAGGACCGAACACTGTTTTCTTCTCTTCGAAGAGCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

479 aa · TkA02G567540|TK1151|PROTEIN

MKFTHISPLNYRFSHQFPHKKPTGYTVICSSSTRPKRNSKPEENAEALELVRTLMKNFNYDKPLVSTLNKYVKLVRTEHCFLLFEELGKSDKWLQCLEVFRWMQKQRWYVADNGVYSKLISVMGKKGQTRLAMWLFSEMRNSGCRPDTSVYNALITAHLHSKDKSKALSKALGYFDKMKGTERCKPSIVTYNILLRASAQAKNIPQVETLFQDLEESIATPDIFTFNGVMDAYGKNGMIIEMEKVLSRMKSNQIKPDVIT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G567540
TK1151 IDTkA02G567540
OH-1004 IDLXL04_032299
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)27.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 44.259 / OH-1004 44.351
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G567540
位置Chr02:146615192-146616709 (-)
描述Similar to EMB2750: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g06430, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g39620 对胚胎发育必不可少。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0750400 通过促进叶绿体中II类内含子的剪接，参与质体翻译机器的生物发生。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032299 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000373 Group II intron splicing 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0006417 regulation of translation 生物过程
GO:0009553 embryo sac development 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0048868 pollen tube development 生物过程
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003727 single-stranded RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G06430
ath:AT3G53170
ath:AT5G48730
zma:100126361
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.561
排名 1 · TkA02G567540 · TK1151
质体0.244
排名 2 · TkA02G567540 · TK1151
细胞核0.081
排名 3 · TkA02G567540 · TK1151
细胞质0.022
排名 4 · TkA02G567540 · TK1151
细胞膜0.009
排名 5 · TkA02G567540 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02758PYRIN40-59 aa
PF10037MRP-S2740-72 aa
PF00637Clathrin44-93 aa
PF20431E_motif48-63 aa
PF29070MSC6_N64-90 aa
PF01535PPR69-89 aa
PF13041PPR_284-106 aa
PF01535PPR87-101 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G567540PF02758PYRIN40590.01815.9
TkA02G567540PF10037MRP-S2740720.1212.0
TkA02G567540PF00637Clathrin44930.02415.1
TkA02G567540PF20431E_motif48630.1413.2
TkA02G567540PF29070MSC6_N64901.5e-1867.8
TkA02G567540PF01535PPR69896.1e-42139.7
TkA02G567540PF13041PPR_2841065.1e-46155.3
TkA02G567540PF01535PPR871016.1e-42139.7
TkA02G567540PF10037MRP-S27941690.1212.0
TkA02G567540PF23276TPR_24982131.5e-1248.2
TkA02G567540PF13041PPR_21151585.1e-46155.3
TkA02G567540PF01535PPR1151446.1e-42139.7
TkA02G567540PF12854PPR_11151401.7e-29101.9
TkA02G567540PF13812PPR_31161571.1e-37128.6
TkA02G567540PF00637Clathrin1161790.02415.1
TkA02G567540PF17177PPR_long1242624.2e-1453.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SV96拟南芥sp|Q9SV96|PP358_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g39620, chloroplastic73.000%Swiss-Prot高置信
A3ABE1水稻sp|A3ABE1|PPR5_ORYSJ Pentatricopeptide repeat-containing protein PPR5 homolog, chloroplastic76.500%Swiss-Prot高置信

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