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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G537640
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 138665920-138666417 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

468 bp · TkA02G537640|TK1151|cDNA

ATGAACACCCTAGAACAGCCACCATACCCCGAGAACACCGGAGAACCCGCTGGAATCGGCAACTACATATTCGTGGCCGGATTCGTCTTCTCCTTTCTCCTCCTATTCATCGTTACATACAGTTGTTACATGTGCAGGCAATCTCGATCACCGCCAACACCCACCGTCTCTATCCTTAGCACCACCCACGATGATACGTACGACCACCGCATAAGAATCTCTCCGGGTCTTGATGACGATGTTCTTGCCACTGTATCTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

468 bp · TkA02G537640|TK1151|CDS

ATGAACACCCTAGAACAGCCACCATACCCCGAGAACACCGGAGAACCCGCTGGAATCGGCAACTACATATTCGTGGCCGGATTCGTCTTCTCCTTTCTCCTCCTATTCATCGTTACATACAGTTGTTACATGTGCAGGCAATCTCGATCACCGCCAACACCCACCGTCTCTATCCTTAGCACCACCCACGATGATACGTACGACCACCGCATAAGAATCTCTCCGGGTCTTGATGACGATGTTCTTGCCACTGTATCTCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

155 aa · TkA02G537640|TK1151|PROTEIN

MNTLEQPPYPENTGEPAGIGNYIFVAGFVFSFLLLFIVTYSCYMCRQSRSPPTPTVSILSTTHDDTYDHRIRISPGLDDDVLATVSHKGGTDVNDSGCSICLADYKPAEVVRLLQECGHFFHVKCIDMWLKAHSNCPVCRKSVLAETVLPPLLQS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G537640
TK1151 IDTkA02G537640
OH-1004 IDLXL04_012797
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)93.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G537640
位置Chr02:138665920-138666417 (+)
描述Similar to ATL9: E3 ubiquitin-protein ligase ATL9
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g46160 RING-H2指蛋白ATL67。 暂无已核实直接文献
At5g06490 推测的RING-H2指蛋白 ATL71。 暂无已核实直接文献
At3g61550 RING-H2指蛋白 ATL68。 暂无已核实直接文献
At2g46493 推测RING-H2指蛋白 ATL21C。 暂无已核实直接文献
At2g46494 推测RING-H2指蛋白 ATL21B。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012797 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0010200 response to chitin 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0050832 defense response to fungus 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G35000
ath:AT2G35910
ath:AT4G10150
ath:AT4G40070
ath:AT5G06490
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.328
排名 1 · TkA02G537640 · TK1151
细胞膜0.269
排名 2 · TkA02G537640 · TK1151
内质网0.238
排名 3 · TkA02G537640 · TK1151
细胞质0.205
排名 4 · TkA02G537640 · TK1151
高尔基体0.160
排名 5 · TkA02G537640 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19388DUF596324-59 aa
PF04641Rtf226-49 aa
PF28747SECTM1_C32-49 aa
PF12861zf-ANAPC1138-48 aa
PF23413zf_RING_Vps8_fungal39-47 aa
PF03854zf-P1139-46 aa
PF13920zf-C3HC4_340-48 aa
PF23412zf_RING_Vps840-45 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G537640PF19388DUF596324590.06614.1
TkA02G537640PF04641Rtf226490.02614.6
TkA02G537640PF28747SECTM1_C32490.01316.0
TkA02G537640PF12861zf-ANAPC1138483.3e-0627.8
TkA02G537640PF23413zf_RING_Vps8_fungal39470.799.8
TkA02G537640PF03854zf-P1139465.67.4
TkA02G537640PF13920zf-C3HC4_340481.9e-0525.1
TkA02G537640PF23412zf_RING_Vps840450.01216.2
TkA02G537640PF24921RING_XB3-XBAT3140480.3611.6
TkA02G537640PF13639zf-RING_241463.7e-1453.4
TkA02G537640PF12678zf-rbx141561.3e-0835.6
TkA02G537640PF14634zf-RING_541471.6e-0525.5
TkA02G537640PF22908PHD_NSD41500.01816.1
TkA02G537640PF14447Prok-RING_441480.02815.0
TkA02G537640PF21202SLX1_C41500.2612.3
TkA02G537640PF13923zf-C3HC4_242456.4e-0936.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O82353拟南芥sp|O82353|ATL67_ARATH RING-H2 finger protein ATL6732.500%Swiss-Prot中等置信
Q9FG21拟南芥sp|Q9FG21|ATL71_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL7150.900%Swiss-Prot低置信
Q9M313拟南芥sp|Q9M313|ATL68_ARATH RING-H2 finger protein ATL6846.300%Swiss-Prot低置信
P0CH03拟南芥sp|P0CH03|AT21C_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL21C57.800%Swiss-Prot低置信
P0CH02拟南芥sp|P0CH02|AT21B_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL21B57.800%Swiss-Prot低置信

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