TkA02G520260 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G520260

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 134160010-134165572 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

921 bp · TkA02G520260|TK1151|cDNA

GCCTTTATATGGGTAATTAGAAGTATTGCTAAAAGGCTAGGACTTGTAGAACAAAGGTTGGAATATTGCAAGAATTGGAGAAGAAAGGCTGTGCAGACCTGCGAACACGGGTCGTGTCATATGGACACGGGTCGTGTCACCCTTGGACACGGGTCGTGTCCCATGGACACGGGTCGTGTTCAGTGCCCAGCAGATTTTGAATACGACTGGATCCCATACGAATCATTACTCGAAAAAGCATACGCGAAACTTCACGGGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

921 bp · TkA02G520260|TK1151|CDS

GCCTTTATATGGGTAATTAGAAGTATTGCTAAAAGGCTAGGACTTGTAGAACAAAGGTTGGAATATTGCAAGAATTGGAGAAGAAAGGCTGTGCAGACCTGCGAACACGGGTCGTGTCATATGGACACGGGTCGTGTCACCCTTGGACACGGGTCGTGTCCCATGGACACGGGTCGTGTTCAGTGCCCAGCAGATTTTGAATACGACTGGATCCCATACGAATCATTACTCGAAAAAGCATACGCGAAACTTCACGGGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

306 aa · TkA02G520260|TK1151|PROTEIN

AFIWVIRSIAKRLGLVEQRLEYCKNWRRKAVQTCEHGSCHMDTGRVTLGHGSCPMDTGRVQCPADFEYDWIPYESLLEKAYAKLHGFHETLEGGLVQDALVDLTGGAGEEIDMRSARVQIDLANRRLWSQLLRFKQGGFLLGAGNPSGSDVHISSSRIVQGHAYSLLQVREVDGHKFIQIRNQWANEVEWSEPWSDSSFEWTDTIKHKLKHVPRTKDEAFIWVIRSIAKRLGLVEQRLEYCKNWRRKAVQTCEHGSCHMD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G520260`
TK1151 ID	TkA02G520260
OH-1004 ID	LXL04_010033
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.693 / OH-1004 29.695 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G520260

位置 Chr02:134160010-134165572 (+)

描述 Similar to DEK1: Calpain-type cysteine protease DEK1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g55350`	参与表皮发育的必需蛋白酶。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0709400`	参与表皮发育的必需蛋白酶。	Initiation of shoot apical meristem in rice: characterization of four SHOOTLESS genes.1999 · DOI: 10.1242/dev.126.16.3629 The ADAXIALIZED LEAF1 gene functions in leaf and embryonic pattern formation in rice.2009 · DOI: 10.1016/j.ydbio.2009.07.042

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010033 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001558 regulation of cell growth 生物过程

GO:0001708 cell fate specification 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009934 regulation of meristem structural organization 生物过程

GO:0032877 positive regulation of DNA endoreduplication 生物过程

GO:0040014 regulation of multicellular organism growth 生物过程

GO:0042127 regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0090392 sepal giant cell differentiation 生物过程

GO:0090628 plant epidermal cell fate specification 生物过程

GO:0097264 self proteolysis 生物过程

GO:2000011 regulation of adaxial/abaxial pattern formation 生物过程

GO:2000014 regulation of endosperm development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G55350

dosa:Os02g0709400

osa:4330484

zma:542509

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.630

排名 1 · TkA02G520260 · TK1151

细胞核0.325

排名 2 · TkA02G520260 · TK1151

线粒体0.101

排名 3 · TkA02G520260 · TK1151

细胞膜0.097

排名 4 · TkA02G520260 · TK1151

内质网0.091

排名 5 · TkA02G520260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00951Arteri_Gl1-36 aa

PF24341OB_DEPS-1_6th2-11 aa

PF05006PIF320-47 aa

PF14169YdjO21-41 aa

PF28388Vertnin_mid25-33 aa

PF29726YkzT32-50 aa

PF00355Rieske32-55 aa

PF07936Defensin_438-58 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G520260	`PF00951`	Arteri_Gl	1	36	0.11	13.1
TkA02G520260	`PF24341`	OB_DEPS-1_6th	2	11	0.16	12.3
TkA02G520260	`PF05006`	PIF3	20	47	2.0	9.2
TkA02G520260	`PF14169`	YdjO	21	41	3.4	8.2
TkA02G520260	`PF28388`	Vertnin_mid	25	33	0.098	12.9
TkA02G520260	`PF29726`	YkzT	32	50	0.6	11.2
TkA02G520260	`PF00355`	Rieske	32	55	1.6	9.4
TkA02G520260	`PF07936`	Defensin_4	38	58	4.8	7.9
TkA02G520260	`PF26058`	DUF8019	45	66	0.047	14.5
TkA02G520260	`PF24532`	FIBL-2	52	62	0.079	13.4
TkA02G520260	`PF23548`	Zn_ribbon_FGT1_2	52	63	0.32	11.3
TkA02G520260	`PF00648`	Peptidase_C2	74	222	8.9e-30	104.5
TkA02G520260	`PF24341`	OB_DEPS-1_6th	206	229	0.16	12.3
TkA02G520260	`PF00951`	Arteri_Gl	219	254	0.11	13.1
TkA02G520260	`PF05006`	PIF3	238	266	2.0	9.2
TkA02G520260	`PF14169`	YdjO	239	259	3.4	8.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RVL2`	拟南芥	sp\|Q8RVL2\|DEK1_ARATH Calpain-type cysteine protease DEK1	71.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q6ZFZ4`	水稻	sp\|Q6ZFZ4\|DEK1_ORYSJ Calpain-type cysteine protease ADL1	71.800%	Swiss-Prot	低置信

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