TkA02G510800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G510800

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 131143199-131144203 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

975 bp · TkA02G510800|TK1151|cDNA

ATGGAAAGCTTCACGGTGGAGGAGCTGACTGCAGCCACCGGAGATTTCTGCTCCAGCAACCTTATTGAAGGAAGCGTCTATCACGGCCGCCTGAATGGAAAAAACTTGGCGATCAAGCGCACAGACCAGAATACTATCTCCAAGATCAATTTTAATCTGTTTCACGACGCTACACATTTTCAGCCCAATGTGGTTAGGTTTTTGGGGAGCTGTACGGCGGACGCCGGAGGCGGGTTTTTGGTGTTTGAGTACGCGAAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

975 bp · TkA02G510800|TK1151|CDS

ATGGAAAGCTTCACGGTGGAGGAGCTGACTGCAGCCACCGGAGATTTCTGCTCCAGCAACCTTATTGAAGGAAGCGTCTATCACGGCCGCCTGAATGGAAAAAACTTGGCGATCAAGCGCACAGACCAGAATACTATCTCCAAGATCAATTTTAATCTGTTTCACGACGCTACACATTTTCAGCCCAATGTGGTTAGGTTTTTGGGGAGCTGTACGGCGGACGCCGGAGGCGGGTTTTTGGTGTTTGAGTACGCGAAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

324 aa · TkA02G510800|TK1151|PROTEIN

MESFTVEELTAATGDFCSSNLIEGSVYHGRLNGKNLAIKRTDQNTISKINFNLFHDATHFQPNVVRFLGSCTADAGGGFLVFEYAKNGSLKDWIHGGLAMKSHFIASCDCFLTWNQRVRICLDVATGLQYLHLIMNPSYIHKNIKSRNIFLDDEFKAKIGNFGMEEVESNSSSSLWDRGYIAPEVLLSSGEIDRRIDIYAFGVVLLEIISGKPPVISKDKSENEEQGVLLSEKFKCVIRSSNDYAELREWMDNALGENYS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G510800`
TK1151 ID	TkA02G510800
OH-1004 ID	LXL04_023837
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	58.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.765 / OH-1004 73.719 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G510800

位置 Chr02:131143199-131144203 (-)

描述 Similar to LYK2: Protein LYK2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g01840`	可能识别来源于微生物的含N-乙酰葡萄糖胺（NAG）配体。	暂无已核实直接文献
`At2g33580`	可能识别来源于微生物的含N-乙酰葡萄糖胺（NAG）配体。	暂无已核实直接文献
`At3g21630`	含LysM结构域的受体样激酶，参与几丁质及几丁寡糖介导的信号转导和先天免疫，并参与对盐胁迫、重金属及灰葡萄孢菌（Botrytis cinerea）的抗性。	CERK1, a LysM receptor kinase, is essential for chitin elicitor signaling in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0705147104 AvrPtoB targets the LysM receptor kinase CERK1 to promote bacterial virulence on plants.2009 · DOI: 10.1016/j.cub.2009.01.054 The lysin motif receptor-like kinase (LysM-RLK) CERK1 is a major chitin-binding protein in Arabidopsis thaliana and subject to chitin-induced phosphorylation.2010 · DOI: 10.1074/jbc.m110.116657 Arabidopsis lysin-motif proteins LYM1 LYM3 CERK1 mediate bacterial peptidoglycan sensing and immunity to bacterial infection.2011 · DOI: 10.1073/pnas.1112862108 The LysM receptor-like kinase LysM RLK1 is required to activate defense and abiotic-stress responses induced by overexpression of fungal chitinases in Arabidopsis plants.2012 · DOI: 10.1093/mp/sss021 Functional characterization of CEBiP and CERK1 homologs in arabidopsis and rice reveals the presence of different chitin receptor systems in plants.2012 · DOI: 10.1093/pcp/pcs113 Selective regulation of the chitin-induced defense response by the Arabidopsis receptor-like cytoplasmic kinase PBL27.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12535

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023837 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002758 innate immune response-activating signaling pathway 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010089 xylem development 生物过程

GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0071323 cellular response to chitin 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G51940

ath:AT2G28250

ath:AT2G33580

ath:AT3G01840

dosa:Os08g0538300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.448

排名 1 · TkA02G510800 · TK1151

细胞质0.411

排名 2 · TkA02G510800 · TK1151

细胞核0.323

排名 3 · TkA02G510800 · TK1151

内质网0.039

排名 4 · TkA02G510800 · TK1151

高尔基体0.030

排名 5 · TkA02G510800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20222DUF65812-63 aa

PF00069Pkinase24-291 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr24-291 aa

PF24476DUF758089-240 aa

PF14531Kinase-like139-215 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G510800	`PF20222`	DUF6581	2	63	0.33	10.5
TkA02G510800	`PF00069`	Pkinase	24	291	2e-28	100.2
TkA02G510800	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	24	291	9.2e-28	98.0
TkA02G510800	`PF24476`	DUF7580	89	240	0.096	13.0
TkA02G510800	`PF14531`	Kinase-like	139	215	0.23	11.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SGI7`	拟南芥	sp\|Q9SGI7\|LYK2_ARATH Protein LYK2	42.000%	Swiss-Prot	中等置信
`O22808`	拟南芥	sp\|O22808\|LYK5_ARATH Protein LYK5	37.100%	Swiss-Prot	中等置信
`A8R7E6`	拟南芥	sp\|A8R7E6\|CERK1_ARATH Chitin elicitor receptor kinase 1	35.800%	Swiss-Prot	中等置信

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