TkA02G473900 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G473900

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 120951821-120953974 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1109 bp · TkA02G473900|TK1151|cDNA

TACTGATCAATCGTTCTTATAACATCCGTCCAAAAACATTAATAACGAGAGTGTCGAGTCAACTCAATGACAAAAAAAACATTCAAGTACAGGAATCCTGGGAAGAAAAATTGAACACGAAACGATCAATTTGTCAGGTTGCTAGATTTCGCCTGAGATTTATGCCATCCTGGCGATTCAATCTTGAAAACGAAGTAAATTTGAACACCGCCGTTGGTTTCAATCTTGGTGGCCCCGGCTACCGCCGCCCATGGTTATAG...

CDS

下载 CDS FASTA

630 bp · TkA02G473900|TK1151|CDS

ATGTCGGAAATCTTGCAGATCTTCCAGCACTCACCACCGCCATACCATCAAATGCCTCCCCACATTCAACGAGGCCTGGTAAACTACGATTCCCAATATACCCGGTCTATAGATTCCGGTTCTCCCTCGCCTGACATCTTCGACGGAGCGGATAATTTTCGGTGTTCCGAGTTTGCCGATAATCCATTTATGAACTTCTCAAGTTCGTCGGTTGATGAATTATCGAAGGTGACCGCCATCATTGGGCATAGTCAGAGCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

209 aa · TkA02G473900|TK1151|PROTEIN

MSEILQIFQHSPPPYHQMPPHIQRGLVNYDSQYTRSIDSGSPSPDIFDGADNFRCSEFADNPFMNFSSSSVDELSKVTAIIGHSQSSKKRKLEFDNVDIGLHEPHRTKKDTPDGNSKPKPDYIHVRARRGEATDSHSIAERARREKIKKKMQDLQDLVPGCNKIANRAAILDEIIFYVQSLQMEVEFLTMQLNASTTSLSQLLEGQFIS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G473900`
TK1151 ID	TkA02G473900
OH-1004 ID	LXL04_030675
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	65.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 43.062 / OH-1004 34.884 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G473900

位置 Chr02:120951821-120953974 (-)

描述 Similar to BHLH79: Transcription factor bHLH79

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g36540`	油菜素甾醇信号转导的正调控因子。	暂无已核实直接文献
`At1g59640`	参与花瓣大小的调控，通过干扰有丝分裂后细胞扩展来限制最终的花瓣细胞大小。	暂无已核实直接文献
`At5g62610`	转录因子 bHLH79。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0193800`	形成与RSS3和TIFY11A/JAZ9的三元复合物的转录因子，用于负向调控茉莉酸响应基因。	暂无已核实直接文献
`Os03g0802900`	可能调控茉莉酸调节基因的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030675 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048446 petal morphogenesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0046983 protein dimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G59640

ath:AT3G07340

ath:AT5G62610

dosa:Os03g0802900

dosa:Os07g0193800

osa:4334471

osa:4342637

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.917

排名 1 · TkA02G473900 · TK1151

细胞质0.267

排名 2 · TkA02G473900 · TK1151

线粒体0.019

排名 3 · TkA02G473900 · TK1151

细胞膜0.016

排名 4 · TkA02G473900 · TK1151

溶酶体／液泡0.009

排名 5 · TkA02G473900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23183bHLH_NPAS4114-126 aa

PF23177bHLH_IRO3134-191 aa

PF00010HLH135-182 aa

PF23183bHLH_NPAS4139-169 aa

PF23173bHLH_SAC51140-185 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G473900	`PF23183`	bHLH_NPAS4	114	126	0.064	13.9
TkA02G473900	`PF23177`	bHLH_IRO3	134	191	0.0078	17.3
TkA02G473900	`PF00010`	HLH	135	182	2e-08	34.6
TkA02G473900	`PF23183`	bHLH_NPAS4	139	169	0.064	13.9
TkA02G473900	`PF23173`	bHLH_SAC51	140	185	1.1e-06	29.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93VJ4`	拟南芥	sp\|Q93VJ4\|BEE2_ARATH Transcription factor BEE 2	45.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0JXE7`	拟南芥	sp\|Q0JXE7\|BPE_ARATH Transcription factor BPE	51.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LV17`	拟南芥	sp\|Q9LV17\|BH079_ARATH Transcription factor bHLH79	64.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q69WS3`	水稻	sp\|Q69WS3\|BH094_ORYSJ Transcription factor BHLH094	72.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q84T08`	水稻	sp\|Q84T08\|BH089_ORYSJ Transcription factor BHLH089	63.600%	Swiss-Prot	低置信

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