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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G473560
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 120837171-120838865 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1392 bp · TkA02G473560|TK1151|cDNA

ATGAAAACCAGGAAAATACAAGAAGGCCGTCAAGTGTTCGATGAAATGCCTATAAGAAACGTAGTCTCCTGGACTGCGATCATAACTGGGTTAGTCCATGCTGGTTTCAACATCGAGGCAATTTCATACTTTTCCACCTTATCACAAAACGGTATGTCATATGACTCATACACCTTAGCTATCACATTAAAAGCATGTGCAGATGCTTGTTTATTACGTATGGGTAAAGAAATCCACACACAAACATTAAAAAAAGGCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1392 bp · TkA02G473560|TK1151|CDS

ATGAAAACCAGGAAAATACAAGAAGGCCGTCAAGTGTTCGATGAAATGCCTATAAGAAACGTAGTCTCCTGGACTGCGATCATAACTGGGTTAGTCCATGCTGGTTTCAACATCGAGGCAATTTCATACTTTTCCACCTTATCACAAAACGGTATGTCATATGACTCATACACCTTAGCTATCACATTAAAAGCATGTGCAGATGCTTGTTTATTACGTATGGGTAAAGAAATCCACACACAAACATTAAAAAAAGGCTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

463 aa · TkA02G473560|TK1151|PROTEIN

MKTRKIQEGRQVFDEMPIRNVVSWTAIITGLVHAGFNIEAISYFSTLSQNGMSYDSYTLAITLKACADACLLRMGKEIHTQTLKKGFDTTSFVANSLTTMYNKCGKGEYALHLFDKIKTKDVVSWTTIITSYIQTGQERLAINAFLRMQESEVSPNEYTLSGLISACANLAQIDFGKQLHAYCLCSGLDHEPMVQSGLINMYSKCGSILEALNVFNEVKCNDIVSWTAMVNGYAEHGLSQQAIELFEQLTESGLKPDSVT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G473560
TK1151 IDTkA02G473560
OH-1004 IDLXL04_013762
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)82.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 78.771
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G473560
位置Chr02:120837171-120838865 (-)
描述Similar to PCMP-E43: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g47840
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g47840 推测的五重复肽（pentatricopeptide）重复蛋白 At3g47840。 暂无已核实直接文献
At1g68930 推测含有五肽重复序列的蛋白 At1g68930。 暂无已核实直接文献
At3g23330 推定含五重复肽的蛋白 At3g23330。 暂无已核实直接文献
At2g03880 含五聚肽重复的蛋白At2g03880，线粒体定位。 暂无已核实直接文献
At3g02010 推定含有五重复肽重复的蛋白质 At2g01510。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013762 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程
GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0048366 leaf development 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G27610
ath:AT3G47840
ath:AT4G18750
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.623
排名 1 · TkA02G473560 · TK1151
质体0.240
排名 2 · TkA02G473560 · TK1151
细胞核0.046
排名 3 · TkA02G473560 · TK1151
细胞质0.036
排名 4 · TkA02G473560 · TK1151
过氧化物酶体0.008
排名 5 · TkA02G473560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_21-21 aa
PF01535PPR2-19 aa
PF17177PPR_long5-32 aa
PF22330Rib_mS39_PPR8-32 aa
PF12854PPR_110-16 aa
PF24603TPR_3018-79 aa
PF13041PPR_219-67 aa
PF12854PPR_120-31 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G473560PF13041PPR_21212.1e-45153.3
TkA02G473560PF01535PPR2191.5e-44147.9
TkA02G473560PF17177PPR_long5323.1e-0524.2
TkA02G473560PF22330Rib_mS39_PPR8320.02515.0
TkA02G473560PF12854PPR_110162.2e-1763.2
TkA02G473560PF24603TPR_3018790.001919.3
TkA02G473560PF13041PPR_219672.1e-45153.3
TkA02G473560PF12854PPR_120312.2e-1763.2
TkA02G473560PF13812PPR_320471.7e-1351.2
TkA02G473560PF01535PPR22511.5e-44147.9
TkA02G473560PF22504DUF699322710.05114.3
TkA02G473560PF23276TPR_2425609.6e-1245.7
TkA02G473560PF13424TPR_1232758.4e-0523.4
TkA02G473560PF17177PPR_long721703.1e-0524.2
TkA02G473560PF24760TPR_IF140_C881480.005717.8
TkA02G473560PF20430Eplus_motif89950.08913.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9STS9拟南芥sp|Q9STS9|PP268_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g4784044.600%Swiss-Prot中等置信
Q9CAA8拟南芥sp|Q9CAA8|PP108_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g6893038.700%Swiss-Prot中等置信
Q9LW63拟南芥sp|Q9LW63|PP251_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2333037.100%Swiss-Prot中等置信
Q9SI53拟南芥sp|Q9SI53|PP147_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03880, mitochondrial36.300%Swiss-Prot中等置信
Q9S7F4拟南芥sp|Q9S7F4|PP206_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At2g0151036.900%Swiss-Prot中等置信

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