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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G462020
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 117715793-117717379 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1430 bp · TkA02G462020|TK1151|cDNA

GGTGCAAGGATCCCGAAAGGTGTTCTCTTAGTGGGCCCACCAGGAACCGGAAAGACGCTACTAGCAAAAGCCATAGCCGGTGAAGCGCAAGTACCTTTCTATTCACTTTCAGGGTCGGAATTCATTGAAATGTTTGTGGGAATTGGGGCGTCTCGAGTGAGGGATTTGTTCAATAAAGCGAAGATGAACTCACCGTGTTTAGTTTTTATCGATGAAATTGATGCGGTTGGAAGGCAGAGAGGAACTGGAATTGGTGGCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1302 bp · TkA02G462020|TK1151|CDS

GGTGCAAGGATCCCGAAAGGTGTTCTCTTAGTGGGCCCACCAGGAACCGGAAAGACGCTACTAGCAAAAGCCATAGCCGGTGAAGCGCAAGTACCTTTCTATTCACTTTCAGGGTCGGAATTCATTGAAATGTTTGTGGGAATTGGGGCGTCTCGAGTGAGGGATTTGTTCAATAAAGCGAAGATGAACTCACCGTGTTTAGTTTTTATCGATGAAATTGATGCGGTTGGAAGGCAGAGAGGAACTGGAATTGGTGGCGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

433 aa · TkA02G462020|TK1151|PROTEIN

GARIPKGVLLVGPPGTGKTLLAKAIAGEAQVPFYSLSGSEFIEMFVGIGASRVRDLFNKAKMNSPCLVFIDEIDAVGRQRGTGIGGGNDEREQTLNQLLTELDGFSNDGGVIVIAATNRPEILDSALLRPGRFDRQVSVGLPDVRGREEILKVHSKNKKLDKGVSLSVIAMRTPGFSGADLANLLNEAAILAGRRGNNKITMKEIDDSIDRIVAGMEGTPMTDGKNKILVAYHEIGHAICATLTEGHDPVQKVTLIPRGQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G462020
TK1151 IDTkA02G462020
OH-1004 IDLXL04_013941
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 64.339
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G462020
位置Chr02:117715793-117717379 (+)
描述Similar to FTSH6: ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 6, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g15250 可能的 ATP 依赖性锌金属肽酶。
AtFtsH6 is involved in the degradation of the light-harvesting complex II during high-light acclimation and senescence.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0503472102
At1g06430 复合物的一部分，具有 ATP 依赖性锌金属肽酶的功能。 暂无已核实直接文献
At2g30950 复合物的一部分，具有 ATP 依赖性锌金属肽酶的功能。
Mutations in the Arabidopsis VAR2 locus cause leaf variegation due to the loss of a chloroplast FtsH protease.2000 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2000.00738.x
A critical role for the Var2 FtsH homologue of Arabidopsis thaliana in the photosystem II repair cycle in vivo.2002 · DOI: 10.1074/jbc.m105878200
Coordinated regulation and complex formation of yellow variegated1 and yellow variegated2, chloroplastic FtsH metalloproteases involved in the repair cycle of photosystem II in Arabidopsis thylakoid membranes.2003 · DOI: 10.1105/tpc.017319

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os06g0669400 可能的 ATP 依赖性锌金属肽酶。 暂无已核实直接文献
Os06g0229066 可能的 ATP 依赖性锌金属肽酶。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013941 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006508 proteolysis 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程
GO:0010205 photoinhibition 生物过程
GO:0010206 photosystem II repair 生物过程
GO:0010304 PSII associated light-harvesting complex II catabolic process 生物过程
GO:0030163 protein catabolic process 生物过程
GO:0048564 photosystem I assembly 生物过程
GO:0072593 reactive oxygen species metabolic process 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005777 peroxisome 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G06430
ath:AT2G30950
ath:AT5G15250
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.536
排名 1 · TkA02G462020 · TK1151
细胞核0.453
排名 2 · TkA02G462020 · TK1151
线粒体0.087
排名 3 · TkA02G462020 · TK1151
质体0.074
排名 4 · TkA02G462020 · TK1151
过氧化物酶体0.062
排名 5 · TkA02G462020 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13191AAA_165-32 aa
PF06414Zeta_toxin5-29 aa
PF06068TIP496-42 aa
PF12775AAA_76-28 aa
PF00158Sigma54_activat6-28 aa
PF07728AAA_57-97 aa
PF01695IstB_IS217-29 aa
PF00004AAA8-140 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G462020PF13191AAA_165320.0009320.5
TkA02G462020PF06414Zeta_toxin5290.2411.5
TkA02G462020PF06068TIP496424e-0523.7
TkA02G462020PF12775AAA_76280.04514.0
TkA02G462020PF00158Sigma54_activat6280.2112.0
TkA02G462020PF07728AAA_57974.5e-0524.2
TkA02G462020PF01695IstB_IS217290.008216.4
TkA02G462020PF00004AAA81401.3e-45155.8
TkA02G462020PF05496RuvB_N8740.000122.8
TkA02G462020PF13401AAA_228290.0002622.0
TkA02G462020PF20720nSTAND381360.0008619.7
TkA02G462020PF13173AAA_148760.003817.9
TkA02G462020PF13671AAA_338520.007517.3
TkA02G462020PF01078Mg_chelatase8260.007716.4
TkA02G462020PF13521AAA_288350.01116.7
TkA02G462020PF00005ABC_tran8300.01716.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q1PDW5拟南芥sp|Q1PDW5|FTSH6_ARATH ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 6, chloroplastic84.400%Swiss-Prot高置信
Q8W585拟南芥sp|Q8W585|FTSH8_ARATH ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 8, chloroplastic80.300%Swiss-Prot高置信
O80860拟南芥sp|O80860|FTSH2_ARATH ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 2, chloroplastic79.400%Swiss-Prot高置信
Q655S1水稻sp|Q655S1|FTSH2_ORYSJ ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 2, chloroplastic80.800%Swiss-Prot高置信
Q67WJ2水稻sp|Q67WJ2|FTSH6_ORYSJ ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 6, chloroplastic77.900%Swiss-Prot高置信

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